Časť 6: Mapovanie epigenomickej a transkriptomickej súhry počas formovania a vybavovania pamäti v súbore Hippocampal Engram Ensemble
Mar 22, 2022
ali.ma@wecistanche.com
Kliknite naStonka Cistanche môže zlepšiť pamäť
Referencie
1. Alberini CM transkripčné faktory v dlhodobom horizontePamäťa Synaptická plasticita. Physiol. Rev 89, 1–46 (2014).
2. Josselyn SA, Köhler S & Frankland PW Nájdenie engramu. Nat. Neurosci 16, 521–534 (2015). [PubMed: 26289572]
3. Albo Z & GräffJ Engram vzrušenie. Neurón 101, 198–200 (2019). [PubMed: 30653932]
4. Poo M. ming a kol. Čo jePamäť? Súčasný stav engramu. BMC Biol (2016). doi:10,1186/s12915-016-0261-6
5. Guenthner CJ, Miyamichi K, Yang HH, Heller HC & Luo L Trvalý genetický prístup k prechodne aktívnym neurónom prostredníctvom TRAP: cielená rekombinácia neaktívnych populácií. Neuron 78, 773–784 (2013). [PubMed: 23764283]
6. Denny CA a kol. HippocampalPamäťstopy sú rozdielne modulované skúsenosťami, časom a neurogenézou dospelých. Neuron 83, 189-201 (2014). [PubMed: 24991962]
7. Ramirez S a kol. Vytvorenie nepravdyPamäťv Hippocampus. Veda (80-.). 341, 819 – 824 (2013).
8. Khalaf O a kol. Reaktivácia neurónov vyvolaných pamäťou prispieva k vzdialenému strachuPamäťútlmu. Veda (80-.). 1242, 1239–1242 (2018).
9. Levenson JM & Sweatt JD Epigenetické mechanizmy vPamäťtvorenie. Nat. Neurosci 6, 108-118 (2005). [PubMed: 15654323]
10. Gräff J a kol. Epigenetické priming ofPamäťaktualizácia počas rekonsolidácie na zmiernenie vzdialených spomienok na strach. Cela 156, 261 – 276 (2014). [PubMed: 24439381]
11. Nguyen TA a kol. Vysokovýkonné funkčné porovnanie aktivít promótora a zosilňovača. Genome Res 26, 1023-1033 (2016). [PubMed: 27311442]
12. Malik AN a kol. Identifikácia a charakterizácia funkčných zosilňovačov závislých od neuronálnej aktivity v celom genóme. Nat Neurosci 17, 1330–1339 (2015).
13. Su Y a kol. Neurónová aktivita modifikuje krajinu dostupnosti chromatínu v dospelom mozgu. Nat. Neurosci 20, 476–483 (2017). [PubMed: 28166220]
14. Rajarajan P, Gil SE, Brennand KJ & Akbarian S Organizácia a poznanie priestorového genómu. Nat. Neurosci 17, 681–691 (2016). [PubMed: 27708356]
15. Lieberman-Aiden E a kol. Komplexné mapovanie interakcií na veľké vzdialenosti odhaľuje princípy skladania ľudského genómu. Veda (80-.). (2009). doi:10.1126/science.1181369
16. Dekker J a kol. Projekt 4D nukleómu. Príroda (2017). doi:10.1038/nature23884
17. Yu M & Ren B Trojrozmerná organizácia genómov cicavcov. Annu. Rev. Cell Dev. Biol (2017). doi:10.1146/annurevcellbio-100616-060531
18. Shlyueva D, Stampfel G & Stark A Zosilňovače transkripcie: Od vlastností k predpovediam pre celý genóm. Nat. Genet 15, 272-286 (2014). [PubMed: 24614317]
19. Nader K, Schafe GE & Le Doux JE Spomienky na strach vyžadujú syntézu proteínov v amygdale, aby sa po ich získaní opäť upevnili. Príroda (2000). doi:10.1038/35021052
20. Rao-Ruiz P a kol. Engramovo špecifické transkriptómové profilovanie kontextuPamäťkonsolidácia. Nat. Commun (2019). doi:10,1038/s41467-019-09960-x
