Analýza dobre anotovaných údajov o sekvenovaní novej generácie odhaľuje rastúci počet prípadov reinfekcie SARS-CoV-2 Omikronom

SARS-CoV-2 značne zmutoval a vytvoril varianty vyvolávajúce obavy (VOC), čo má za následok celosvetový nárast infekcie. Omicron VOC reinfikuje jedincov vystavených skorším variantom SARS CoV-2 s vyššou frekvenciou, ako bolo predtým pozorované pre iné ako Omicron VOC. Analýza podlínií spojených s primárnou infekciou Omicron a reinfekciou Omicron odhaľuje, že incidencia reinfekcií Omicron-Omicron sa vyskytuje v kratšom časovom intervale ako po primárnej infekcii VOC, ktorá nie je Omicron. Naša analýza naznačuje, že jediná infekcia SARS-CoV-2 nemusí vytvoriť ochrannú imunitu potrebnú na obranu proti reinfekciám vznikajúcich línií Omicron. Túto analýzu umožnilo sekvenovanie novej generácie (NGS) dánskej kohorty s klinickými metaúdajmi o oboch infekciách vyskytujúcich sa u toho istého jedinca. Navrhujeme, aby pokračovanie COVID{10}} NGS a zahrnutie klinických metadát bolo nevyhnutné na zabezpečenie účinného dohľadu nad genomikou SARS CoV{11}}, na pomoc pri liečbe a vývoji vakcín a na usmernenie odporúčaní v oblasti verejného zdravia.

cistanche tubulosa - zlepšenie imunitného systému

Svetová zdravotnícka organizácia určila päť variantov vyvolávajúcich obavy (VOC) pre SARS-CoV-2, vírus, ktorý spôsobuje COVID-19: Alpha, Beta, Gamma, Delta a Omicron1. Tieto VOC a vznikajúce varianty zostávajú významnou prekážkou pri odstraňovaní pandémie SARS-CoV-2. Použitie generačného sekvenovania (NGS) a sprievodných metadát umožnilo lepšie pochopiť, ako sa VOC šíri medzi hostiteľmi3–5. Globálna iniciatíva pre zdieľanie údajov o vtáčej chrípke (GISAID) doteraz katalogizovala viac ako 12 miliónov sekvencií SARS-CoV{10}}3. Analýza údajov naznačuje, že každá VOC je spojená s inou úrovňou infekčnosti a virulencie4,5 a že nové varianty, vrátane v súčasnosti cirkulujúcich variantov, majú potenciál reinfikovať hostiteľov napriek globálnemu úsiliu o očkovanie6,7. Najnovší variant, Omicron alebo B.1.1.529, bol označený v novembri 2021 ako VOC krátko po jeho počiatočnej identifikácii v Južnej Afrike a Botswane1. Omicron podrady BA.1, BA.2 a BA.3 sa odvtedy rozšírili po celom svete a stali sa počiatočnými dominantnými variantmi Omicron, po ktorých nasledovali BA.4 a BA.5 v týždňoch nasledujúcich1,8. S výnimkou vakcíny špecifickej pre Omicron, ktorá bola nedávno schválená na použitie v Spojenom kráľovstve 9 a USA 10, sa ako súčasť úsilia o kontrolu pandémie použili vakcíny DNA, RNA a celé proteíny navrhnuté s využitím sekvencií pôvodných kmeňov. Nedávne štúdie skúmali nové prípady infekcií Omicron, ktoré vykazovali únik neutralizačných protilátok vyvolaných vakcínou, čo viedlo k zvýšenému počtu prípadov prelomových infekcií11,12. Vírus výrazne zmutoval na VOC od počiatočného prepuknutia v decembri 2019. Vakcínou indukované protilátky schopné viazať sa na vrcholový proteín, ktorý neutralizoval predchádzajúce varianty, sa zdajú byť menej účinné a titre protilátok časom klesajú13,14. Získaná imunita sprostredkovaná protilátkami, ktorá je výsledkom predchádzajúcej expozície VOC, sa predtým považovala za dostatočnú na prevenciu omikronovej infekcie, avšak v dôsledku kombinácie ubúdajúcich protilátok a variantných mutácií imunita po COVID{41}} neposkytuje úplná ochrana proti reinfekcii od Omicron15.

