DNA metylóm a transkriptóm identifikované kľúčové gény a cesty zapojené do tvorby škrupín škvrnitých vajec u starých nosníc
Dec 21, 2023
Abstraktné
Pozadie
Kvalita škrupín hydinových vajec úzko súvisí s rentabilitou produkcie vajec. Škvrny z vaječných škrupín odrážajú dôležitú vlastnosť kvality, ktorá ovplyvňuje vzhľad vajec a preferencie zákazníkov. Mechanizmus tvorby škvŕn však zostáva nedostatočne pochopený. V tejto štúdii sme systematicky porovnávali sérové imunitné a antioxidačné indexy sliepok znášajúcich škvrnité a normálne vajcia. Na objasnenie mechanizmu tvorby škvŕn vaječných škrupín sa použili analýzy transkriptómu a metylómu.
cistanche výhody pre mužov - posilnenie imunitného systému
Kliknite sem pre zobrazenie produktov Cistanche Enhance Immunity
【Požiadať o viac】 E-mail:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
Výsledky
Výsledky ukázali, že medzi normálnymi a škvrnitými skupinami bolo identifikovaných sedem rozdielne exprimovaných génov (DEG). Analýza obohatenia génovej sady (GSEA) odhalila, že exprimované gény boli obohatené hlavne o vápnikovú signálnu dráhu, fokálnu adhéziu a signálnu dráhu MAPK. Okrem toho bolo detegovaných 282 diferenčne metylovaných génov (DMG), z ktorých 15 génov bolo spojených so starnutím, vrátane ARNTL, CAV1 a GCLC. Analýza dráhy ukázala, že DMG boli spojené s imunitou sprostredkovanou T bunkami, odpoveďou na oxidačný stres a bunkovou odpoveďou na stimul poškodenia DNA. Integratívna analýza údajov o transkriptóme a metylácii DNA identifikovala BFSP2 ako jediný prekrývajúci sa gén, ktorý bol exprimovaný na nízkych úrovniach a hypometylovaný v škvrnitej skupine.
Závery
Celkovo tieto výsledky naznačujú, že gény a dráhy súvisiace so starnutím a imunitou zohrávajú kľúčovú úlohu pri tvorbe škvrnitých vaječných škrupín a poskytujú užitočné informácie na zlepšenie kvality vaječných škrupín.
cistanche tubulosa - zlepšenie imunitného systému
Kľúčové slová
Nosnice, škvrnité vajcia, transkriptóm, metylácia DNA, imunita
Pozadie
Hydinové vajcia sú jedným z najdôležitejších zdrojov bielkovín a vďaka relatívne nízkej cene sú medzi spotrebiteľmi obľúbené. Za posledné štyri desaťročia sa produkcia vajec značne zlepšila vďaka vývoju špecializovaných plemien vajec a genetickej selekcii s cieľom „Kŕmiť nosnice na 100 týždeň na produkciu 500 vajec“ [ 1, 2]. Dosiahnutie tohto cieľa však bolo obmedzené postupným poklesom kvality a fyziológie vaječných škrupín spojených so starnutím sliepok, čo malo za následok zvýšenie hmotnosti vaječných škrupín, svetlejšiu farbu vaječných škrupín a škvrnité škrupiny [3]. Na tupom konci hnedej vaječnej škrupiny sa často objavuje červenohnedá škvrnitosť, ktorá je dôležitým znakom kvality vaječnej škrupiny, čo výrazne ovplyvňuje vzhľad vajec a preferencie zákazníkov. Stupeň škvrnitosti vaječnej škrupiny sa hodnotí pomocou bodovacej metódy. Škvrny možno hodnotiť podľa intenzity pigmentu, distribúcie a veľkosti škvŕn [4]. Okrem toho, dedičnosť škvrnitých vaječných škrupín sa pohybuje od 0,15 do 0,2, čo naznačuje genetickú determináciu [5]. Okrem toho predchádzajúca štúdia naznačila, že staré sliepky majú vyšší podiel škvrnitých vaječných škrupín ako mladšie sliepky, dosahujúc 20 % po 60. týždni veku [6]. Vaječná škrupina je orgán na tvorbu vajec, ktorý hrá rozhodujúcu úlohu v štruktúre vaječnej škrupiny a tvorbe farby. Počas tvorby vajíčka žĺtok putuje cez infundibulum, magnum a isthmus a dostáva sa do škrupinovej žľazy, ktorá vylučuje veľké množstvo vápnika, pigmentu, kutikuly a ďalších látok, čím vytvára kompletnú štruktúru vaječnej škrupiny a vonkajšiu kutikulu [7–9 ]. Akákoľvek modifikácia alebo poškodenie vaječnej škrupiny ovplyvňuje tvorbu štruktúry vaječnej škrupiny a pigmentáciu [10–12]. Metylácia DNA je jednou z prvých známych modifikačných dráh a zahŕňa prenos metylových skupín na piate uhlíkové miesto cytozínu za vzniku 5-metylcytozínu [13]. Metylácia DNA hrá dôležitú úlohu v procese starnutia zvierat, reguluje génovú expresiu súvisiacu s vekom a etiológiu neurologických, imunologických a metabolických ochorení [14–17]. Okrem toho môže metylácia DNA v kombinácii s environmentálnymi faktormi spôsobiť rôzne fenotypy počas starnutia [18]. Niekoľko komplexných fenotypov hospodárskych zvierat bolo spojených s metyláciou DNA [19, 20]. Nedávno bolo sekvenovanie RNA (RNA-seq) užitočné pri odhaľovaní génov a dráh, ktoré sú základom znakov na transkripčnej úrovni [21–24], ako je embryonálny vývoj svalov, účinnosť krmiva a veľkosť vrhu. Naša predchádzajúca štúdia ukázala, že hoci výskyt škvrnitých vaječných škrupín neovplyvňuje úžitkovosť nosníc (nepublikované údaje), škvrnitosť môže ovplyvniť vzhľad vajec a značne znížiť ich ekonomickú hodnotu. Navyše molekulárne mechanizmy tvorby škvrnitých vajíčok nie sú dostatočne pochopené. Preto sa táto štúdia zamerala na objasnenie mechanizmu tvorby škvrnitých vaječných škrupín pomocou transkriptomických a DNA metylačných techník. Keďže škvrnité vaječné škrupiny sú dedičné a súvisia s vekom, použili sme kombináciu transkriptomických a DNA metylačných analýz na preskúmanie kľúčových génov a dráh zapojených do tvorby škvrnitých vaječných škrupín. Očakáva sa, že zistenia tejto štúdie zlepšia pochopenie molekulárneho mechanizmu tvorby vlastností vaječných škrupín, čo by bolo užitočné pre chov zvierat.