21. Halder R a kol. Zmeny metylácie DNA v génoch plasticity sprevádzajú tvorbu a udržiavanie pamäte. Nat. Neurosci. 19, 102 – 110 (2015). [PubMed: 26656643]
22. Park CS, Rehrauer H & Mansuy IM Genómová analýza acetylácie H4K5 spojenej so strachomPamäťu myší. BMC Genomics (2013). doi:10.1186/1471-2164-14-539
23. Kim T a kol. Široko rozšírená transkripcia na zosilňovačoch regulovaných neuronálnou aktivitou. Príroda 465, 182– 187 (2010). [PubMed: 20393465]
24. Vierbuchen T a kol. Transkripčné faktory AP-1 a komplex BAF sprostredkúvajú výber zosilňovačov závislých od signálu. Mol. Cela 68, 1134–1146.e6 (2017). [PubMed: 29225033]
25. Weintraub AS a kol. YY1 je štrukturálny regulátor slučiek zosilňovač-promótor. Cela 171, 1573 – 1588.e28 (2017). [PubMed: 29224777]
26. Bonev B a kol. Viacškálové 3D prepájanie genómu počas vývoja neurónov myši. Cela 171, 557–572.e24 (2017). [PubMed: 29053968]
Cistanche môže zlepšiť pamäť
27. Fernandez-Albert J a kol. Okamžité a odložené epigenomické podpisy in vivo neuronálnej aktivácie v myšom hipokampe. Nat. Neurosci (2019). doi:10,1038/s41593-019-0476-2
28. Yamada T a kol. Senzorická skúsenosť pretvára architektúru genómu v nervovom okruhu, aby poháňala motorické učenie. Príroda (2019). doi:10,1038/s41586-019-1190-7
29. Schoenfelder S a kol. Pluripotentný regulačný obvod spájajúci promótory s ich interaktívnymi prvkami s dlhým dosahom. Genome Res. 25, 582 – 597 (2015). [PubMed: 25752748]
30. Sanyal A, Lajoie BR, Jain G & Dekker J Oblasť interakcií génových promótorov s dlhým dosahom. Príroda (2012). doi:10.1038/nature11279
31. Joo JY, Schaukowitch K, Farbiak L, Kilaru G & Kim TK Kombinatorická funkcia špecifická pre stimuláciu neurónových zosilňovačov c-fos. Nat. Neurosci (2015). doi:10.1038/nn.4170
32. Jaeger BN a kol. Nový transkripčný podpis vyvolaný prostredím predpovedá reaktivitu v neurónoch s jednou zubatou granulou. Nat. Commun (2018). doi:10,1038/s41467-018-05418-8
33. Tyssowski KM a kol. Rôzne vzory neurónovej aktivity vyvolávajú rôzne programy génovej expresie. Neurón (2018). doi:10.1016/j.neuron.2018.04.001
34. Gaidatzis D, Burger L, Florescu M & Stadler MB Analýza intrónových a exónových čítaní v údajoch RNA-seq charakterizuje transkripčnú a post-transkripčnú reguláciu. Nat. Biotechnol (2015). doi:10.1038/nbt.3269
35. Chandra D a kol. Podjednotky GABAA receptora 4 sprostredkovávajú extrasynaptickú inhibíciu v talame a gyrus dentatus a pôsobenie gaboxadolu. Proc. Natl. Akad. Sci (2006). doi:10.1073/ panvice.0604304103
36. Pignatelli M a kol. Stav excitability bunky Engram Určuje účinnosť získavania pamäte. Neuron 101, 274–284.e5 (2019). [PubMed: 30551997]
37. Sun X a kol. Funkčne odlišné neurónové súbory v rámci pamäťového engramu. Cell (2020). doi:10.1016/j.cell.2020.02.055
38. Yuan A & Nixon RA Špecializované úlohy proteínov neurofilamentov v synapsiách: Význam pre neuropsychiatrické poruchy. Bulletin výskumu mozgu (2016). doi:10.1016/j.brainresbull.2016.09.002
39. Bramham CR & Wells DG dendritická mRNA: transport, translácia a funkcia. Nat. Neurosci 8, 776-789 (2007). [PubMed: 17848965]
