Druhá časť: Bežné rizikové varianty v NPHS1 a TNFSF15 sú spojené s detským nefrotickým syndrómom citlivým na steroidy

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Pls kliknite sem pre časť 1

Rozptyl vysvetlený všetkými autozomálnymi variantmi v súčasnej štúdii

Pozorovaná dedičnosť detských SSNS vysvetlená celogenómovými variantmi sa odhadovala na 41,1 percenta (14.0 percent ). Dedičnosť na stupnici zodpovednosti bola 14,8 percent (5.0 percent ), za predpokladu prevalencie populácie 0,016 percent . Vzhľadom na silnú asociáciu oblasti HLA sa pozorovaná dedičnosť odhadla na 31,6 percenta (13,6 percenta) a po transformácii sa zvýšila na 11,4 percenta (4,9 percenta), keď boli vylúčené varianty na chromozóme 6. Bežné varianty (MAF > 5 percent) vysvetlili 88 percent – ​​90 percent dedičnosti ochorenia (doplnková tabuľka S21; doplnkový obrázok S10).

Cistanche môže pomôcť s nefrotickým syndrómom

DISKUSIA

Súčasný japonský GWAS s doteraz najväčšou veľkosťou vzorky a replikáciou vo viacerých kontinentálnych populáciách identifikoval bežné varianty v regiónoch NPHS1 a TNFSF15 ako nové faktory náchylnosti na detský SSNS. Post-GWAS analýza lokusu chromozómu 19 identifikovala potenciálny transkripčný mechanizmus, ktorým môže rizikový haplotyp NPHS1 prispieť k ochoreniu. Napokon, väčšia veľkosť vzorky umožnila ďalšie jemné mapovanie vopred implikovaných lokusov HLA.16 Celkovo tieto zistenia výrazne rozširujú a zlepšujú naše chápanie genetického pozadia detského SSNS. Identifikujú nefrín, člen superrodiny 15 prozápalového cytokínového faktora nekrotizujúceho nádory (TNFSF15) a ich pridružené molekuly ako nové ciele pre biologický výskum na lepšie pochopenie SSNS a potenciálne pre terapeutický vývoj. Nakoniec spojenie s bežnými variantmi v lokusu NPHS1 poskytuje ďalší príklad, ktorý ukazuje, že gény mendelovského ochorenia obličiek môžu obsahovať varianty náchylnosti na bežnejšie multifaktoriálne ochorenie (SSNS).

Zriedkavé mutácie v NPHS1 spôsobujú vrodenénefrotický syndrómfínskeho typu, vzácny monogénnynefrotický syndróm that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) v exóne 3. Predtým Sun et al. hlásili vyššiu frekvenciu minoritnej alely rs2285450 v čínskych sporadickýchnefrotický syndrómpacienti zo Singapuru ako u kontrol (20 percent oproti 13 percentám, P ¼ 0,025) a ukázali, že riziková alela viedla k zníženej schopnosti inhibovať TRPC6 prúdy v HEK293-M1 bunkách prostredníctvom náplasti svorka,čo by mohlo zodpovedať za náchylnosť na proteinúriu.27,28 Táto štúdia poskytuje nezávislú podporu pre rs2285450 ako rizikový faktor pre SSNS a navrhuje alternatívny mechanizmus citlivosti nanefrotický syndrómvyžadujúce ďalšie vyšetrovanie.