Obr. 1 Normálne a škvrnité vajcia od starých nosníc. A Normálne vajíčko, B Strakaté vajíčko
Tabuľka 1 Biochemické parametre séra normálnej a škvrnitej skupiny
Výsledky
Biochemické parametre séra
A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) v parametroch antioxidantov medzi normálnou a škvrnitou skupinou.
Transkriptómový profil vaječnej škrupiny
Šesť cDNA knižníc bolo skonštruovaných zo škvrnitej a normálnej skupiny. Po kontrole kvality bolo získaných celkovo 615 170 158 nespracovaných čítaní a 604 275 600 čistých čítaní (98,22 % nespracovaných čítaní). Po zarovnaní pomocou softvéru HISAT2 bola miera mapovania 90,75–93,18% a jedinečná miera mapovania vo všetkých vzorkách bola väčšia ako 73,47% (doplnková tabuľka S3). Úrovne génovej expresie sú znázornené pomocou klastrovej tepelnej mapy a analýzy hlavných komponentov (PCA). Neexistovali žiadne významné rozdiely v profiloch génovej expresie vzoriek zo škvrnitej a normálnej skupiny, pretože vzorky netvorili odlišné zhluky (obr. 2A, B). Celkovo bolo identifikovaných sedem rozdielne exprimovaných génov (DEG) medzi normálnymi a škvrnitými skupinami (str<0.05, |log2 Fold Change|>1), vrátane dvoch upregulovaných a piatich downregulovaných génov (tabuľka 2). Analýza obohatenia génovej sady (GSEA) ukázala, že štyri dráhy boli významne obohatené o exprimované gény (doplnková tabuľka S4). Negatívne skóre normalizovaného obohatenia (NES) indikovalo nižšie hladiny expresie pre niektoré dráhy v normálnej skupine v porovnaní s hladinami v škvrnitej skupine, pričom dráha signalizácie vápnika, interakcia neuroaktívny ligand-receptor, fokálna adhézia a signálna dráha MAPK sú dráhy s najnižšia expresia (obr. 2C). Stupne stromov (BFSP2, IQSEC, TMOD4) identifikované pomocou RNA-seq boli overené pomocou kvantitatívnej PCR v reálnom čase (qRT-PCR). Podobná expresia troch génov bola evidentná pri použití RNA-Seq a qRT-PCR a koeficient determinácie (R2) dosiahol 0,93 (obr. 2D), čo naznačuje, že údaje RNA-seq boli spoľahlivé.
Tabuľka 2 Rozdielne exprimované gény (DEG) medzi sliepkami, ktoré zniesli bodkované a normálnymi vajíčkami
Obr. 2 Transkriptómový profil vaječnej škrupiny. A Teplotná mapa hladín génovej expresie, B Analýza hlavnej zložky všetkých génov s použitím DEseq2 normalizovaných hodnôt expresie, C Tri reprezentatívne sady génov z výsledkov analýzy obohatenia génovej sady, D Výsledky verifikácie qPCR rozdielne exprimovaných génov
Profil metylácie DNA vaječnej škrupiny
A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (obr. 3A). PCA ukázala, že vzorky z týchto dvoch skupín sa významne nelíšili, pretože netvorili samostatné zhluky (obr. 3B). Medzi týmito dvoma skupinami neboli žiadne významné rozdiely v úrovniach metylácie CG, CHG a CHH (obr. 3C). Skupina so škvrnami však vykazovala vyššiu úroveň metylácie CG ako normálna skupina. Oblasti opakovania a exónu vykazovali najvyššie úrovne metylácie CG, zatiaľ čo oblasť 5' UTR mala najnižšie úrovne metylácie CG (obr. 3D). Medzi normálnymi a škvrnitými skupinami bolo identifikovaných celkom 2788 rozdielne metylovaných oblastí (DMR). DMR sa nachádzali hlavne v intrónoch (47,45 %), po ktorých nasledovala intergénová oblasť (36,05 %), exón (8,29 %), promótor (5,95 %), 3'-UTR (1,18 %) a 5′-UTR ( 0,97 %) regiónoch (obr. 4). Okrem toho bolo identifikovaných 282 diferenciálne metylovaných génov (DMG), vrátane 172 hypermetylovaných a 74 hypometylovaných génov v promótorovej oblasti. Okrem toho sa v génovom tele našlo 36 DMG, vrátane 30 hypermetylovaných génov a šiestich hypometylovaných génov. Previedli sme DMG na ich ľudské ortológy a získali sme 158 génových symbolov, ktoré boli nahrané do Metascape na funkčnú anotáciu, génovú ontológiu (GO) a analýzy dráh. Gény boli obohatené o 176 biologických procesov GO, vrátane regulácie bunkovej odpovede na stimul rastového faktora a imunity sprostredkovanej T bunkami, reakcie na oxidačný stres a bunkovej reakcie na stimul poškodenia DNA.