výhody doplnku cistanche-zvýšenie imunity

Naša štúdia o genomike vírusovej infekcie a reinfekcie od spoločnosti Omicron a jej podriadených línií využíva súbor údajov založený na Dánsku pozostávajúci z genómov SARS-CoV-2, ktoré boli analyzované prostredníctvom NGS. Každý záznam bol označený metadátami o výskyte reinfekcie. Analýza ukazuje, že reinfekcie cez Omicron VOC sa vyskytujú s vyššou frekvenciou v porovnaní s predchádzajúcimi reinfekciami cez Omicron VOC. Ďalšia analýza podlínií odhaľuje, že reinfekcia Omicron-Omicron sa vyskytuje v kratšom časovom intervale v porovnaní s predchádzajúcimi reinfekciami VOC, ktoré nie sú Omicron. To naznačuje, že variant Omicron je schopnejší a rýchlejší pri reinfekcii hostiteľov, ako sme doteraz videli počas pandémie. Mutačný potenciál, ktorý poháňa novú tvorbu VOC, a tým aj reinfekciu, bude potrebné neustále monitorovať, aby bolo možné informovať o prebiehajúcej politike verejného zdravia a rozvíjať farmaceutické modality. Tu prezentovaná analýza je príkladom výskumu, ktorý by nebol možný bez tohto robustného súboru údajov a nepretržitého monitorovania genómu. NGS vznikajúcich vírusových genómov bude musieť pokračovať na celom svete s podrobnejšími metaúdajmi, ktoré umožnia lepší prehľad o progresii SARS-CoV-2. Na dosiahnutie tohto cieľa bude nevyhnutné spojenie rôznych súborov údajov, ktoré prenášajú sekvenciu vírusového genómu každého infikovaného alebo reinfikovaného jednotlivca, metaúdaje a zdravotné záznamy.

Výsledky

Sekvenčné údaje novej generácie SARS-CoV{1}}

Výhody doplnku cistanche-ako posilniť imunitný systém

Kliknite sem pre zobrazenie produktov Cistanche Enhance Immunity

【Požiadať o viac】 E-mail:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Uvádzame našu analýzu dánskeho konzorcia COVID{0}} Genome Consortium dostupného prostredníctvom GISAID, ktorá skúmala jednotlivé prípady reinfekcie hostiteľa naprieč VOC vrátane podriadených línií3. V súčasnosti je k dispozícii 21 708 záznamov o reinfekcii od 1. marca 2020 do 28. augusta 2022. Každý záznam uvádza presný dátum zberu počiatočnej infekcie a reinfekcie pre toho istého jedinca spolu so sekvenciami NGS pre vírusový genóm druhej infekcie. Časové body primárnej infekcie a reinfekcie boli zaznamenané ako hostiteľské metaúdaje, čo umožňuje merať obdobie medzi infekciami. Menšia časť záznamov súboru údajov (7595) uvádzala vírusovú líniu Pango oboch infekcií, okrem dátumu zberu, a údaje NGS pre počiatočné vzorky infekcie a reinfekcie od toho istého jedinca. Nomenklatúra Pango línie používa NGS na fylogenetickú klasifikáciu vírusu na základe jeho genómového zloženia, čo vedie k identifikácii vírusových kmeňov16,17. Väčšina súboru údajov neobsahovala údaje NGS pre počiatočnú infekciu a namiesto toho sa spoliehala na test polymérnej reťazovej reakcie s reverznou transkriptázou (rtPCR), aby sa určilo, či bol subjekt pozitívny na SARS-CoV-2 v nahlásený dátum. Test rtPCR nešpecifikuje vírusovú líniu Pango, a preto tieto vzorky neboli zahrnuté do analýzy znázornenej na obr. 1. Pretože vzorky stále obsahovali potvrdenú počiatočnú infekciu, boli zahrnuté iba na obr. 2a ako NGS of reinfekcia poskytla potvrdenie variantnej línie Pango potrebnej na analýzu. Malá podskupina prípadov, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