Pomocou spárovaných ľudských genetických a glomerulárnych transkriptomických údajov sme nepozorovali rozdiely v celkovej expresii NPHS1 ako funkciu tohto rizikového haplotypu. Údaje RNA-seq však umožnili pozorovanie významného ASE, čo viedlo k nižšej expresii NPHS1 z haplotypu nesúceho rizikové alely (doplnkový obrázok S11). Množstvo rizikových variantov v tomto lokuse bolo synonymom pre exonické zmeny v NPHS1. Preto sme sa viac zamerali na NPHS1 a nesledovali sme diskusiu o úlohe KIRREL2 v potenciálnych mechanizmoch ochorenia. Budúca práca by mala zahŕňať: (i) potvrdenie tohto pozorovania u ďalších pacientov s genotypizáciou a údajmi o expresii obličiek; a (ii) získanie mechanického pochopenia toho, ako tento ASE NPHS1 prispieva alebo spôsobuje spojenie s SSN, ktoré sme pozorovali. Potenciálne hypotézy dysfunkcie zahŕňajú: (i) zvýšené zaťaženie bunky na produkciu potrebného množstva nefrínu z referenčného chromozómu, čo vedie k bunkovému stresu a zvýšenej náchylnosti na poškodenie; a (ii) potenciálne dysfunkčný nefrínový proteín produkovaný rizikovým haplotypom (napr. prostredníctvom rôznych posttranslačných modifikácií), čo vedie k abnormálnej glomerulárnej filtračnej bariére.

Genetické polymorfizmy v lokuse 9q32 sú spojené s niekoľkými autoimunitnými a zápalovými ochoreniami.23,29–31 Najpravdepodobnejším génom spôsobujúcim ochorenie v rámci 9q32 je TNFSF15, ktorý kóduje TNFSF15. V tejto štúdii bola významná asociácia rs4979462 replikovaná nezávisle a ďalej posilnená transetnickou metaanalýzou. Hitomi et al.32 predtým identifikovali rs4979462 ako funkčný variant in vitro funkčnou analýzou s použitím luciferázového testu a elektroforetického testu posunu mobility. Test super-shift objasnil, že riziková alela (T) rs4979462 vytvorila nové väzbové miesto NF-1.32 Okrem toho niekoľko správ ukázalo, že riziková alela rs4979432 ovplyvňuje hladinu expresie mRNA TNFSF15.30, 32 Na potvrdenie asociácie TNFSF15 s SSNS u detí sú potrebné ďalšie štúdie.

V tejto štúdii boli varianty v lokusoch NPHS1 a TNFSF15 identifikované a replikované hlavne v populáciách východnej Ázie (Japonsko a Kórea) a Južnej Ázie, u ktorých bol hlásený vyšší výskyt ochorenia. Naopak, frekvencie rizikových alel kandidátskych SNP v NPHS1 boli zriedkavé u ľudí európskeho pôvodu (tabuľka 1). Tieto zistenia môžu čiastočne vysvetliť epidemiologický rozdiel medzi populáciami z pohľadu polymorfizmov spojených s ochorením. Tento rozdiel ďalej ilustruje absencia významných signálov v našom japonskom súbore údajov v oblastiach CALHM6/FAM26F a PARM1, ktoré boli zistené v homogénnej kohorte európskeho pôvodu.15,17

S prevládajúcim príspevkom génov HLA-DR/DQ boli s ochorením silne spojené génové súbory proteínového komplexu hlavného histokompatibilného komplexu triedy II a aktivity receptora hlavného histokompatibilného komplexu triedy II. Vrodená imunitná odpoveď bola tiež identifikovaná ako významný súbor génov so stredným účinkom. Vrodený imunitný systém vrátane aktivácie profesionálnych buniek (bunky prezentujúce antigén a B bunky/Toll-like receptory), ako aj adaptívny imunitný systém, v ktorom hrajú kľúčovú úlohu HLA molekuly, sa podieľa na chorobnom procese a reakcii. na liečbu.33,34

Približne 90 percentami dedičnosti detskej SSNS sa podieľali bežné varianty, hoci sa brali do úvahy aj varianty s relatívne zriedkavými frekvenciami alel (MAF: 0,5 percenta – 5 percent). Veľká časť dedičnosti ochorenia však zostáva nezohľadnená. Ďalšie varianty súvisiace s ochorením v oblastiach bez HLA môžu byť identifikované budúcimi štúdiami v rámci celého genómu s väčšími veľkosťami vzoriek, najmä u pacientov s európskymi a inými mimovýchodoázijskými predkami, pretože polymorfizmy spojené s ochorením v oblastiach bez HLA sú stále vo veľkej miere neznámy.

