Časť 2: Cistanche-Bežné rizikové varianty v NPHS1 a TNFSF15 sú spojené s detským nefrotickým syndrómom citlivým na steroidy

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Cistanche môže pomôcť s nefrotickým syndrómom

DISKUSIA

Súčasný japonský GWAS s doteraz najväčšou veľkosťou vzorky a replikáciou vo viacerých kontinentálnych populáciách identifikoval bežné varianty v regiónoch NPHS1 a TNFSF15 ako nové faktory náchylnosti na detský SSNS. Post-GWAS analýza lokusu chromozómu 19 identifikovala potenciálny transkripčný mechanizmus, ktorým rizikový haplotyp NPHSI môže prispieť k ochoreniu. Napokon, väčšia veľkosť vzorky umožnila ďalšie jemné mapovanie predtým implikovaných lokusov HLA.1 "Celkovo tieto zistenia výrazne rozširujú a zlepšujú naše chápanie genetického pozadia detského SSNS. Identifikujú nefrín, prozápalový cytokínový faktor nekrotizujúci nádory, člen superrodiny 15(TNFSF15) a ich pridružené molekuly ako nové ciele pre biologický výskum na lepšie pochopenie SSNS a potenciálne pre terapeutický vývoj. A nakoniec, spojenie s bežnými variantmi v lokuse NPHSI poskytuje ďalší príklad, ktorý ukazuje, že gény Mendelovho ochorenia obličiek môžu obsahovať varianty náchylnosti na bežnejšie multifaktoriálne ochorenie (SSNS).

Zriedkavé mutácie v NPHS1 spôsobujú vrodenénefrotickýsyndrómfínskeho typu, vzácny monogénnynefrotickýsyndrómktorý je rezistentný na steroidy a má zlú renálnu prognózu. Táto štúdia prekvapivo odhalila, že varianty v NPHS1 sú spojené s citlivosťou na SSN.

Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the significant SNPs in the NPHSI locus was the synonymous variant rs2285450(c.294 C>T) v exóne 3. Sun et al. hlásili vyššiu frekvenciu minoritnej alely rs2285450 v čínskych sporadickýchnefrotickýsyndrómpacienti zo Singapuru ako v kontrolách (20 percent oproti 13 percentám, P= 0.025) a ukázali, že riziková alela viedla k zníženej schopnosti inhibovať prúdy TRPC6 v bunkách HEK293-M1 prostredníctvom náplasti svorka, ktorá by mohla zodpovedať za náchylnosť na proteinúriu.27,28 Táto štúdia poskytuje nezávislú podporu pre rs2285450 ako rizikový faktor pre SSNS a navrhuje alternatívny mechanizmus citlivosti nanefrotický syndrómvyžadujúce ďalšie vyšetrovanie.

cistancheje dobré prenefrotický syndróm

Pomocou spárovaných ľudských genetických a glomerulárnych transkriptomických údajov sme nepozorovali rozdiely v celkovej expresii NPHS1 ako funkciu tohto rizikového haplotypu. Údaje RNA-seq však umožnili pozorovanie významného ASE, čo viedlo k nižšej expresii NPHSI z haplotypu nesúceho rizikové alely (doplnkový obrázok S11). Množstvo rizikových variantov v tomto lokuse bolo synonymom pre exonické zmeny v NPHS1. Preto sme sa viac zamerali na NPHSI a nesledovali sme diskusiu o úlohe KIRREL2 v potenciálnych mechanizmoch ochorenia. Budúca práca by mala zahŕňať: (i) potvrdenie tohto pozorovania u ďalších pacientov s genotypizáciou a údajmi o expresii obličiek; a (ii) získanie mechanického pochopenia toho, ako tento ASE NPHSI prispieva alebo spôsobuje spojenie s SSN, ktoré sme pozorovali. Potenciálne hypotézy dysfunkcie zahŕňajú: (i) zvýšené zaťaženie bunky na produkciu potrebného množstva nefrínu z referenčného chromozómu, čo vedie k bunkovému stresu a zvýšenej náchylnosti na poškodenie; a (i) potenciálne dysfunkčný nefrínový proteín produkovaný rizikovým haplotypom (napr. prostredníctvom diferenciálnych posttranslačných modifikácií), ktorý má za následok abnormálnu glomerulárnu filtračnú bariéru.