Percento prípadov reinfekcie a intervaly podľa variantu

Pre každý NGS-charakterizovaný VOC objavený a hlásený s pridruženými údajmi o Pango línii sme zistili zvyšujúcu sa frekvenciu reinfekcie podporujúcu reinfekciu s Omicron VOC (p < 0.0001, Chi kvadrát test) (obr. 1a). 26 % jedincov infikovaných pôvodným vírusovým kmeňom vykazovalo čoraz vyššie frekvencie reinfekcie s následnými variantmi. Tí, ktorí boli pôvodne infikovaní variantom Alfa, nemali žiadne prípady reinfekcie v dôsledku Alfy; boli však pozorované zvyšujúce sa frekvencie reinfekcie z Delta (2,3 %, 169 prípadov) a Omicron (25,1 %, 1875 prípadov) (obr. 1a). Pre tých, ktorí boli pôvodne infikovaní Delta, bola reinfekcia spôsobená variantom Delta obmedzená (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

Výhody doplnku cistanche-ako posilniť imunitný systém

Aby sme to mohli ďalej preskúmať, stratifikovali sme prípady reinfekcie Omicron-to-Omicron podľa ich hlavného označenia pod líniou (obr. 1b). Línie BA.2, BA.4 a BA.5 úzko zdieľajú vrcholové aminokyselinové sekvencie v porovnaní s inými líniami Omicron. Medzi BA.2 a BA.4 a BA.5 existujú iba tri mutačné rozdiely v spike proteíne: del69-70, L452R a F486V8. Napriek tejto podobnosti bola hlásená vysoká frekvencia reinfekcií Omicron-to-Omicron s významným rozdielom medzi pozorovanou distribúciou počtu a očakávanou distribúciou počtu, čo ukazuje, že existuje vzťah medzi podskupinami Omicron pre reinfekciu a nie je spôsobený šanca (p < 0.0001, Chí-kvadrát test) (obr. 1b). Jedinci pôvodne infikovaní sublíniou BA.1 predstavovali vysokú frekvenciu celkových reinfekcií Omikrón až Omikrón (62 %, 211 prípadov), pričom druhá infekcia bola spôsobená prevažne BA.2 (20 %, 68 prípadov) alebo BA 0,5 (30 %, 102 prípadov) (obr. 1b). Podobne jedinci na začiatku infikovaní BA.2 vykazovali porovnateľne vysoké frekvencie reinfekcie (38 %, 129 prípadov) BA.5 (26,2 %, 89 prípadov) (obr. 1b). Infekcie označené ako "iné" na obr. 1b nemali spoločné názvoslovie definujúce líniu. Vysoké frekvencie reinfekcie naznačujú, že charakterizovaný rozdiel v spike proteíne BA.1 alebo BA.2 a BA.5 je dostatočne vysoký na to, aby bránil schopnosti neutralizujúcich protilátok z BA.1 alebo BA.2 po infekcii viazať sa na BA. .5 spike proteín12,16. Línie BA.1, BA.4 a iných menej anotovaných variantov Omicron mali nižšie úrovne opätovnej infekčnosti v porovnaní s BA.2 a BA.5.