V tejto štúdii veľkosti vzoriek v replikačných kohortách s rôznymi predkami obmedzili silu na replikáciu signálov s menšími veľkosťami účinku. Stratifikácia populácie môže existovať vo fáze replikácie kvôli nedostatku prispôsobenia. Okrem toho sa medzi prípadmi a kontrolami mohli vyskytnúť dávkové účinky, keď sa frekvencie alel z verejných databáz použili ako kontroly zodpovedajúce populácii.

Stručne povedané, objavy tu poskytujú nové lokusy SSNS. Najmä lokus NPHS1 poskytuje nový provokatívny koncept patogenézy ochorenia, spája a posilňuje novovznikajúcu paradigmu v nefrológii – v určitých génoch nesúcich mendelovské varianty môžu bežnejšie alely zvýšiť náchylnosť na multifaktoriálne, polygénne ochorenia, ako sa už predtým preukázalo pre UMOD, COL4A3 a NPHS2.26,35-41 Napokon súčasné zistenia opäť zdôrazňujú dôležitosť vykonávania genomického výskumu v rôznych populáciách. Týmto sme objavili špecifické SNP, ktoré budú mať pravdepodobne väčší vplyv na populácie východnej a južnej Ázie, pričom identifikujeme gény a lokusy, ktoré môžu byť dôležité vo všetkých populáciách, ku ktorým by sme boli štatisticky slepí, ak by sme použili európsku objaviteľskú kohortu.

METÓDY

Ďalšie podrobnosti nájdete v časti Doplnkové metódy.

Vzorky: V štádiu objavu bolo 1018 japonským pacientom diagnostikované detské SSNS (vek nástupu<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotypizácia a imputácia celého genómu v štádiu objavovania

V štádiu objavovania sa genotypizovalo 1018 prípadov a 3331 kontrol pomocou poľa Affymetrix Japonica.42 Devätnásť vzoriek bolo vylúčených nízkou mierou hovorov (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Kontrola kvality sa uskutočňovala s použitím nasledujúceho prahu: individuálna miera chýbania<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. Analýza hlavných komponentov sa uskutočnila pomocou komplexnej analýzy vlastností celého genómu (verzia 1.26.0)44 pre prípady, kontroly a údaje z fázy III HapMap (113 CEU [populácia v severozápadnej Európe], 113 YRI [Yorubovia v r.

Ibadan, Nigéria], 84 CHB [Číňania Han v Pekingu, Čína] a 86 JPT [japonská populácia v Tokiu, Japonsko]); vzorky identifikované ako odľahlé hodnoty boli vylúčené (doplnkový obrázok S1A–E).

Asociačné analýzy celého genómu v štádiu objavovania

Asociačné analýzy celého genómu a podmienené analýzy založené na jednonukleotidových variantoch sa uskutočnili pomocou logistickej regresie, upravením podľa pohlavia a prvých 4 hlavných zložiek (PC1 až PC4) pomocou PLINK 1.9. Na generovanie grafov Manhattan a QQ sa použil balík r "qqman". Regionálne grafy boli vytvorené pomocou Locuszoom (1000 genómov Nov 2014 ASN bolo použitých ako referenčná väzbová nerovnováha).45

Génový test a analýza génového súboru

Testy založené na génoch a analýzy sady génov boli vykonané pomocou MAGMA v1.646 (implementované prostredníctvom FUMA47). Databáza Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 a NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 sa použili na nájdenie eQTL ovplyvňujúcich expresiu rôznych génov v rôznych tkanivách a tkanivách špecifických pre obličky.

Replikácia kandidátskych SNP

Replikácia sa uskutočnila vo viacerých populáciách. Účastníci kórejského súboru údajov boli prijatí z Južnej Kórey. Kohorta MWPNC zahŕňala 181 pacientov juhoázijského pôvodu z USA a Srí Lanky, 158 pacientov afrického pôvodu z