40. Choi JH a kol. Základom sú medziregionálne synaptické mapy medzi engramovými bunkamiPamäťtvorenie. Veda (80-.). (2018). doi:10.1126/science.aas9204
41. Shi SH a kol. Rýchle dodanie do chrbtice a redistribúcia AMPA receptorov po synaptickej aktivácii NMDA receptora. Veda (80-.). (1999). doi:10.1126/science.284.5421.1811
42. Ostroff LE, Fiala JC, Allwardt B & Harris KM Polyribozómy sa redistribuujú z dendritických driekov do tŕňov so zväčšenými synapsiami počas LTP vo vývoji potkaních hipokampálnych rezov. Neuron (2002). doi:10.1016/S0896-6273(02)00785-7
43. Chung SH a kol. Zac1 hrá kľúčovú úlohu vo vývoji špecifických neuronálnych podskupín v myšom mozočku. Neural Dev (2011). doi:10.1186/1749-8104-6-25
44. Ravasi T a kol. Atlas kombinatorickej transkripčnej regulácie u myši a človeka. Cell (2010). doi:10.1016/j.cell.2010.01.044
45. Schlisio S, Halperin T, Vidal M & Nevins JR Interakcia YY1 s E2F, sprostredkovaná RYBP, poskytuje mechanizmus pre špecifickosť funkcie E2F. EMBO J 21, 5775-5786 (2002). [PubMed: 12411495]
46. Korb E, Wilkinson CL, Delgado RN, Lovero KL & Finkbeiner S Oblúk v jadre reguluje od PML závislú transkripciu GluA1 a homeostatickú plasticitu. Nat. Neurosci (2013). doi:10.1038/nn.3429
47. Prickett AR a kol. Analýza väzby CTCF a kohezínovej DNA v mozgu myši v celom genóme a špecifická pre rodičovskú alelu odhaľuje tkanivovo špecifický väzbový vzor a asociáciu s vytlačenými rozdielne metylovanými oblasťami. Genome Res 23, 1624 – 1635 (2013). [PubMed: 23804403]
48. Kinde B, Wu DY, Greenberg ME & Gabel HW metylácia DNA v tele génu ovplyvňuje represiu génu sprostredkovanú MeCP2-. Proc. Natl. Akad. Sci 113, 15114–15119 (2016). [PubMed: 27965390]
49. Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY & Greenleaf WJ Transpozícia natívneho chromatínu na rýchle a citlivé epigenomické profilovanie otvoreného chromatínu, proteínov viažucich DNA a polohy nukleozómov. Nat. Methods 10, 1213–1218 (2013). [PubMed: 24097267]
50. Langmead B & Salzberg SL Rýchle zarovnanie s medzerami s motýlikom 2. Nat. Metódy (2012). doi:10.1038/nmeth.1923
51. Li H a kol. Formát Sequence Alignment/Map a SAMtools. Bioinformatika (2009). doi:10.1093/bioinformatics/btp352
52. Zhang Y a kol. Modelová analýza ChIP-Seq (MACS). Genome Biol (2008). doi:10,1186/ GB-2008-9-9-r137
53. Stark R & Brown G DiffBind: diferenciálna väzbová analýza údajov vrcholu ChIP-Seq. Cancer Res (2011). doi:10.1093/nar/gkv1191
54. Robinson MD & Oshlack AA škálovacia normalizačná metóda pre analýzu diferenciálnej expresie údajov RNA-seq. Genome Biol (2010). doi:10.1186/GB-2010-11-3-r25
55. Thorvaldsdóttir H, Robinson JT & Mesirov JP Integrative Genomics Viewer (IGV): Vysokovýkonná vizualizácia a prieskum genomických údajov. Stručný. Bioinform (2013). doi:10.1093/bib/bbs017
56. Ernst J & Kellis M Objav chromatínového stavu a anotácia genómu pomocou ChromHMM. Nat. Protoc 12, 2478–2492 (2017). [PubMed: 29120462]
57. Benner C, Heinz S & Glass CK HOMER - Softvér na objavovanie motívov a analýzu sekvenovania novej generácie. Http://Homer.Ucsd.Edu/ (2017).