Obr. 1 Percento prípadov reinfekcie a intervaly podľa variantu. Tepelná mapa zobrazujúca frekvenciu celkových reinfekcií medzi dvoma variantmi pre počiatočnú infekciu aj reinfekciu v Dánsku. Nespracované počty sú uvedené pod hodnotou frekvencie v zátvorkách. Pre prázdne biele štvorce neboli dostupné žiadne údaje. n=7467 prípadov reinfekcie. b Teplotná mapa znázorňujúca frekvenciu reinfekcie medzi počiatočnou infekciou Omicron a druhou infekciou Omicron podľa sublínií v Dánsku. Nespracované počty sú uvedené pod hodnotou frekvencie v zátvorkách. Pre prázdne biele štvorce neboli dostupné žiadne údaje. n=340 prípady reinfekcie Omicron-to-Omicron. c Bodový graf zobrazujúci čas medzi prípadmi (týždne) pre prvú a druhú infekciu rôznych variantov v Dánsku. Priemery skupín sú znázornené čiernymi pruhmi. Červený štvorec zvýrazňuje niekoľko skorých prípadov Omikrón-Omikrón spomínaných v texte, ktoré sa vyskytli pred 10-týždňovým obdobím. n=7467 prípadov reinfekcie. d Rozptylový graf pre čas medzi prípadmi (týždne) infekcií Omicron-to-Omicron podľa rodovej línie v Dánsku. Priemery skupín sú znázornené čiernymi pruhmi. Červený štvorec zvýrazňuje skoré prípady medzi Omikronom a Omikronom uvedené v texte, ktoré sa vyskytli pred 10-týždňovým obdobím pre konkrétnu podriadenú líniu. n=340 prípady reinfekcie Omicron-to-Omicron.

Obr. 2 Percento reinfekcie a počty sekvencií. Dánske percentá sekvenovania v čase stratifikované podľa variantu reprezentované ako čiarový graf s prekrytím stĺpcového grafu reprezentujúceho percentá druhej infekcie stratifikované variantom, ktorý zahŕňa údaje NGS a rtPCR. b Celosvetové počty sekvencovania rozvrstvené podľa kontinentov v intervaloch jedného mesiaca. Údaje sú tiež zobrazené ako percento prípadov zoradených počas obdobia jedného mesiaca na doplnkovom obrázku 2.

Pokles neutralizačných protilátok po infekcii vyvoláva obavy, ako dlho bude u daného jedinca trvať prirodzená imunita. Modely pred Omikronom odhadovali viac ako 90 % účinnosť počiatočnej imunity po infekcii, ale tieto odhady sa po 108 týždňoch znížili na menej ako 10 %19. Obrázky 1c a d ukazujú čas medzi infekciami prvým a druhým VOC pozorovaným počas pandémie. Medzi rôznymi VOC je demonštrovaný postupný trend predlžovania času do reinfekcie v dôsledku ich načasovania výskytu, šírenia a dominancie v pandémii (obr. 1c). Konkrétne prípady reinfekcie Omicron-to-Omicron sa objavia už za 3 týždne po počiatočnej infekcii, s priemerom 22 týždňov (obr. 1c). Z týchto reinfekcií Omicron-to-Omicron sa 50 z celkového počtu 340 (14,7 %) prípadov vyskytne do 10 týždňov od počiatočnej infekcie; označené červeným rámčekom na obr. 1c. Uskutočnil sa t-test pre významnosť času medzi týmito reinfekciami Omicron-to-Omicron, ktoré sa vyskytujú pred a po 10 týždňoch. Tieto dve podskupiny demonštrujú významnosť priemerných časov reinfekcie (p < 0,0001, 95 % CI: 17,17–20,19). To viedlo k ďalšej analýze s cieľom určiť, čo by mohlo spôsobiť túto významnú bimodálnu distribúciu v skupine reinfekcie Omicron-Omicron. Tieto reinfekcie z obr. 1c sú stratifikované podľa podlínií na obr. 1d. Výskyt reinfekcie pred 10. týždňom, označený červeným rámčekom na obr. 1d, je prevažne spojený najskôr s BA.1 a potom s reinfekciou s BA.2. Uskutočnila sa analýza rozptylu (ANOVA) (doplnkové údaje 1) medzi týmito skupinami na obr. 1d ukazuje významnosť medzi rozdielom v priemeroch pre väčšinu v dôsledku dostupnosti údajov NGS spracovaných pomocou bioinformatiky na odhalenie Pango línie vzoriek v súbore údajov .