Obrázok 4| Glomerulárna expresia NPHS1 mRNA vNefrotický Syndrómkohorta študijnej siete (NEPTUNE). (a) Fragmenty NPHS1 na milión kilobáz expresie porovnávajúce vzorky s rizikovým haplotypom NPHS1 a bez neho. Vzorky s rizikovým haplotypom NPHS1 nevykazujú výrazne odlišné úrovne expresie (Wilcoxonov test, P ¼ 0.39). (b) Alelovo špecifická expresia (ASE) porovnávajúca vzorky s rizikovým haplotypom NPHS1 a bez neho. ASE ¼ |0.5 – (haplotyp A / celkový počet prečítaní)|. U pacientov s rizikovými alelami obsahuje haplotyp A všetkých 5 rizikových variantov NPHS1; u pacientov bez rizikového haplotypu sa haplotyp A náhodne vyberie z 1 z ich 2 haplotypov. Vzorky s menej ako 2 heterozygotnými jednonukleotidovými polymorfizmami alebo v spodných 10 percentách celkového počtu sú označené sivou farbou. Vzorky s rizikovým haplotypom NPHS1 vykazujú signifikantnú alelovo špecifickú expresiu s nižšou expresiou rizikového haplotypu (Wilcoxonov test, P ¼ 9,3E–4). CPM sa počíta za milión.

USA a Nigéria a 63 európskych a 27 hispánskych pacientov bolo prijatých z USA. Kohorta NEPHROVIRU zahŕňala 132 eueurópskych, 56 afrických a 85 maghrebijských detí s SSNS, naverbovaných v oblasti Paríža; 2000 európskych kontrol z 3 miest a 454 kontrol z 1000G africkej kohorty a 261 marockých kontrol sa použilo ako kontroly zodpovedajúcej populácii. Talianska a španielska (ItSpa) kohorta zahŕňala 112 európskych pacientov z Talianska a Španielska a 552 kontrol z európskej kohorty 1000G. Podrobné informácie o súboroch údajov každej populácie sú uvedené v doplnkových metódach a tabuľke 1.

Vo fáze replikácie sa uskutočnila logistická regresia v kórejskom súbore údajov pomocou údajov o jednotlivých genotypoch. Hodnoty P boli vypočítané Pearsonovým c2 testom alebo Fisherovým presným testom v kohorte MWPNC a verejných databázach. Pre bunku ¼ 0 v teste c2 sa ku každej zo 4 buniek pridalo 0.5 na výpočet OR, štandardnej chyby (SE) a 95-percentného intervalu spoľahlivosti. V súboroch údajov NEPHROVIR a ItSpa sa vykonali asociačné analýzy podľa aditívneho modelu.

Transetnická metaanalýza

Transetnická metaanalýza sa uskutočnila pomocou metódy inverznej variancie založenej na modeloch s fixnými alebo náhodnými účinkami podľa „META“.49 Heterogenita sa zvažovala, keď mal Cochran Q test hodnotu P < 0.10.="" pita="">< 5e–08="" sa="" považovala="" za="" prah="" významnosti="" pre="" celý="" genóm="" pre="">

Analýza ASE v kohorte NEPTUNE

Celková RNA z glomerulárnych biopsií a 30-násobné celogenómové sekvenovanie sa uskutočnilo na 269 a 625 vzorkách z NEPTUNE20 (podrobnejšie pozri doplnkové údaje20). Varianty na chromozóme 19 boli filtrované, pričom sa odstránili MAF < 0,0001,="" inzercie="" a="" delécie,="" skóre="" kvality="" genotypu="">< ​​20="" a="" chýbajúce=""> 10 percent. Varianty boli fázované s Eagle v2.4.150 na Michigan Imputation Server51 s použitím 1000 genómov fázy 3 referenčného panela. Kvantifikácia génu (Log2CPM) bola vypočítaná metódou normalizácie edgeR orezaného priemeru M hodnôt (TMM).53 NPHS1 a okolitá 1KB intergénna oblasť (chr19: 36,315,274–36,343,895) boli špeciálne zamerané na bamfily. Súbory bam NPHS1 a fázované sekvenovanie celého genómu boli vložené do phASER54, aby sa vykonalo fázovanie haplotypov. Kvôli vysokej rekombinácii v rámci NPHS1 sme zistili nekonzistentné fázovanie rs2071347 (NPHS1, exón 26) pri porovnávaní, a preto boli rôzne referenčné panely odstránené a analyzované. Použili sme phASER na výpočet expresie špecifickej pre haplotyp súčtom počtov RNA-seq vo všetkých heterozygotných SNP. Vzorky s menej ako 20 celkovými hodnotami NPHS1 boli odstránené. Pre 187 zostávajúcich vzoriek sme vypočítali ASE akoj0,5 – (haplotyp A / celkový počet odčítaní)j. U pacientov s rizikovým haplotypom obsahuje haplotyp A všetkých 5 rizikových variantov NPHS1; u pacientov bez rizikového haplotypu sa haplotyp A náhodne vyberie z jedného z ich 2 haplotypov. Potom sme porovnali ASE a génovú expresiu pre vzorky s rizikovým haplotypom a bez neho so súhrnným testom podľa WilcoxonaR. Celkové hodnoty a počet podporných heterozygotných SNP sa medzi vzorkami líšili. Vzorky s nižšou schopnosťou detegovať ASE, menej ako 2 heterozygotné SNP alebo v spodných 10 percentách celkových odčítaní boli napriek tomu zahrnuté pre úplnosť a sú označené ako sivé body na obrázkoch 4a a b.