Obr. 3 Celkové úrovne metylácie u sliepok, ktoré znášajú škvrnité a normálne vajcia. Korelačná analýza hladín metylácie medzi vzorkami z dvoch skupín. B Analýza hlavnej zložky úrovne metylácie všetkých vzoriek. C Histogram úrovne metylácie cytozínového miesta v dvoch skupinách. D Čiarový graf hladín metylácie rôznych genómových oblastí. Genómové oblasti každého génu boli rozdelené do 20 zásobníkov; úroveň metylácie cytozínového miesta zodpovedajúcich funkčných oblastí všetkých génov sa potom spriemerovala.
4 Histogram anotácie diferenčne metylovaných oblastí (DMR) v genómových funkčných oblastiach Obr.
Obr. 5 Podmienky GO DMG. B Vzťah medzi génovou expresiou a hladinami metylácie DNA v škvrnitej skupine. C Vzťah medzi génovou expresiou a hladinami metylácie DNA v normálnej skupine. D Vennov diagram prekrývajúcich sa génov medzi DEG a DMG
Analýza dráhy ukázala, že gény boli obohatené o 19 dráh Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), vrátane degradácie RNA, regulácie zápalových mediátorov TRP kanálov a signálnej dráhy TNF. Okrem toho sa detegovalo 25 génových sád, vrátane signalizácie Rho GTPázami, RHO GTPázového cyklu a CDC42 GTPázového cyklu. 20 najlepších obohatených klastrov ontológie je znázornených na obr. 5A. Spomedzi 158 homológnych ľudských génov 15 súviselo so starnutím alebo dlhovekosťou (doplnková tabuľka S6). Uskutočnila sa integračná analýza celogenómového bisulfitového sekvenovania (WGBS) a údajov RNA-seq, aby sa určil vzťah medzi metyláciou DNA a hladinami génovej expresie (obr. 5B a C). Existovala negatívna korelácia medzi metyláciou DNA a hladinami génovej expresie pred miestom začiatku transkripcie (TSS) a po smere od miesta ukončenia transkripcie (TTS); medzi metyláciou DNA a hladinami génovej expresie v tele génu však nebola žiadna korelácia. Vennov diagram ukázal, že BFSP2 bol jediným prekrývajúcim sa génom medzi DMG a DEG (obr. 5D).
Diskusia
Niekoľkoročné štúdie ukázali, že tvorba škvŕn na vaječných škrupinách je dedičná a staré nosnice produkujú vyššiu mieru škvrnitosti vaječných škrupín ako mladšie sliepky [6]. Starnutie nosníc je často sprevádzané chronickým zápalom a oxidačným stresom [25, 26]. Krvné parametre zvierat odrážajú ich fyziologický a nutričný stav. SOD, GSH-PX, GSH, CAT a T-AOC sú zložky antioxidačného obranného systému. Výsledky tejto štúdie naznačujú, že nebol významný rozdiel v antioxidačnej kapacite starých sliepok medzi škvrnitými a normálnymi skupinami, čo je v rozpore so zisteniami Morena a Osorna [27]. Moreno uviedol, že vtáky, ktoré znášajú vajcia so škvrnitými škrupinami, môžu trpieť fyziologickým stresom v dôsledku prooxidačnej funkcie hlavnej škvrnitej zložky a majú vyššiu toleranciu voči oxidačnému stresu [28]. Rozdiely vo výsledkoch možno pripísať rôznym druhom použitým v štúdiách.
cistanche tubulosa - zlepšenie imunitného systému
Imunoglobulíny sú proteíny zapojené do protizápalových procesov a zohrávajú regulačnú úlohu pri zápalových reakciách [29]. Predchádzajúca štúdia ukázala, že vtáky sýkoriek modravých, ktoré znášajú škvrnité vajíčka, vykazujú nízke hladiny celkového imunoglobulínu [30]. Podobne výsledky tejto štúdie ukázali, že vtáky v škvrnitej skupine mali podstatne nižšie hladiny IgA v sére v porovnaní s normálnou skupinou, čo naznačuje, že sliepky v škvrnitej skupine môžu mať nižšiu protizápalovú schopnosť, čo je v súlade s nálezy Martíneza a Merina [30]. IgA, ako jeden z dôležitých ukazovateľov pri hodnotení humorálnej imunitnej funkcie hydiny, má antivírusové, antibakteriálne a antitoxínové funkcie [31]. Štúdie ukázali, že suplementácia kvasinkovým glukánom v strave môže zvýšiť obsah IgA v sére. Zvýšený obsah IgA môže zvýšiť schopnosť jednotlivca udržiavať imunitnú homeostázu, čo vedie k možným zdravotným benefitom [32]. Štúdie tiež ukázali, že ako nosnice starnú, ich odolnosť voči vonkajším patogénom klesá [33]. Keď sa patogény dostanú do tela starých nosníc, môže dôjsť k poškodeniu slizničného obranného systému tkanív vajcovodov v dôsledku súčasného zníženia imunity [34]. Vyššia hladina IgA však môže zvýšiť schopnosť tela udržiavať imunitnú homeostázu, čím sa zabráni invázii patogénov do submukózneho tkaniva vajcovodu, čím sa udrží dobrá kvalita vaječnej škrupiny. Okrem toho analýza RNA-seq identifikovala sedem stupňov medzi škvrnitými a normálnymi skupinami, vrátane IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK a pseudogénu. IQSEC3, člen rodiny ARF guanínových nukleotidových výmenných faktorov (GEF) rezistentných na brefeldin A [35, 36], podporuje rozvoj inhibičných synapsií väzbou s gefyrínom [37]. IQSEC3 je funkčne dôležitý na udržanie sieťovej aktivity in vivo. IQSEC3 knockdown v hipokampálnom dentate gyrus u hlodavcov znižuje hustotu GABAergických synapsií a zvyšuje náchylnosť k závažným záchvatom [38]. Neexistujú však žiadne štúdie o funkcii IQSEC3 u hydiny.