Percento prípadu reinfekcie

Použitím kombinovaného súboru údajov vzoriek NGS a rtPCR, ako je opísané vyššie, bol za posledných osem mesiacov (2. decembra021. júla 2022) hlásený vyšší počet reinfekcií v porovnaní s inými VOC za posledný rok (obr. 2a). Podiel podlínií Omicron na celkovom počte infekcií v Dánsku je podrobne uvedený na doplnkovom obr. 1. Počas globálnej infekčnej vlny Omicron malo Dánsko najvyšší podiel reinfekcie 19,5 % z celkového počtu prípadov vo vzorke v júli 2022. Na porovnanie, vrchol 1,4 % z celkového počtu prípadov počas vlny Delta bol hlásený ako reinfekcie. Tento rozdiel poukazuje na vysokú úroveň reinfekcií pozorovanú počas progresie pandémie do Omicron VOC. Okrem toho údaje ukazujú, že keď bol dominantný variant infekcie takmer rovnomerne rozdelený na 50 % medzi Delta a Omicron, nedochádzalo k rovnomernému rozdeleniu reinfekcií. Reinfekcie v tom čase, december 2021, spôsobila Delta v 0,6 % prípadov a Omicron v 1,6 % prípadov. Toto je dôležité zistenie medzi spoločnosťami Delta a Omicron, pretože pravdepodobnosť expozície bola približne rovnaká, ale pravdepodobnosť reinfekcie nebola.

Diskusia

Naše výsledky v rámci tohto prehľadu dostupných regionálnych údajov ilustrujú dva základné koncepty. Po prvé, jedinci sú reinfikovaní SARS-COV-2 a zdá sa, že reinfekcie medzi omikrónmi a omikrónmi sa vyskytujú bližšie pri sebe s vyššou frekvenciou, ako sa pozorovalo pri reinfekciách spojených s predchádzajúcimi VOC. Niekoľko predchádzajúcich štúdií skúmalo frekvencie reinfekcie v SARS-CoV-2 vrátane Omicron, a hoci tieto typy štúdií poskytujú cenné poznatky, často sa obmedzujú iba na údaje PCR6, 7, 20 a neoznačujú líniu Pango čím sa obmedzuje možnosť získať prehľad o pandémii. Po druhé, existuje neustála potreba NGS so sprievodnými klinickými metadátami pacienta na nepretržité sledovanie zmien v miere vírusových infekcií a účinnosti vakcín. Efektívne sledovanie genómu nám umožňuje pochopiť trendy vo vírusovej infekčnosti a vyhodnotiť aktuálnu úroveň hrozby vznikajúcich VOC. Videli sme bezprecedentnú úroveň celosvetovej vedeckej spolupráce zameranej na zachytenie vírusových sekvencií od infikovaných jedincov na vybudovanie verejnej databázy. Táto spolupráca sprístupnila verejnosti cenné údaje, aby sme mohli monitorovať zmeny vo vírusovej genomike, vykonávať epidemiologické štúdie, usmerňovať politiku verejného zdravia a informovať o návrhu vakcín3. Hoci má GISAID v čase tejto analýzy k dispozícii viac ako 12 miliónov sekvencií, súčasné miery sekvenovania výrazne klesajú3. Rozdelenie počtu NGS podľa kontinentov je zobrazené s nedávnym poklesom v Severnej Amerike a Európe (obr. 2b). Tento pokles negatívne ovplyvňuje schopnosť našej vedeckej komunity analyzovať SARS-CoV-2 a COVID{16}}, keďže údaje o línii Pango možno generovať iba z údajov NGS. Okrem toho sa v súčasnosti dostupné genómové sekvenovanie často uvádza buď ako počiatočná infekcia alebo reinfekcia, ale údaje NGS o počiatočnej infekcii a reinfekcii sa zvyčajne neuvádzajú spoločne pre toho istého jednotlivca. Dánsky súbor údajov ilustruje dôležitosť vykazovania údajov NGS na jednotlivca ako prostriedku na analýzu rizika reinfekcie. Ide o jedinečnú kohortu v rámci databázy GISAID, keďže v tejto štúdii bolo použitých 21 708 dobre anotovaných genómov z Dánska. Menej ako 2{21}} ďalšie anotované genómy reinfekcie boli dostupné po celom svete s obmedzenými úrovňami podrobností o reinfekcii a často chýbajúcimi väzbami na pacienta. Veľkosť tejto štúdie, ako aj relatívna veľkosť Dánska a hustota obyvateľstva sa hodia na to, aby pomohli zmierniť zaujatosti v analýzach. Keďže reinfekcia sa stáva bežnejšou nielen pre druhú infekciu, ale aj pre tretiu a štvrtú infekciu, celosvetovo uvádzané údaje môžu poskytnúť lepší prehľad o reinfekcii. Okrem toho by sa chronické infekcie mohli podrobne analyzovať pomocou viacerých analýz NGS na vzorkách v priebehu času, aby sme pochopili, ako sa vírus vyvíja v konkrétnom hostiteľovi.