Genetické polymorfizmy v lokuse 9q32 sú spojené s niekoľkými autoimunitnými a zápalovými ochoreniami.23,29-31 Najpravdepodobnejším génom spôsobujúcim ochorenie v rámci 9q32 je TNFSF15, ktorý kóduje TNFSF15. V tejto štúdii bola významná asociácia rs4979462 replikovaná nezávisle a ďalej posilnená transetnickou metaanalýzou. Hitomi et al.3 predtým identifikovali rs4979462 ako funkčný variant in vitro funkčnou analýzou s použitím luciferázového testu a testu posunu elektroforetickej mobility. Test super-shift objasnil, že riziková alela (T) rs4979462 vytvorila nové väzbové miesto NF-1.2 Okrem toho niekoľko správ ukázalo, že riziková alela rs4979432 ovplyvňuje úroveň expresie mRNA TNFSF15.{{{{101} 19}}Na potvrdenie asociácie TNFSF15 s SSNS u detí sú potrebné ďalšie štúdie.

V tejto štúdii boli varianty v lokusoch NPHSI a TNFSF15 identifikované a replikované hlavne v populáciách východnej Ázie (Japonsko a Kórea) a južnej Ázie, u ktorých bol hlásený vyšší výskyt ochorenia. Naopak, frekvencie rizikových alel kandidátskych SNP v NPHS1 boli zriedkavé u ľudí európskeho pôvodu (tabuľka 1). Tieto zistenia môžu čiastočne vysvetliť epidemiologický rozdiel medzi populáciami z pohľadu polymorfizmov spojených s ochorením. Tento rozdiel je ďalej ilustrovaný absenciou významných signálov v našom japonskom súbore údajov v oblastiach CALHM6/FAM26F a PARMl, ktoré boli zistené v homogénnej kohorte európskeho pôvodu.5

S prevládajúcim príspevkom génov HLA-DR/DQ boli s ochorením silne spojené génové súbory proteínového komplexu hlavného histokompatibilného komplexu triedy II a aktivity receptora hlavného histokompatibilného komplexu triedy II. Vrodená imunitná odpoveď bola tiež identifikovaná ako významný súbor génov so stredným účinkom. Vrodený imunitný systém vrátane aktivácie profesionálnych buniek (bunky prezentujúce antigén a B bunky/Toll-like receptory), ako aj adaptívny imunitný systém, v ktorom hrajú kľúčovú úlohu HLA molekuly, sa podieľa na chorobnom procese a reakcii. k liečbe.3,4

Okolo 90 percent dedičnosti detských SSNS prispeli bežné varianty, hoci sa brali do úvahy aj varianty s relatívne zriedkavými frekvenciami alel (MAF: 0,5 percenta -5 percent). Veľká časť dedičnosti ochorenia však zostáva nezohľadnená. Ďalšie varianty súvisiace s ochorením v oblastiach bez HLA môžu byť identifikované budúcimi štúdiami v rámci celého genómu s väčšou veľkosťou vzoriek, najmä u pacientov s európskymi a inými nevýchodoázijskými predkami, pretože polymorfizmy spojené s ochorením v oblastiach bez HLA sú stále vo veľkej miere neznámy.

V tejto štúdii veľkosti vzoriek v replikačných kohortách s rôznymi predkami obmedzili silu na replikáciu signálov s menšími veľkosťami účinku. Stratifikácia populácie môže existovať vo fáze replikácie v dôsledku nedostatočného prispôsobenia. Okrem toho sa medzi prípadmi a kontrolami mohli vyskytnúť dávkové účinky, keď sa frekvencie alel z verejných databáz použili ako kontroly zodpovedajúce populácii.

Stručne povedané, objavy tu poskytujú nové lokusy SSNS. Najmä lokus NPHS1 poskytuje nový provokatívny koncept patogenézy ochorenia, spája a posilňuje novovznikajúcu paradigmu v nefrológii – v určitých génoch nesúcich mendelovské varianty môžu bežnejšie alely zvýšiť náchylnosť na multifaktoriálne, polygénne ochorenia, ako sa už predtým preukázalo pre UMOD, COL4A3 a NPHS2.26,35- Napokon súčasné zistenia opäť zdôrazňujú dôležitosť vykonávania genómového výskumu v rôznych populáciách. Týmto sme objavili špecifické SNP, ktoré budú mať pravdepodobne väčší vplyv na populácie východnej a južnej Ázie, pričom identifikujeme gény a lokusy, ktoré môžu byť dôležité vo všetkých populáciách, ku ktorým by sme boli štatisticky slepí, ak by sme použili európsku objaviteľskú kohortu.

Cistanche môže pomôcť s nefrotickým syndrómom

METÓDY

Ďalšie podrobnosti nájdete v časti Doplnkové metódy.

Vzorky

V štádiu objavu bolo 1018 japonským pacientom diagnostikované detské SSNS (vek nástupu<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotypizácia a imputácia celého genómu v štádiu objavovania

V štádiu objavovania sa genotypovalo 1018 prípadov a 3331 kontrol pomocou poľa Affymetrix Japonica. Devätnásť vzoriek bolo vylúčených nízkou rýchlosťou hovorov (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" process.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute4-(version="" 2.3.1)using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="">