Kyselina gama-aminomaslová (GABA) je hlavným inhibičným neurotransmiterom v centrálnom nervovom systéme stavovcov [39] a môže zmeniť štruktúru receptora a iónovú permeabilitu zodpovedajúceho receptora [40]. GABA môže pôsobiť priamo na tubulárne bunky hladkého svalstva prostredníctvom GABAA-R alebo GABAB-R, ktoré sa nachádzajú na stene vajíčkovodov a podieľajú sa na regulácii tubulárnej kontraktility u králikov [39], ľudí [41] a potkanov [42]. Štúdie ukázali, že GABRA1 hrá dôležitú úlohu pri produkcii vajec. Vysoké hladiny expresie GABRA1 môžu inhibovať proliferáciu buniek granulózy, zvýšiť apoptózu buniek a inhibovať syntézu a sekréciu progesterónu, čo vedie k zníženej produkcii vajíčok [43–45]. Rytmus znášania vajec u nosníc je neuromodulačný proces [46, 47]. Na základe týchto výsledkov predpokladáme, že existuje jemný vzťah medzi tvorbou škvŕn vaječných škrupín a nervovým systémom, hoci presné spojenie si vyžaduje ďalšie skúmanie.
TMOD4, člen rodiny proteínov, ktoré zakrývajú špicaté konce aktínových filamentov [48], je exprimovaný v kostrovom svale a srdci [49, 50]. Štúdie uvádzajú, že TMOD4 je prítomný v šošovkách dospelých kurčiat, erytrocytoch a rýchlych vláknach kostrového svalstva [51]. Zistilo sa, že TMOD4 sa podieľa na zostavovaní myofibríl, svalovej kontrakcii a diferenciácii [52–54]. Kontrakcia svalu vajcovodu spôsobuje rotáciu vajíčka v maternici, čo umožňuje rovnomerné ukladanie pigmentu na povrch vaječnej škrupiny. Predpokladáme, že tvorba škvrnitých vajíčok môže súvisieť s kontrakciou svalov vajcovodov, no je potrebný ďalší výskum. GSEA sa použila na analýzu biologickej funkcie všetkých exprimovaných génov, aby sa predišlo strate niektorých zaujímavých génových súborov prostredníctvom stratégie bez cutof. Gény exprimované Te boli obohatené hlavne o vápnikovú signálnu dráhu, fokálnu adhéziu, signálnu dráhu MAPK a neuroaktívnu interakciu ligand-receptor. Uvádza sa, že v procese mineralizácie vaječných škrupín sa gény súvisiace s vápnikovou signálnou dráhou podieľajú na absorpcii vápnikových a uhličitanových iónov z krvi a sú transportované do maternicovej tekutiny cez epitelové bunky vajcovodu, aby sa podieľali na tvorbe vaječnej škrupiny. mineralizácia [46, 55]. Keď ióny vápnika a uhličitanu pokračujú v mineralizácii vo vaječnej škrupine, vajíčko sa v maternici nepretržite otáča a pigment vaječnej škrupiny, protoporfyrín-IX, sa môže rovnomerne ukladať na povrchu vaječnej škrupiny [56]. Predpokladáme, že rozdiel v dodávke uhličitanových a vápenatých iónov medzi týmito dvoma skupinami mohol viesť k nerovnomernej distribúcii pigmentu v procese usadzovania na povrchu vaječnej škrupiny, čo spôsobilo škvrny v škrupine.