Reinfekcia môže byť ovplyvnená vonkajšími, nebiologickými predsudkami, ako sú obdobia blokovania a ochranné opatrenia, ako sú masky, vakcíny a rôzne obmedzenia. Národná blokáda bola v Dánsku zavedená 11. marca 2020, pričom dve fázy opätovného otvorenia nastali krátko potom, 6. apríla a 27. mája. Druhá národná blokáda bola zavedená 16. decembra 2020 a znovuotvorenie nasledovalo v dvoch fázach 16. februára a 1. marca 2021. Všetky obmedzenia, ako sú požiadavky na masky, obmedzenia veľkosti na zhromaždeniach a obmedzenia obchodnej prevádzky, boli odstránené v septembri 2021. Napriek opätovnému zavedeniu týchto obmedzení s cieľom pomôcť zmierniť šírenie vírusu od decembra 2021 do februára 2022, 7084 prípadov reinfekcie Omicron pozorovaných počas tohto obdobia predstavovalo nárast z 1,5 na 6 %, čo je úroveň reinfekcie, ktorá predtým nebola zaznamenaná (obr. 2a). Dánsko sa stalo prvou krajinou na svete, ktorá zastavila svoj vakcinačný program a ukončilo základné očkovanie od 15. mája 2022. Zdôvodnenie uvádzalo, že 81 % krajiny bolo zaočkovaných a 62 % dostalo tretiu posilňovaciu dávku od februára 2022. Ukončenie očkovacieho programu mohlo potenciálne spôsobiť zvýšenie počtu primárnych infekcií a reinfekcií, keďže v Dánsku stále existuje značná časť nezaočkovaných jedincov 21.–24. V súvislosti s pandémiou COVID{25}} je obavou, že u očkovaných jedincov z variantov a ich podlínií dôjde k prelomovým infekciám v dôsledku klesajúcich titrov neutralizačných protilátok13,14. V našej štúdii sme to nemohli analyzovať, pretože sprievodné metaúdaje uvádzajúce typ vakcíny, počet prijatých dávok a dátum podania neexistovali. Metaúdaje o očkovaní a ďalšie, ako napríklad vek alebo už existujúci zdravotný stav, by mohli umožniť analýzu reinfekcie na úrovni ochrany alebo rizika s väčšou podrobnosťou od prípadu k prípadu. Štúdie použili tento typ metadát na analýzu reinfekcie Omicron, ale namiesto rtPCR25, 26 chýbajú údaje NGS definujúce líniu Pango. Analýza v Katare bola obmedzená rtPCR, ale dospela k záveru, že proti BA.4 alebo BA.5 bola prítomná v miernej miere z predchádzajúcej non-Omikrónovej infekcie, ale silnejšia po Omikrónovej infekcii. Jednotlivci boli stále schopní byť reinfikovaní bez ohľadu na prvý variant infekcie, ale zaujímavé je, že sa to veľa nezmenilo pre očkovaných jedincov. U očkovaných jedincov sa navrhlo, aby mali mierne vyššiu ochranu pred reinfekciou. Zistenia zo štúdie v Katare sú odvodené z pozitívneho rtPCR testu navrhnutého pre bežnú deléciu Spikeho proteínu korelovanú s dátumom dominantného variantu, BA.4 alebo BA.5. Keďže táto delécia je prítomná vo viacerých pod-líniách Omicron, BA.4 a BA.5, nemožno ich oddeliť na analýzu bez potvrdenia Pango línie pomocou NGS20. Pevne veríme, že sekvenovanie novej generácie vzoriek SARS CoV-2 musí pokračovať pridaním metadát popisujúcich hostiteľa. Aj keď je pokles sekvencovania znepokojujúci, integrácia údajov jedného človeka z viacerých zdrojov predstavuje zásadný pokrok smerom k objavovaniu nových poznatkov o COVID-19. Napríklad je dôležité prepojiť sekvenovanie novej generácie na identifikáciu vírusového genómu, lekárske záznamy na preskúmanie veku a už existujúcich stavov a metaúdaje na sledovanie času a stavu reinfekcie.