58. Schep AN a kol. Štruktúrované nukleozómové odtlačky umožňujú mapovanie architektúry chromatínu v regulačných oblastiach s vysokým rozlíšením. Genome Res (2015). doi:10.1101/gr.192294.115
59. Heinz S a kol. Jednoduché kombinácie transkripčných faktorov určujúcich líniu určujú cis-regulačné prvky potrebné pre identity makrofágov a B buniek. Mol. Cell (2010). doi:10.1016/ j.molcel.2010.05.004
60. Trapnell C a kol. Analýza diferenciálnej génovej a transkriptovej expresie experimentov RNA-seq s TopHat a Cufflinks. Nat. Protoc (2012). doi:10.1038/nprot.2012.016
61. Robinson MD, McCarthy DJ & Smyth GK edgeR: Balíček Bioconductor na analýzu diferenciálnej expresie údajov o expresii digitálnych génov. Bioinformatika (2009). doi:10.1093/ bioinformatika/btp616
62. Nagano T a kol. Jednobunkový Hi-C na detekciu chromatínových interakcií v celom genóme, ktoré sa vyskytujú súčasne v jednej bunke. Nat. Protoc 10, 1986–2003 (2015). [PubMed: 26540590]
63. Wingett SW a kol. HiCUP: potrubie na mapovanie a spracovanie údajov Hi-C. F1000Research (2015). doi:10.12688/f1000research.7334.1
64. Cairns J a kol. Chicago: Robustná detekcia interakcií DNA looping v Capture Hi-C dátach. Genome Biol 17, 1–17 (2016). [PubMed: 26753840]
65. Kagey MH a kol. Mediátor a kohezín spájajú génovú expresiu a architektúru chromatínu. Príroda (2010). doi:10.1038/nature09380
Obr. 1. Časová a priestorová identifikácia aktivovaných a reaktivovaných buniek engramu.
a) Schematické znázornenie experimentálneho dizajnu. Myši TRAP boli na začiatku vystavené tréningu, v ktorom sa v krátkom okne expozície 4-hydroxytamoxifénu (TAM) spároval podmienený (kontext) a nepodmienený stimul (šok do nohy, FS). Štyri rôzne neurónové populácie (bazálna, aktivovaná – skorá, aktivovaná – neskorá a reaktivovaná) boli triedené prietokovým cytometrom a podrobené príprave knižnice pre nRNA-seq, ATAC-seq, Hi-C a pc-HiC.