cistanche tubulosa - zlepšenie imunitného systému
Fokálne adhézie sú makromolekulárne štruktúry, ktoré tvoria mechanické spojenia medzi intracelulárnym aktínovým cytoskeletom a komponentmi extracelulárnej matrice [57]. Ukázalo sa, že fokálne adhézie hrajú zásadnú úlohu pri udržiavaní morfológie a funkcie vajcovodu u čínskych hnedých žiab [58], zatiaľ čo fokálne adhézie sa podieľajú aj na mechanizme rozdielov v produkcii vajec u kurčiat Jinghai Yellow a Nandan-Yao. domáce kurčatá [59, 60]. V súčasnej štúdii sa fokálne adhézie podieľali na tvorbe škvŕn vaječných škrupín, ale špecifický participatívny mechanizmus si stále vyžaduje ďalšie skúmanie. Dráha MAPK má troch prominentných členov: mitogénom aktivovanú proteínkinázu p38 (p38 MAPK), N-koncovú kinázu Jun (JNK) a kinázu extracelulárnej odozvy (ERK), ktoré spolu regulujú rast buniek, diferenciáciu, apoptózu, zápal a iné. dôležité fyziologické reakcie [61]. Preukázalo sa, že dráha ERK 1/2 MAPK hrá dôležitú úlohu v raste, vývoji a diferenciácii vajcovodu a maternice [62]. Wang a kol. použili vanád na vyvolanie rastu epitelových buniek vajcovodu a zistili, že členovia rodiny MAPK boli aktivovaní, čo viedlo k oxidačnému stresu vajcovodu, zníženej bunkovej aktivite a apoptóze buniek [63]. V súčasnej štúdii sme zistili, že signálna dráha MAPK v škvrnitej skupine bola podstatne obohatená, a preto špekulujeme, že sliepky znášajúce škvrnité vajcia mohli zažiť určitý stres s určitým vplyvom na vajcovod. Neuroaktívne interakcie ligand-receptor súvisia so syntézou steroidných hormónov v gonádach. Hrajú zásadnú úlohu v regulácii produkcie vajec a funkcie vaječníkov u hydiny [59, 64]. Rozdielne exprimovaný gén, GABRA2, tiež patrí k dráhe neuroaktívnej interakcie ligand-receptor. Keďže škvrnky vo vaječnej škrupine sa objavujú ako výsledok produkcie vajec a produkcia vajec je rytmický proces, značné obohatenie interakcií neuroaktívnych ligand-receptor v škvrnitej skupine nás vedie k špekulácii, že môžu existovať rozdiely vo výkonnosti produkcie vajec medzi sliepkami, ktoré znášajú škvrnité vajcia. a sliepky znášajúce normálne vajcia, ale to si vyžaduje ďalší prieskum.
Environmentálne faktory môžu ovplyvniť génovú expresiu prostredníctvom epigenetických modifikácií. Kombinácia genetických a epigenetických modifikácií by mohla byť nápomocná pri vysvetľovaní mechanizmu tvorby komplexných znakov [19, 65]. Vzťah medzi metyláciou DNA v celom genóme a génovou expresiou sa skúmal roky [66, 67]. Vo všeobecnosti metylácia DNA potláča génovú expresiu [68]. Výsledky tejto štúdie sú v súlade s predchádzajúcimi zisteniami v tom, že vysoké hladiny génovej expresie sú spojené s nízkou metyláciou DNA v oblasti promótora [67, 68]. V oblasti tela génu sa však nepozoroval žiadny zjavný trend, čo môže byť spôsobené tým, že vzory génovej expresie sú tiež regulované inými faktormi [69, 70]. Analýza funkčného obohatenia odhalila, že DMG boli obohatené hlavne o imunitu sprostredkovanú T bunkami, odpoveď na oxidačný stres a bunkovú odpoveď na stimuly poškodenia DNA a väčšina dráh je spojená so starnutím [71–73]. Boli identifikované aj ďalšie gény súvisiace so starnutím, vrátane GCLC [74], CAV1 [75] a LYN [76]. Kombinácia údajov o transkriptóme a metylácii DNA ukázala, že BFSP2 bol jediným prekrývajúcim sa génom a bol významne exprimovaný na úrovni metylácie DNA aj transkriptomickej úrovni. BFSP2 bol hypometylovaný a hladiny jeho expresie boli nízke v škvrnitej skupine, čo naznačuje, že génová expresia je okrem metylačnej modifikácie regulovaná aj inými transkripčnými faktormi. Okrem toho bol BFSP2 identifikovaný ako kandidátsky gén pri autozomálne dominantnej kongenitálnej katarakte [77] a progresívnej katarakte [78]. Hoci sa ukázalo, že BFSP2 súvisí s vývojom očí u kurčiat [79], štúdie o iných funkciách u kurčiat sú obmedzené. Preto sú potrebné ďalšie štúdie na objasnenie jeho úlohy pri tvorbe škvrnitých vaječných škrupín.
cistanche výhody pre mužov - posilnenie imunitného systému
Závery
Záverom možno povedať, že sérové imunitné indexy naznačujú, že obsah IgA v škvrnitej skupine bol podstatne nižší ako v normálnej skupine a predpokladáme, že znížená imunitná funkcia úzko súvisí s tvorbou škvŕn vo vaječných škrupinách. Analýza transkriptómu detekovala sedem stupňov medzi škvrnitými a normálnymi skupinami, z ktorých IQSEC3, GABRA2 a BFSP2 boli identifikované ako potenciálne dôležité gény spojené s tvorbou škvrnitých vajíčok. Analýza metylácie DNA identifikovala DMG spojené s imunitou sprostredkovanou T bunkami, reakciou na oxidačný stres a bunkovou reakciou na stimul poškodenia DNA. Z 282 identifikovaných DMG bolo 15 spojených so starnutím. Integratívna analýza transkriptómu a metylácie DNA odhalila, že jediným prekrývajúcim sa génom bol BFSP2, ktorý sa u kurčiat sotva študoval. Tu prezentované údaje naznačujú, že imunitné a starnutie nosníc môže prispieť k tvorbe škvrnitých vaječných škrupín, čím sa zlepší naše chápanie mechanizmu tvorby škvŕn vaječných škrupín.