Jemné mapovanie HLA

Metódy imputácie HLA a genotypizácie HLA sú uvedené v doplnkových metódach.

Výpočet výkonu

Sila objavenia GWAS (987 prípadov a 3206 kontrol) sa vypočítala pomocou balíka R „CATS“.55 Za predpokladu prevalencie ochorenia 0,016 percenta sa sila štúdie vypočítala samostatne podľa aditívny model pre varianty s frekvenciou alel 0,5 percenta, 5 percent a 50 percent, s prahom významnosti ¼ 5E–08 (doplnkový obrázok S2). Online odhad veľkosti vzorky56 Bioinformatics Institute sa použil na odhadnutie sily replikácie pre každý

kandidát SNP.

Odhady dedičnosti

Dedičnosť chorôb vysvetlená variantmi v rámci celého genómu sa odhadla pomocou analýzy komplexných vlastností v celom genóme43,57 (analýza komplexných vlastností celého genómu – metóda LDMS), za predpokladu prevalencie ochorenia 0.016 percent v japonskej populácii. Do analýzy boli zahrnuté všetky varianty, ktoré prešli postupom kontroly kvality po imputácii celého genómu. Varianty boli pri vytváraní matíc genetických vzťahov počas výpočtu zoskupené ako bežné varianty (MAF > 5 percent) alebo neobvyklé varianty (0,5 percenta < maf="" #="" 5="" percent).="" podrobnosti="" sú="" uvedené="" v="" doplnkových="">

DODATOK

Výskumné konzorcium pre genetiku detského idiopatického vekuNefrotický Syndrómv Japonsku

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Naka-nishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayoritashi, Kuimiaki, Kazi Fujirokashi, Kuijirokashi, Kuidoshi Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichwaniro Kanda, Emi Sabay , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Youaki Ohzu, Youaki Shimi Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yosh-ihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kaumoto Noshiroma, Shogoto Iiroshiji Minamikawa, Tomohiko Yamamura, Čína Nagano, Tomoko Horinouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Shimora, Yayyo Shishimori, Yayyo Shishimura, Yuya Shishimora Takeshima, Rika Fuji-maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayuki Takoh Ihara Ishima Ishima Shiwa Shi-mizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tasushi Hino Sato, Seyuyu Sato, Seshi Nakazato, Hiroshi Tamura a Koichi Nakanishi

Kórejské konzorcium dedičných renálnych chorôb u detí

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han a Eun Mi Yang

Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetics of Nephrotic

Študijná skupina syndrómu)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez, Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari a Sherif El Desk

NEPHROVIR

Hrajú: Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschênes, Claire Dossier, Claire , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaijg, B Stephanie Nagriat Muller, Kagrielson , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski a Férielle Zenkhri

DISCLOSURE

Spoločnosť MGS získala poplatky za poradenstvo od spoločnosti Maze Therapeutics. Spoločnosť AS získala cestovnú podporu od Biofem Pharmaceuticals. Spoločnosť GD získala poplatky za poradenstvo od spoločností Chiesi a Biocodex, poplatok za prednášky od spoločnosti Alnhylam a podporu pri cestovaní od spoločnosti Sanofi. MV získala poplatky za poradenstvo od Achillion Pharmaceuticals a Gentium-Jass, poplatok za prednášky od Sanofi a grant od Alexion Pharmaceuticals. Kii dostala poplatky za poradenstvo od Zenyaku Kogyo. Všetci ostatní autori nedeklarovali žiadne konkurenčné záujmy.