cistanche rastlina zvyšujúca imunitný systém

V prípade reinfekcie sú informácie o sekvenovaní charakterizujúce načasovanie medzi infekciami a zloženie vírusového genómu každej infekcie rozhodujúce pre informovanie presných odporúčaní verejného zdravia a navrhovanie účinných, dlhotrvajúcich liečiv. Naša štúdia naznačuje, že reinfekcie s Omicron VOC sa vyskytujú s vyššou frekvenciou a v kratšom časovom intervale, ako sa pozorovalo pri iných VOC skôr počas pandémie. To má významné dôsledky pre tvorcov politík v oblasti verejného zdravia. Tu prezentovaná analýza je príkladom výskumu, ktorý by nebol možný bez tohto rozsiahleho súboru údajov, ktorý bude musieť pokračovať v NGS po celom svete a bude ďalej vylepšený spojením súborov údajov sprostredkúvajúcich sekvenciu vírusového genómu každého infikovaného alebo reinfikovaného jednotlivca, jeho metaúdaje a zdravotné zdravie. záznamy.

Naša štúdia naznačuje, že reinfekcie s Omicron VOC sa vyskytujú s vyššou frekvenciou a v kratšom časovom intervale, ako bolo pozorované pri iných VOC skôr počas pandémie; naša schopnosť merať a kvantifikovať šírenie vírusu sa však exponenciálne zmenšila v dôsledku zníženého financovania / schopnosti / nepretržite sekvenovať vzorky pacientov.

Referencie

1. Viana, R. a kol. Rýchla epidemická expanzia variantu SARS-CoV-2 Omicron v južnej Afrike. Príroda 603, 679–686 (2022).

2. Oliu-Barton, M. a kol. Eliminácia verzus zmiernenie SARS-CoV-2 za prítomnosti účinných vakcín. Lancet Glob. Zdravie 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. a kol. Úloha GISAID v reakcii na pandémiu. Čína CDC Wkly. 3, 1049 – 1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Objavujúce sa varianty SARS-CoV-2 a vplyv v globálnych očkovacích programoch proti SARS-CoV-2/COVID-19. Vaccines 9, 243 (2021).

5. Wu, H. a kol. Nukleokapsidové mutácie R203K/G204R zvyšujú infekčnosť, kondíciu a virulenciu SARS-CoV-2. Cell Host Microbe 29, 1788-1801.e6 (2021).

6. Rahman, S. a kol. Reinfekcie COVID-19 medzi prirodzene infikovanými a očkovanými jednotlivcami. Sci. 12, 1438 (2022).

7. Pulliam, JRC a kol. Zvýšené riziko reinfekcie SARS-CoV-2 spojené s objavením sa Omicron v Južnej Afrike. Science 376, eabn4947 (2022).