(b) Reprezentatívne obrázky (DG) a kvantifikácie celého hipokampu eYFP plus neurónov po liečbe TAM v domácej klietke (naivné, n=4 myší/6 rezov na zviera), 1,5 h (aktivované – skoré, n {{4 }} myší/4 plátky na zviera) a 5 dní (aktivované – neskoro, n=4 myší/8 plátkov na zviera) po expozícii po FS. Mierka predstavuje 200 μm. Bodový graf označuje stredné a chybové stĺpce (SEM), jednosmernú analýzu ANOVA (parametrická, nepárová), F (2, 70)=240.3, P<0.0001. bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test;="" hc="" vs.="" early="" ***p="0.0007," hc="" vs.="" late****p="" <="" 0.0001,="" early="" vs.="" late="" ****p="" <="">
(c) Kvantifikácia aktivovaných – neskorých a reaktivovaných neurónov v hipokampe v dvoch experimentálnych skupinách; CFC s (CFC plus TAM, n {0}} myší/8 plátkov na zviera) alebo bez (CFC NO-TAM, n=4 myší/6 plátkov na zviera) podávania tamoxifénu. Bodový graf označuje priemer a chybové stĺpce (SEM), obojstranný nepárový Studentov t-test, Aktivovaný – oneskorený; t=25.65, df{10}}, znovu aktivované; t=11.00, df=52, ****P <>
(d) Reprezentatívne obrázky a kvantifikácie z rôznych oblastí hipokampu. Počet pozitívnych jadier bol analyzovaný pomocou IMARIS (pozri metódy) z DG, CA1 a CA3. Mierka predstavuje 100 μm. n=5 myší/ aktivovaných – skorých: 6 plátkov na zviera, n=6 myší/ aktivovaných – neskoro: 6 reaktivovaných: 6 plátkov na zviera. Bodový graf označuje stĺpce priemeru a chyby (SEM), jednosmerná ANOVA (parametrická, nepárová), skorá; F (2, 42)=13.46. Neskoro; F (2, 95)=556.3. Reaktivovaný; F (2, 89)=83,53. Všetky Ps < 0,0001.="" bonferroniho="" test="" viacerých="" porovnaní,="" *p="0.029," **p="0.0075," ***p="0.0009,">< 0.0001.="" (e)="" valuation="" of="" context="" effects="" on="" the="" number="" and="" the="" distribution="" of="" hippocampal="">Pamäťstopy.
(f) Kvantifikácia oneskorených a reaktivovaných neurónov v skupine AB (n=6 myší/ 6 plátkov na zviera) v porovnaní so skupinou AA (n=5 myší/ 6 plátkov na zviera). Bodový graf označuje priemer a chybové stĺpce (SEM), obojstranný nepárový Studentov t-test, aktivovaný – neskoro; t=0.08292, df=59, P=0.9342. Reaktivovaný; t=8.385, df=57, ****P< 0.0001.n.s="">
Obr. 2. Krajina dostupnosti chromatínu počas vytvárania a vyvolávania pamäte.
(a) Diferenciálne prístupné oblasti (DAR) sú zobrazené v grafe sopky (párové porovnanie, FDR < 0,01;="" násobné="" zmeny=""> 1,5), n=3 biologicky nezávislých vzoriek. (b) Analýza spoločnej získanej-dostupnej oblasti (stabilná), získanej 90 minút po FS (aktivovaná -skorá), ktorá zostáva dostupná v neskorom stave konsolidácie (aktivovaná -neskoro) a odvolaní (reaktivovaná). Prekrývajúce sa stabilné DAR boli brané do úvahy iba vtedy, ak sa objavili aspoň v 2 biologických replikátoch v danom stave.
(c) Reprezentatívne stopy prehliadača genómu IGV lokusu Arc.
(d) Analýza anotácií (nástroje HOMER) pre všetky DAR. Čísla na osi y označujú hodnoty Log2 pomeru pozorovaných lokusov (počet DAR) k očakávanej (celkovej veľkosti (bp)) TTS, exónov, intrónov, intergénov a promótorov. P-hodnoty vypočítal HOMER
nástroje; Bazálna vs. aktivovaná – skorá (intergénová *P=1,73 × 10–103), aktivovaná – skorá vs. aktivovaná – neskorá (TTS *P=0,0339, promótor *P {{9} },48 × 10-39), aktivovaný -neskoro vs. reaktivovaný (promótor *P=2,48 × 10-6), stabilný (intergénny *P=0,0358).