POĎAKOVANIE

Ďakujeme všetkým pacientom, ktorí sa zúčastnili tejto štúdie a ich rodinám a pani Yoshimi Nozu a pani Ming Juan Ye za ich technickú pomoc. Ďakujeme Minoru Nakamura, Hitoshi Okazaki a Mika Matsuhashi za ich podporu vo funkčných štúdiách. Ďakujeme J. Ludovic Croxford, Ph.D., zo skupiny Edanz (www.edanzediting.com/ac) za úpravu konceptu tohto rukopisu.

Súhrnné údaje variantov v objave GWAS sú dostupné prostredníctvom databázy Japan National Bioscience Database Center (ID výskumu: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

Túto prácu podporili: Japonská agentúra pre lekársky výskum a vývoj (AMED) pod číslom grantu JP17km0405108h0005 pre Kii, KI, KN a KT a JP17km0405205h0002 a 18km0405205h0003 pre KT a MN; a od Japonskej spoločnosti na podporu vedy (JSPS) v rámci grantu na podporu vedeckého výskumu na podporu spoločného medzinárodného výskumu (B) 18KK0244 pre Kii, YH, TH, CN a KN. Časť tejto štúdie bola financovaná z grantu Európskej výskumnej rady ERC-2012-ADG_20120314 (zmluva o grante 322947) a grantu Agence Nationale pours la Recherche „Genetransnephrose“ ANR-16-CE{{17} } do PR. RG je podporovaná Národnými inštitútmi zdravia/Národnými inštitútmi pre diabetes a choroby tráviaceho traktu a obličiek (NIH/NIDDK) granty 5R01DK098135 a 5R01DK094987, cena charitatívnej nadácie Doris Duke za rozvoj klinického vedca v oblasti zdravia 2009033, a Duke Scholars. MGS je podporovaná grantom National Institutes of Health (R01-DK108805). TheNefrotický SyndrómKonzorcium študijnej siete (NEPTUNE; U54-DK-083912) je súčasťou Národného centra pre pokrokové prekladové vedy (NCATS). Sieť klinického výskumu zriedkavých chorôb (RDCRN) bola podporovaná prostredníctvom spolupráce medzi Úradom pre výskum zriedkavých chorôb (ORDR), NCATS a Národným inštitútom pre diabetes, trávenie a choroby obličiek. RDCRN je iniciatívou ORDER of NCATS. Dodatočné financovanie a/alebo programovú podporu tomuto projektu poskytli Michiganská univerzita, NephCure Kidney International a Halpin Foundation. Kohorta NEPHROVIRU bola podporená 2 grantmi Georgesovi Deschênesovi z programu

Hospitalier de Recherche Clinique: granty PHRC 2007-AOM07018 a PHRC 2011-AOM11002. Sieť NEPHROVIR koordinuje detská nefrologická jednotka nemocnice Roberta Debrého, „Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien“ a „Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France“. Marina Vivarelli bola podporovaná Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

DOPLNKOVÝ MATERIÁL

Doplnkový súbor (PDF)

Doplnkové poznámky. Výskumné konzorcium pre genetiku detského idiopatického vekuNefrotický Syndrómv Japonsku, Kórejské konzorcium dedičných renálnych chorôb u detí, Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetika ofNefrotický Syndrómštudijná skupina) a NEPHROVIR.

Doplnkové postupné podmienené analýzy v oblasti HLA a jemné mapovanie HLA.

Doplnkové metódy.

Tabuľka S1. Definície NS.

Tabuľka S2. Klinické informácie o pacientoch v objave GWAS a medzinárodnej replikačnej štúdii.