Referencie
1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Zvýšenie vytrvalosti pri znáške a stabilizácia kvality vajec v dlhších cykloch znášky. Aké sú výzvy? Br Poult Sci. 2016;57(3):330–8.
2. Pottgüter R. Kŕmenie nosníc do veku 100 týždňov. Lohmann Inf. 2016;50:18–21.
3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Zmeny v znakoch kvality vajec počas poslednej fázy produkcie: existuje potenciál pre predĺžený cyklus znášky? Br Poult Sci. 2016;57(6):842–7.
4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Prečo sú vtáčie vajcia škvrnité? Ecol Lett. 2005;8(10):1105–13.
5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Vzťah medzi farbou škrupiny a výskytom škvŕn v hnedých vajcoch. In: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. s. 10–4.
6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Kvalita piehových vajíčok a faktory, ktoré ju ovplyvňujú. Chinese Poult Sci. 2019;41(19):6–9 (v čínštine).
7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Vaječná škrupina: štruktúra, zloženie a mineralizácia. Front Biosci (Landmark Ed). 2012;17(4):1266–80.
8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Farba vaječných škrupín u nosníc s hnedými vajcami - recenzia. Poult Sci. 2015;94(10):2566–75.
9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Pochopenie tvorby kutikuly vtáčieho vajíčka vo vajcovode: štúdium jeho pôvodu a ukladania. Biol Reprod. 2017;97(1):39–49.
10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Diétny chlorid kademnatý zhoršuje biomineralizáciu škrupín tým, že narušuje metabolizmus žľazy vaječných škrupín u nosníc. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.
11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Zhoršenie kvality vaječných škrupín u nosníc experimentálne infikovaných vírusom vtáčej chrípky H9N2. Vet Res. 2016;47:35.
12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallokatechín-3-depigmentácia vanádom vyvolaná galátom prostredníctvom P38MAPK-Nrf2/HO-1 signálna dráha u nosníc. Poult Sci. 2018;97(9):3109–18.
13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Štúdie o chemickej povahe látky indukujúcej transformáciu pneumokokových typov: indukcia transformácie pomocou frakcie deoxyribonukleovej kyseliny izolovanej z pneumokoka typu Iii. J Exp Med. 1944;79(2):137–58.
14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Vekom súvisiaca epigenómová metylácia a hydroxymetylácia DNA v pozdĺžnej krvi myší. Epigenetika. 2018;13(7):779–92.
15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. Metylácia DNA regulovala génovú expresiu pri fibróze orgánov. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.
16. Ehrlich M. Hypermetylácia DNA pri chorobe: mechanizmy a klinický význam. Epigenetika. 2019;14(12):1141–63.
17. Ling C, Ronn T. Epigenetika ľudskej obezity a cukrovky 2. typu. Cell Metab. 2019;29(5):1028–44.
18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Spotreba etanolu matkou mení epigenotyp a fenotyp potomstva v myšom modeli. PLoS Genet. 2010;6(1):e1000811.
19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Celogenómová detekcia kľúčových génov a epigenetických markerov pre kuraciu tukovú pečeň. Int J Mol Sci. 2020; 21 (5): 1800.
20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J a kol. Vzorce metylácie DNA a génová expresia spojená s veľkosťou vrhu v placente ošípaných Berkshire. PLoS ONE. 2017;12(9):e0184539.
21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Song X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B a kol. Sekvenovanie transkriptómu odhaľuje gény, ktoré sa podieľajú na oxidačnom strese vyvolanom kadmiom v kuracom srdci. Poult Sci. 2021;100(3):100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Transkriptómová analýza kuracích intraepiteliálnych lymfocytových prirodzených zabíjačských buniek infikovaných veľmi virulentným infekčným vírusom burzálnej choroby. Sci Rep. 2020;10(1):18348.
23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Transkriptómová analýza vývoja embryonálnych svalov u kurčiat Chengkou Mountain. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 431.
24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Charakterizácia a analýza duodenálneho transkriptómu čínskeho hovädzieho dobytka s divergentnou účinnosťou krmiva pomocou RNA-Seq. Predná Genet. 2021;12:741878.
25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S a kol. Vplyv oxidačného stresu na kuracie vaječníky: Zapojenie mikrobioty a intervencií melatonínu. Antioxidanty (Bazilej). 2021;10(9):1422.
26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Hladiny vápnika a cholekalciferolu u nosníc v neskorej fáze: Účinky na produkčné vlastnosti, kvalitu vajec, biochémiu krvi a imunitné reakcie. Front Vet Sci. 2020; 7:389.
27. Moreno J, Osorno JL. Farba vtáčích vajec a sexuálny výber: odráža pigmentácia vaječných škrupín stav samice a genetickú kvalitu? Ecol Lett. 2003;6(9):803–6.
28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporfyrín IX a oxidačný stres. Free Radic Res. 1999;31(3):161–70.
29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Prirodzené protilátky, intravenózny imunoglobulín a ich úloha pri autoimunite, rakovine a zápale. Clin Exp Immunol. 2009;158(Suppl 1):43–50.
30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Sú škvrny vaječných škrupín a farebné indikátory zdravia a kondície u modrých sýkoriek Cyanistes caeruleus? J Avian Biol. 2007;38(3):377–84.
31. Fagarasan S, Honjo T. Syntéza IgA v čreve: regulácia obranyschopnosti tela v prvej línii. Nat Rev Immunol. 2003; 3 (1): 63–72.