(e) Emisné stavy modifikácie histónu (vľavo) a analýza obohatenia ponúka cez emisie pomocou ChromHMM. Skladaná stupnica obohatenia (FE) {{0}} – 30. Hodnota a p bola určená hodnotou z-skóre (ako je vypočítané v rozšírených údajoch, obr. 2c), úplná analýza je uvedená v doplnkovej tabuľke 3. *P < 0,00001,="" uvádzané="" len="" pre="" obohatené="" hodnoty="">
(f) Chip-qPCR. Vzorky sa imunoprecipitovali s protilátkami proti H3K27ac alebo H3K4me1 a podrobili sa PCR v reálnom čase s dvoma sadami primérov pre identifikované predpokladané zosilňovače. H3K27ac: n=4, H3K4me1 n=3, Bodový graf označuje priemer a chybové stĺpce (SEM), jednosmerná ANOVA (parametrická, nepárová) s Dunnettovým testom viacnásobného porovnávania, Enhancer 1; H3K27ac - F (3, 12)=4,664, P=0.02, (Bazálna verzus aktivovaná-neskorá *P=0,0246, bazálna verzus reaktivovaná * P=0,0232), H3K4me1 - F (3, 8)=0,845, P=0,506. Enhancer 2; H3K27ac - F (3, 12)=5.221, P=0.0155, (Bazálny vs. Aktivovaný -neskoro **P=0.0059), H3K4me1 - F (3, 8)=1,719, P=0,24. Enhancer 3; H3K27ac - F (3, 12)=29,91, P < 0,0001,="" h3k4me1="" -="" f="" (3,="" 8)="10,39," p="0,0039," (="" bazálna="" vs.="" aktivovaná="" -="" skorá="" *p="0,0298," bazálna="" vs.="" aktivovaná="" -neskoro="" **p="0,0021," bazálna="" vs.="" reaktivovaná="" **p="0,0063)." enhancer="" 4;="" h3k27ac="" -="" f="" (3,="" 12)="6,273," p="0,0083," (bazálny="" vs.="" aktivovaný="" -neskoro="" **p="0,007," bazálny="" vs.="" reaktivovaný="" *p="" {="" {102}}.0152),="" h3k4me{106}}="" f="" (3,="" 8)="9.901," p="0.0045," (bazálna="" vs.="" reaktivovaná="" **p="0">
Obr. 3. Prepínanie pododdelenia cez rôzne fázyPamäťformovanie a odvolanie.
(a) Korelačná teplotná mapa Hi-C predstavuje kompartmentalizáciu chr6 pre bazálne, aktivované - skoré a aktivované - neskoré bunky. Priehradky vypočítané Juicerom pri rozlíšení 500 kb (pozorované – očakávané normalizované).
Aktivované - neskoro). Výmena priehradky sa zvažovala iba vtedy, ak sa záporná hodnota transformovala na kladnú hodnotu a naopak.
(c) Reprezentatívne obrázky z prehliadača IGV, ktoré ukazujú stabilné prepnutie priehradky z A do B (horný panel) a B do A (spodný panel) naprieč rôznymiPamäťfázy.
(d) Analýza prekrývania medzi DAR vo včasnej fáze (Bazálna vs. Aktivovaná – skorá) a stabilnou prepínanou priehradkou. Vľavo Vennov diagram ukazuje získané DAR a stabilné oddelenie prepnuté z B do A. Vpravo Vennov diagram ukazuje stratené DAR a stabilné oddelenie prepnuté z A do B.
(e) Ilustrácia prepínača kompartmentu vyvolaného aktivitou a špecifických interakcií promótor-zosilňovač.
Obr. 4. Promótory interagujú častejšie s odlišnou podskupinou zosilňovačov počas každého z nich
(a) Tepelná mapa predstavuje skóre interakcie definované Chicagom pre každú populáciu. Bazálna: n=3, aktivovaná – skorá, aktivovaná – neskoro a reaktivovaná: n=4 biologicky nezávislých vzoriek.
(b) Husľové grafy ukazujú distribúciu a intenzitu (log10 stupnica) interakcie, ktoré boli buď jedinečné, alebo zdieľané aspoň 3 populáciami (bežné). Jednosmerná ANOVA (parametrická, nepárová), F (4, 57922)=2364, P < 0.0001.="" bonferroniho="" test="" viacerých="" porovnaní,="" ns="nevýznamné" (p="0,7659)," *p=""><>
(c) Frekvencia interakcie promótor-zosilňovač meraná pomocou 3C-qPCR pre vybrané lokusy. Štyri sady primérov zahŕňajúce interakciu medzi promótor-enhancer (P/E) a tromi náhodnými lokusmi vo vnútri slučky (P/Ein), mimo slučky (P/Eout) a na promótore (P/Pin).
