Analýza skreslenia chloroplastového genómu Cistanche pomocou kodónov

Abstrakt:

Cieľ Objasniť skreslenie využívania kodónov a ovplyvňujúce faktory genómu chloroplastov v štyroch liečivých rastlinách rodu Cistanche. Metódy Parametre skreslenia používania kodónovCistanche deserticola, Cistanchesalsa aCistanchetubulosaboli analyzované pomocou CUSP, CodonW 1.4.2, SPSS a Microsoft Excel.

Výsledky Chloroplastové genómy štyroch druhov Cistanche mali podobné vzorce využívania kodónov, pričom tretia báza kodónov všetky končila na A/T a mala tendenciu využívať A/T bázy priaznivejšie.

Hodnoty ENC (účinný počet kodónov) všetkých štyroch druhov boli vyššie ako 35, čo naznačuje, že preferencia kodónov pre chloroplastové gény v Cistanche spp. je slabý. Výsledky diagramu neutrality, diagramu ENC, diagramu skreslenia PR2- a korešpondenčnej analýzy ukázali, že prirodzený výber bol hlavným faktorom ovplyvňujúcim skreslenie používania kodónov v genóme chloroplastov u Cistanche spp. Hodnoty RSCU (relatívne využitie synonymných kodónov) sa použili na identifikáciu štyroch optimálnych kodónov zdieľaných štyrmi druhmi Cistanche spp.

Záver V tejto štúdii sme analyzovali skreslenie používania kodónov chloroplastových genómov štyroch druhovCistanche tubulosa. a odhalila ovplyvňujúce faktory ovplyvňujúce zaujatosť kodónov, čo poskytlo zodpovedajúci teoretický základ pre štúdium systematického vývoja, adaptácie prostredia a zlepšovania plemena.Cistanchena molekulárnej úrovni.

Kliknutím sem získate extrakt z Cistanche Tubulosa

Požiadajte o viac:

E-mail:wallence.suen@wecistanche.com Whatsapp plus 86 15292862950

Cistanche Hoffmanns. & Link je trváca parazitická bylina z čeľade Orobanchaceae, rozšírená najmä v Európe a Ázii, so štyrmi druhmiCistanchevo Vnútornom Mongolsku, Ningxia, Gansu, Qinghai a Xinjiang [1].

Medzi nimi,Cistanche deserticola Mamá najvyššiu liečivú hodnotu a je známy ako „púštny ženšen“, pretože rastie najmä v púštnych oblastiach. Liečivé rastliny rodu Cistanche však čelia zmätku v klasifikácii rastlín [2] a zmätku pri používaní komerčne dostupných druhov [3]. Chloroplasty sú miestom fotosyntézy vo väčšine zelených rastlín, podieľajú sa na vývojových a sekundárnych metabolických aktivitách [4] a koordinujú génovú expresiu medzi organelami a jadrovým genómom [5]. Chloroplasty majú autonómne zdedený genóm a sú široko používané v štúdiách, ako je fylogenetická analýza rastlín, identifikácia druhov a expresia genetickej diverzity. V posledných rokoch, s dozrievaním vysokovýkonnej technológie sekvenovania chloroplastového genómu, niekoľko rastlín rodu Cistanche, Cistanche salina C. salsa (CA Mey.) G. Beck, Cistanche salsa C. sinensis G. Beck a Cistanche tubulosa Wight sa podrobili štúdiám sekvenovania chloroplastov a ich fylogenéze a genetickým. Avšak žiadne štúdie o preferencii kodónov chloroplastového genómu Cistanche spp. boli nahlásené.

Kodón, tiež známy ako genetický kód, je mostom medzi nukleovými kyselinami a proteínmi. most medzi nukleovými kyselinami a proteínmi a je dôležitým rozpoznávaním a prenosom kodónov biologickej genetickej informácie, kodóny, tiež známe ako genetický kód, sú dôležitými vektormi na rozpoznávanie a prenos biologickej genetickej informácie a sú kľúčovou súčasťou biologickej dedičnosti a variácie [8 ].

V dôsledku rozdielov v procese translácie proteínov medzi druhmi existuje tendencia používať jeden alebo translačný proces rôznych druhov, majú tendenciu používať jeden alebo niekoľko špecifických synonymných kodónov Tento jav sa nazýva skreslenie používania kodónov (CUB) [9]. Tento jav sa nazýva skreslenie používania kodónov (CUB) [9] a preferencia kodónov má významný vplyv na transláciu mRNA, transkripciu DNA, štruktúru proteínov, expresiu a expresiu. preferencia kodónov hrá dôležitú úlohu pri translácii mRNA, transkripcii DNA, štruktúre proteínu, expresii, funkcii a ko-translačnom skladaní a iných bunkových metabolických procesoch. Preferencia kodónov hrá dôležitú úlohu v bunkových metabolických procesoch, ako je translácia mRNA, transkripcia DNA, štruktúra proteínov, expresia, funkcia a ko-translačné skladanie [10]. Shi Yanshuo et al [11] analyzovali preferenciu kodónov štyroch druhov Panax ginseng analýzou preferencie chloroplastového genómu štyroch druhov Panax Linn. analýzou kodónovej preferencie chloroplastových genómov štyroch Panax Linn. rastliny a usúdili, že rastliny toho istého rodu sú si navzájom užšie príbuzné. Song Yun et al [12] demonštrovali, že gén ICE1 možno optimalizovať na základe preferencie kodónov, vďaka čomu je odolnejší voči stresu pri nízkych teplotách.

Song Yun et al [12] demonštrovali, že gén ICE1 možno optimalizovať na expresiu pri nízkoteplotnom strese na základe preferencie kodónov; Li Xianhuang et al [13] zistili, že Li Xianhuang et al [13] zistili, že preferencia kodónov by mohla odrážať evolučné vzťahy medzi druhmi; Zhang Jun Yan Li et al [13] zistili, že preferencia kodónov odráža evolučný vzťah medzi druhmi; Jun Yan Zhang et al [14] preukázali, že mutácia a prirodzený výber spolu ovplyvňujú expresiu Swertia bimaculate (L.). Zhang Junyan et al [14] preukázali, že kombinácia mutácie a prirodzeného výberu ovplyvňuje evolučný vzťah Swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thoms. ex CB Clark chloroplastový genóm preferujúci kodón pre swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thoms. Štúdia preferencií chloroplastových genómových kodónov v rastlinných chloroplastových genómoch bola vykonaná s cieľom poskytnúť základ pre domestikáciu swedish. Štúdium vzorcov používania kodónov v genómoch rastlinných chloroplastov preto môže poskytnúť základ pre domestikáciu Švéda. Štúdium vzorcov používania kodónov chloroplastových genómov preto môže pomôcť zlepšiť účinnosť molekulárnych mechanizmov konštrukcie vektora génovej expresie adaptácie na prostredie a zlepšenie rastlinných odrôd. Štúdium vzorcov využívania kodónov v genómoch rastlinných chloroplastov preto môže poskytnúť podporu údajov na zlepšenie účinnosti konštrukcie vektora génovej expresie, skúmanie evolučných vzťahov druhov, pochopenie molekulárnych mechanizmov adaptácie na prostredie a zlepšenie rastlinných druhov [15].