32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Suplementácia beta-glukánom z diétnych kvasníc zlepšuje farbu vaječných škrupín a liahnivosť plodných vajec, ako aj posilňuje imunitné funkcie u chovateľa nosnice. Int J Biol Macromol. 2020;159:607–21.
33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Vekom podmienená modulácia vrodeného imunitného obranného systému istmickej sliznice a sliznice maternice u nosníc. Poult Sci. 2019;98(7):3022–8.
34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Expozícia tri-orto-krezylfosfátu vedie k nízkej produkcii vajec a zlej kvalite vaječných škrupín prostredníctvom narušenia vývoja folikulov a funkcie škrupinových žliaz u nosníc. Ecotoxicol Environ Saf. 2021;225:112771.
35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M a kol. SynArfGEF je guanínový nukleotidový výmenný faktor za Arf6 a lokalizuje sa prednostne v postsynaptických špecializáciách inhibičných synapsií. J Neurochem. 2011;116(6):1122–37.
36. Hm JW. Synaptické funkcie IQSEC rodiny ADP-ribozylačného faktora guanín nukleotidových výmenných faktorov. Neurosci Res. 2017;116:54–9.
37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y a kol. IQ Motif a SEC7 Domain-obsahujúci proteín 3 (IQSEC3) interaguje s gefyrínom a podporuje tvorbu inhibičnej synapsie. J Biol Chem. 2016;291(19):10119–30.
38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J a kol. Strata IQSEC3 narúša udržiavanie GABAergickej synapsie a znižuje expresiu somatostatínu v hipokampe. Cell Rep. 2020;30(6):1995-2005 e1995.
39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB receptorom sprostredkovaná stimulácia kontraktility izolovaného králičieho vajcovodu. Eur J Pharmacol. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. Metabolizmus a transport GABA: účinky na synaptickú účinnosť. Neural Plast. 2012;2012:805830.
41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. Vysoká hustota špecifických väzbových miest GABA v ľudskom vajcovode. Neurosci Lett. 1983;42(2):155–60.
42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Vyššie koncentrácie GABA vo vajíčkovode ako v mozgu potkana. J Neurochem. 1982;38(4):1174–6.
43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Porovnávacia transkriptómová analýza ovariálnych folikulov odhaľuje kľúčové gény a signálne dráhy, ktoré sa podieľajú na produkcii slepačích vajec. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 899.
44. Chen X, Sun X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Transkriptómová analýza ovariálnych folikulov odhaľuje potenciálne kľúčové gény spojené so zvýšenou a zníženou rýchlosťou produkcie slepačích vajec. Predná Genet. 2021;12:622751.
45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Profilovanie transkriptómu identifikuje rozdielne exprimované gény vo vaječníkoch husí Huoyan medzi obdobím znášky a obdobím ukončenia. PLoS ONE. 2014;9(11):e113211.
46. Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y a kol. Cirkadiánna miR-449c-5p reguluje transport Ca(2+) v maternici počas kalcifikácie vaječných škrupín u kurčiat. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 764.
47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M a kol. Analýza transkriptómu odhaľuje rozdielne exprimované gény spojené s vysokou mierou produkcie vajec na osi hypotalamus hypofýza-vaječníky kurčaťa. Sci Rep. 2020;10(1):5976.
48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. Organizácia genómu tropomodulínov 2 a 4 a nezvyčajný intergénny a intraexonický zostrih YL-1 a tropomodulínu 4. BMC Genomics. 2001;2:7.
49. Cox PR, Zoghbi HY. Sekvenovanie, analýza expresie a mapovanie troch jedinečných ľudských tropomodulínových génov a ich myšacích ortológov. Genomika. 2000;63(1):97–107.
50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Tropomodulíny: zakončené proteíny so špicatým koncom, ktoré regulujú architektúru aktínových filamentov v rôznych typoch buniek. Cytoskelet (Hoboken). 2012;69(6):337–70.
51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Identifikácia novej izoformy tropomodulínu, kostrového tropomodulínu, ktorý uzatvára špičaté konce aktínových filamentov v rýchlom kostrovom svale. J Biol Chem. 1999;274(40):28466–75.
52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. Sekvenovanie a charakterizácia lncRNA v prsnom svale kurčiat Gushi a Arbor Acres. genóm. 2018;61(5):337–47.
53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L a kol. Analýza koexpresie génov súvisiacich s hmotnosťou plodu v kostrovom svale oviec počas stredných a neskorých štádií vývoja plodu. Int. J. Biol. Sci. 2014;10(9):1039–50.
54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Analýza transkriptómu odhaľuje molekulárne pochopenie nikotínamidu a butyrátu sodného na kvalitu mäsa brojlerov s vysokou hustotou zástavu. BMC Genomics. 2020; 21 (1): 412.
55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Integrácia údajov o transkriptómoch, proteómoch a QTL na objavenie funkčne dôležitých génov pre tvorbu škrupín kačacích vajec a albumínu. Genomika. 2020;112(5):3687–95.
56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Mineralizácia vtáčích škrupín: biochemická a funkčná charakterizácia matricových proteínov. ČR Palevol. 2004;3(6–7):549–62.
57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Tvar bunky poskytuje globálnu kontrolu zostavy fokálnej adhézie. Biochem Biophys Res Commun. 2003;307(2):355–61.
58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Porovnávacia proteomická analýza vajcovodu Rana chensinensis. Molekuly. 2018; 23 (6): 1384.