Čítania sa normalizovali na hodnoty interakcie promótor-enhancér domáceho génu aktínu. n=3 biologicky nezávislých vzoriek. Údaje sú prezentované ako priemerné hodnoty s chybovými stĺpcami označujúcimi SEM, dvojcestnú ANOVA. Eif3d; populácia × miesto interakcie (F
(9, 32)=1.917, P=0.0851), účinok iba miesta interakcie (F (3, 32)=22.64, P < 0,0001).="" grik3;="" populácia="" ×="" miesto="" interakcie="" f="" (9,="" 32)="0.1716." bonferroniho="" viacnásobný="" porovnávací="" test,="" p/e="" bazálny="" vs.="" reaktivovaný="" **p="">
d) Reprezentatívne udalosti primingu lokusu Eif5a. Stopy prehliadača IGV Genome predstavujúce dynamiku dostupnosti chromatínu (farebné stopy) na promótore (sivý obdĺžnik) a zosilňovačoch (modrý obdĺžnik). Stopy prehliadača WashU predstavujú významnú interakciu promótor-enhancer prostredníctvom oblúkov (fialová - bazálna, svetlozelená - aktivovaná - skorá, tmavozelená - aktivovaná - neskoro a oranžová - znovu aktivovaná).
Obr. 5. Transkripčný podpis reaktivovaných engramových neurónov
( a ) Párová analýza DEG z myší v pasci hippocampu, ktoré boli vystavené CFC, sú zobrazené na sopečnom grafe (FDR<0.01; log2fc="" >="" 2).="" n="3" biologically="" independent="">
nepárový), po ktorom nasleduje Bonferroniho viacnásobný porovnávací test. Dw – Neskoro; F (3, 1032)=42.19, Up-Late; F (3, 280)=752.5, stabilný; F (3, 764)=92.28, Reaktivácia; F (3, 1744) =597.4. Všetky Ps < 0,0001.="" test="" viacnásobného="" porovnania,="" ns="nevýznamné," ***p="">< 0,0001.="" (d)="" analýza="" génovej="" ontológie="" (go)="" (toppfun)="" pre="" deg,="" ktoré="" boli="" identifikované="" v="" každom="" klastri.="" (e)="" reprezentatívne="" stupne="" z="" každého="" zoskupenia.="" log2fc="" z="" bazálneho="" stavu="" je="" prezentovaný="" v="" troch="" biologických="" replikátoch.="" čiara="" predstavuje="" vypočítaný="" priemer.="" n="3" biologicky="" nezávislých="" vzoriek,="" jednosmerná="" anova="" (parametrická,="" nepárová)="" s="" dunnettovým="" viacnásobným="" porovnávacím="" testom,="" ns="nevýznamné." gad1;="" f="" (3,="" 8)="4.387," p="0.04." *p="0.0268." gabrb3;="" f="" (3,="" 8)="6.184," p="0.0177." *p="0.0441." odpočinok;="" f="" (3,="" 8)="23.23," p="0.0003." ***p="0.0268." map4k4;="" f="" (3,="" 8)="6.244," p="0.0172." *p="0.0151." nefl;f="" (3,="" 8)="12.06," p="0.0024." **p="0.0059," **p="0.0014." nefh;="" f="" (3,="" 8)="21,50," p="0,0003." *p="0.016," ***p="0.0008," ***p="0.0002." eif5a;="" f="" (3,="" 8)="8.482," p="0.0072." **p="0.004." eif4h;="" f="" (3,="" 8)="0.58," p{102}}.0002.="" ***p="">
Cistanche môže zlepšiť pamäť