Tabuľka S6. Významné súbory génov s hodnotami P < 0,05="" po="" bonferroniho="" korekcii="" v="" analýze="" súboru="" génov="" pomocou="">

Tabuľka S9. Postupné podmienené analýzy v oblasti HLA.

Tabuľka S10. Haplotypy HLA sú významne spojené s japonskými detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S11. Alely HLA sú významne spojené s japonskými detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S16. Asociačná analýza haplotypov HLA-DRB1-DQB1 s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S19. Asociačná analýza haplotypov HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA.

Tabuľka S20. Homozygoti HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 a HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 a heterozygoti HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 a HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 v štádiu objavovania pomocou HLA-imputácie.

Tabuľka S21. Odhad dedičnosti pomocou autozomálnych variantov v objaviteľskej japonskej vzorke.

Obrázok S1. Analýza hlavných komponentov pri objave GWAS s použitím vzoriek fázy III HapMap ako referencie (113 obyvateľov Utahu s pôvodom zo severnej a západnej Európy [CEU], 113 Yorubov v Ibadane [YRI], 84 Číňanov Han v Pekingu [CHB] a {{ 4}} japončina v Tokiu [JPT]).

Obrázok S2. Sila objavu GWAS.

Obrázok S3. Kvantilovo-kvantilový (Q–Q) graf hodnôt P pre SNP vypočítaných pomocou logistickej regresie s úpravou pre pohlavie a PC1–4 (987 prípadov s detskými SSN a 3206 zdravých kontrol). Obrázok S4. Podmienená analýza kandidátskeho lokusu na chromozóme 19.

Obrázok S5. Podmienená analýza kandidátskeho lokusu na chromozóme 9.

Obrázok S6. Podmienená analýza kandidátskeho lokusu na chromozóme 18.

Obrázok S7. Umiestnenie a anotácia 5 SNP vybraných na replikáciu v oblasti NPHS1-KIRREL2 (A).

Obrázok S8. Manhattanský graf génového testu MAGMA. Obrázok S9. Postupné podmienené analýzy v oblasti HLA. Obrázok S10. Odhad dedičnosti na základe SNP v japonskej populácii.

Obrázok S11. Schematický diagram alelovo špecifickej expresie NPHS1. Rizikové aj nerizikové vzorky vykazujú rovnaké celkové hodnoty.

Doplnkový súbor (Excel)

Tabuľka S3. Varianty s hodnotami P < 1e–05="" v="" objave="" gwas.="" tabuľka="" s4.="" sila="" replikačných="" kohort="" na="" replikáciu="" kandidátskych="">

Tabuľka S5. Významné gény pre celý genóm spojené s detskými SSN v štádiu objavovania MAGMA.

Tabuľka S7. Gény zahrnuté v 4 významných génových súboroch v analýze génových súborov od MAGMA.

Tabuľka S8. Varianty s hodnotami P < 0,05="" v="" kandidátskej="" oblasti="" na="" chromozóme="" 19="" (36,2–36,6="" mb)="" v="" databáze="" gtex="" a="" prehliadači="" nephqtl="">

Tabuľka S12. Asociačné analýzy alel HLA génov HLA triedy I s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S13. Analýzy asociácie alel HLA génov HLA triedy II s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S14. Asociačná analýza haplotypov HLA-AB s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S15. Asociačná analýza haplotypov HLA-ACB s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA. Tabuľka S17. Asociačná analýza haplotypov HLA-DRB1-DQB1-DPB1 s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA.

Tabuľka S18. Asociačná analýza haplotypov HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 s detskými SSN v štádiu objavovania pomocou údajov imputácie HLA.

LITERATÚRA

1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopatickýnefrotický syndrómu detí. Lancet. 2018;39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS. Etnické rozdiely v detstvenefrotický syndrómFrant Pedat.2016r:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al. Vysoký výskyt idiopatického nefrotického syndrómu u detí východnej Ázie: celoštátny prieskum v Japonsku (štúdia JP-SHINE).Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Biela RH. Rodinanefrotický syndrómEurópsky prieskum LA. ClnNephral. 19731215-219.