59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Transkriptómová analýza vaječníkov u kurčiat Jinghai Yellow, ktoré produkujú relatívne väčšie a menšie vajcia. Anim Reprod Sci. 2019;208:106114.
60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Analýza transkriptómu odhaľuje kľúčové gény a cesty spojené s produkciou vajec u domáceho kurčaťa Nandan-Yao. Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2021;40:100889.
61. Peter AT, Dhanasekaran N. Apoptóza granulózových buniek: prehľad o úlohe modulov signalizácie MAPK. Reprod Domest Anim. 2003;38(3):209–13.
62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 je sprostredkovaná estrogénom indukovanou ERK1/2 MAPK bunkovou signalizáciou a mikroRNA reguláciou na ovplyvnenie funkčných aspektov vtáčieho vajcovodu. PLoS ONE. 2012;7(11):e49204.
63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Oxidačné a apoptotické účinky vanadátu sú sprostredkované dráhou MAPK-Nrf2 vo vrstvách epitelu vajcovodu magnum. Metalomika. 2017;9(11):1562–75.
64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Porovnávacia transkriptomická analýza kačacích vaječníkov s vysokou a nízkou produkciou vajec. Poult Sci. 2017;96(12):4378–88.
65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Transkriptomické a epigenetické zachovanie genetickej sexuálnej identity u estrogénom feminizovaných mužských kuracích embryonálnych gonád. Endokrinológia. 2021;162(1):bqaa208.
66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X a kol. Profily metylácie DNA v celom genóme a ich vzťahy s mRNA a transkriptómom mikroRNA vo svalovom tkanive hovädzieho dobytka (Bos taurín). Sci Rep. 2014;4:6546.
67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Integrovaná analýza metylómu a transkriptómu kurčiat s hemoragickým syndrómom stukovatenia pečene. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 8.
68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M a kol. Integrovaná analýza metylómu, transkriptómu a miRNAómu troch plemien ošípaných. Epigenomika. 2018;10(5):597–612.
69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Laterálne myslenie: ako modifikácie histónov regulujú génovú expresiu. Trends Genet. 2016;32(1):42–56.
70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Post-transkripčná génová regulácia modifikáciami mRNA. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017;18(1):31–42.
71. Chakravarti B, Abrahám GN. Starnutie a imunita sprostredkovaná T-bunkami. Mech Aging Dev. 1999;108(3):183–206.
72. Camougrand N, Rigoulet M. Starnutie a oxidačný stres: štúdie niektorých génov podieľajúcich sa na starnutí aj v reakcii na oxidačný stres. Respir Physiol. 2001;128(3):393–401.
73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Systémové reakcie na poškodenie DNA pri starnutí a chorobách. Semin Cancer Biol. 2016;37–38:26–35.
74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Beneš JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Nadmerná expresia glutamát-cysteín ligázy predlžuje životnosť u Drosophila melanogaster. J Biol Chem. 2005;280(45):37331–8.
75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B a kol. Myši Caveolin{1}} null (-/-) vykazujú dramatické skrátenie dĺžky života. Biochémia. 2003;42(51):15124–31.
76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH a kol. Polymorfizmy kandidátskych génov pre diabetes mellitus, kardiovaskulárne ochorenia a rakovinu sú u Kórejcov spojené s dlhovekosťou. Exp Mol Med. 2009;41(11):772–81.
77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Autozomálne dominantná kongenitálna katarakta spojená s delečnou mutáciou v géne ľudského guľôčkového filamentového proteínu BFSP2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1432–6.
78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE, a kol. Progresívny lokus katarakty s juvenilným nástupom na chromozóme 3q21-q22 je spojený s missense mutáciou v štrukturálnom proteíne guľôčkového flamentu-2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1426–31.
79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Zber kľúčov z analýzy transkriptómu v rámci celého genómu na skúmanie anomálií sprostredkovaných talidomidom vo vývoji očí kurčiat oxid koriguje anomálie sprostredkované talidomidom navrátením systému späť do normálneho transkriptómového vzoru. Biochimie. 2016;121:253–67.
80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: ultrarýchly all-in-one FASTQ preprocesor. Bioinformatika. 2018;34(17):i884–90.
81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Zarovnanie a genotypizácia genómu na základe grafu s genotypom HISAT2 a HISAT. Nat Biotechnol. 2019;37(8):907–15.
82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Genome Project Data Processing S. Formát Sequence Alignment/Map a SAMtools. Bioinformatika. 2009;25(16):2078–9.
83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: efektívny univerzálny program na priraďovanie čítania sekvencií genómovým znakom. Bioinformatika. 2014;30(7):923–30.
84. Love MI, Huber W, Anders S. Moderovaný odhad násobnej zmeny a disperzie pre dáta RNA-seq s DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550.
85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Analýza obohatenia génovej sady: znalostný prístup na interpretáciu profilov expresie celého genómu. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.
86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: flexibilný vyrovnávač a metylačný vyvolávač pre aplikácie Bisulfte-Seq. Bioinformatika. 2011;27(11):1571–2.
87. Jones PA. Funkcie metylácie DNA: ostrovy, štartovacie miesta, telá génov a ďalšie. Nat Rev Genet. 2012;13(7):484–92.
88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: komplexný balík R na analýzu procesov metylácie DNA v celom genóme. Genome Biol. 2012;13(10):R87.
89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. Metascape poskytuje biológom orientovaný zdroj na analýzu súborov údajov na úrovni systémov. Nat Commun. 2019; 10 (1): 1523.