(f) Reprezentatívne obrázky a kvantifikácia hladín proteínu Eif4e z aktivovaného - skorého, aktivovaného - neskorého a reaktivovaného. Na kvantifikáciu boli na IMARIS postavené dva samostatné povrchy; bunkový soma a dendritický driek. Počet bodov Eif4e sa meral iba v týchto hraniciach povrchov. Údaje pre dendritický driek sú prezentované ako pomer medzi počtom a dĺžkou (μM). Mierka predstavuje 10 μm. n=4 myší /5 sekcií na zviera, box graf označuje priemer, medzikvartilový rozsah a minimálnu a maximálnu, jednosmernú ANOVA (parametrickú, nepárovú), hriadeľ; F (2, 28)=5.113, P=0.0128. Soma; F (2, 43)=3.026, P=0.0589. Bonferroniho viacnásobný porovnávací test; Šachta; Aktivované – skoré vs. Reaktivované *P=0.0324, Aktivované – neskoro vs. Reaktivované *P=0.0324
(g) Reprezentatívne obrázky (ľavý panel) a kvantifikácia (pravý panel) hladín proteínu Gria1 počas rôznych fázPamäť. Na základe imunoreaktivity eYFP a endogénneho Arc sa analyzovali tri populácie neurónov (aktivované - skoro, aktivované - neskoro a reaktivované). Na kvantifikáciu boli povrchy MARIS postavené na dendritickom drieku a počet bodov GRIA1 sa meral iba na hraniciach povrchu (<1μm threshold).="" data="" is="" presented="" as="" a="" ratio="" between="" several="" puncta="" and="" the="" shaft="" length.="" the="" scale="" bar="" represents="" 10="" μm.="" n="4" mice="" section="" per="" animal,="" boxplot="" indicates="" the="" mean,="" interquartile="" range,="" and="" the="" minimum="" and="" maximum,="" one-way="" anova,="" f="" (2,="" 16)="15.22," p="0.0002." bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test,="" **p="0.002," ***p="">
Obr. 6. Sekvenčné preprogramovanie dostupnosti chromatínu, interakcie promótor-enhancer a
Čiarové grafy pre každý klaster K-priemerov znázorňujú priemer (škála log2) (a) transkripčných zmien (p-hodnoty uvedené na Obr. 5c, priemer n=3 biologicky nezávislých vzoriek) (b) dostupnosť chromatínu ( normalizované hodnoty RPKM, priemer n=3 biologicky nezávislých vzoriek) a (c) skóre interakcie promótor-enhancér (vypočítané Chicagom, priemerné bazálne: n=3, aktivované - skoro, aktivované - neskoro a reaktivované : n=4 biologicky nezávislých vzoriek) Opakované merania jednosmernej ANOVA (medzi skupinami).
638,7. Stabilný; F (2,437, 4504)=717,9. Reaktivácia; F (2,434, 8481) {{10}}. Všetky Ps < 0.0001.="" skóre="" interakcie;="" dw-late;="" f="" (2,833,="" 7054)="46.86." byť="" dlho="" hore;="" f="" (2,94,="" 5442)="14,87." stabilný;="" f="" (2,91,="" 5702)="21,5." reaktivácia;="" f="" (2.86,="" 11188)="44.94." všetky="" ps="">< 0,0001.="" bonferroniho="" viacnásobný="" porovnávací="" test,="" ***p=""><>
(de) Charakterizácia obohatenia motívu na interagujúcich zosilňovačoch v každom klastri. ChromHMM sa použil na vytvorenie emisných stavov pomocou databázy motívov HOEMR (Egr1, Ap1, Slug, Plagl1, Hic2, Rest, CTCF, Yy1, Mecp2) a predtým publikovaných údajov ChIP-seq (Ap1-Junb12, CTCF47, Mecp248). Boli identifikované štyri stavy ako i) kontrola – náhodný odber vzoriek genómu, ii) silné represory iii) bivalentné iv) silný aktivátor. Skladaná stupnica obohatenia (FE)
0.15–20.