8. Tegally, H. a kol. Vznik SARS-CoV-2 Omicron línií BA.4 a BA.5 v Južnej Afrike. Nat. Med. 28, 1785 – 1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: Spojené kráľovstvo uvedie na trh vakcínu Moderna Omicron BA.1 ako súčasť jesenného posilňovacieho programu. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC odporúča prvý aktualizovaný posilňovač COVID{1}}. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. Yu, J. a kol. Neutralizácia variantov SARS-CoV-2 Omicron BA.1 a BA.2. N. Engl. J. Med. 386, 1579 – 1580 (2022).

12. Tuekprakhon, A. a kol. Únik protilátky SARS-CoV-2 Omicron BA.4 a BA.5 z vakcíny a BA.1 séra. Cela 185, 2422–2433.e13 (2022).

13. Kurhade, C. a kol. Neutralizácia Omicron BA.1, BA.2 a BA.3 SARS CoV-2 3 dávkami vakcíny BNT162b2. Nat. komun. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM Dynamika vírusovej záťaže variantov SARS-CoV-2 Delta a Omicron po viacnásobných dávkach vakcíny a predchádzajúcej infekcii. Nat. komun. 13, 6706 (2022).

15. Goldberg, Y. a kol. Ochrana a oslabenie prirodzenej a hybridnej imunity voči SARS-CoV-2. N. Engl. J. Med. 386, 2201 – 2212 (2022).

16. Rambaut, A. a kol. Návrh dynamickej nomenklatúry pre línie SARS-CoV-2 na pomoc genómovej epidemiológii. Nat. Microbiol. 5, 1403 – 1407 (2020).

17. O'Toole, Á., a kol. Priradenie epidemiologických línií vo vznikajúcej pandémii pomocou nástroja Pangolin. Virus Evol. 7, veab064 (2021).

18. Weigang, S. a kol. Evolúcia SARS-CoV-2 v rámci hostiteľa u pacienta s potlačenou imunitou COVID-19 ako zdroj variantov úniku imunity. Nat. komun. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman, M. Jedna infekcia koronavírusom odháňa druhú – ale iba ak ide o podobný variant. Príroda https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. Altarawneh, HN a kol. Ochranný účinok predchádzajúcej infekcie SARS-CoV-2 proti podvariantom Omicron BA.4 a BA.5. N. Engl. J. Med 387, 1620-1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. Sebapoškodzovanie, samovražda a symptómy porúch príjmu potravy u mladých dospelých po zablokovaní COVID-19 v Dánsku. Nat. Hum. Správaj sa. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. Peltier E. Denmark, preplnený prípadmi vírusov, zastáva postoj „prines to“. The New York Times https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Elllyatt H. Dánsko sa stáva prvou krajinou, ktorá zastavila program očkovania proti COVID-19. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. Dánsko obmedzenia týkajúce sa Covid zrušené napriek nárastu prípadov. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. Miera reinfekcie SARS-CoV-2 počas Omikrónovej vlny na Islande. JAMA Netw. Otvorené 5, e2225320 (2022).

26. Carazo, S. a kol. Odhadovaná ochrana predchádzajúcej infekcie SARS-CoV-2 proti reinfekcii variantom Omicron medzi jedincami očkovanými a neočkovanými messenger RNA v Quebecu v Kanade. JAMA Netw. Otvorené 5, e2236670 (2022).

27. Falahi, S. & Kenarkoohi, A. COVID-19 reinfekcia: dlhodobé vylučovanie alebo skutočná reinfekcia? N. Microbes N. Infect. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. a kol. Kód pre: Rastúci počet prípadov SARS-CoV-2 Omikrónová reinfekcia odhaľuje neúčinnú post-COVID-19 imunitu v Dánsku a vyjadruje potrebu pokračujúceho sekvenovania ďalšej generácie. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).