Zameranie na katepsín B cykloastragenolom zvyšuje protinádorovú imunitu CD8 T buniek prostredníctvom inhibície degradácie MHC-I, časť 2

CAG inhibuje lyzozomálnu degradáciu MHC-I sprostredkovanú CTSB

Glykozid cistanche môže tiež zvýšiť aktivitu SOD v tkanivách srdca a pečene a výrazne znížiť obsah lipofuscínu a MDA v každom tkanive, účinne zachytáva rôzne reaktívne kyslíkové radikály (OH-, H₂O₂ atď.) a chráni pred poškodením DNA. OH-radikálmi. Cystanche fenyletanoidové glykozidy majú silnú schopnosť zachytávať voľné radikály, vyššiu redukčnú schopnosť ako vitamín C, zlepšujú aktivitu SOD v suspenzii spermií, znižujú obsah MDA a majú určitý ochranný účinok na funkciu membrány spermií. Polysacharidy Cistanche môžu zvýšiť aktivitu SOD a GSH-Px v erytrocytoch a pľúcnych tkanivách experimentálne starnúcich myší spôsobenú D-galaktózou, ako aj znížiť obsah MDA a kolagénu v pľúcach a plazme a zvýšiť obsah elastínu. dobrý čistiaci účinok na DPPH, predĺženie doby hypoxie u starnúcich myší, zlepšenie aktivity SOD v sére a oddialenie fyziologickej degenerácie pľúc u experimentálne starnúcich myší Experimenty ukázali, že pri bunkovej morfologickej degenerácii má Cistanche dobrú antioxidačnú schopnosť a má potenciál byť liekom na prevenciu a liečbu chorôb starnutia kože. Zároveň má echinakozid v Cistanche významnú schopnosť vychytávať voľné radikály DPPH a má schopnosť vychytávať reaktívne formy kyslíka a zabraňovať degradácii kolagénu vyvolanej voľnými radikálmi a tiež má dobrý reparačný účinok pri poškodení aniónom voľných radikálov tymínu.

Kliknite na maca ginseng cistanche morský koník

【Ďalšie informácie:george.deng@wecistanche.com / WhatApp:{0}}】

Predchádzajúce štúdie ukázali, že MHC-I sa rozkladá hlavne v lyzozómoch počas progresie nádoru, čo vedie k imunitnému úniku nádoru.12 13 Špekulujeme, či CAG môže tiež regulovať expresiu MHC-I na bunkovej membráne prostredníctvom svojho cieľového proteínu CTSB . Najprv sme použili RNA interferenciu na zníženie expresie CTSB v bunkovej línii MC38 a výsledky ukázali, že hladiny génovej a proteínovej expresie H2-k1 sa zvýšili po umlčaní CTSB (obrázok 5A, B). Podobne po knockdown a nadmernej expresii CTSB v ľudskej bunkovej línii HCT-116 sa hladiny expresie mRNA alebo proteínu HLA-A zvýšili (obrázok 5C, D) a znížili (obrázok 5E, F). Súčasne sme zistili, že nádorové bunky s vysokou expresiou CTSB exprimovali nižšie hladiny HLA-A, zatiaľ čo bunky po knockdown CTSB zvýšili expresiu HLA-A (obrázok 5G). Tieto výsledky naznačujú, že CTSB má negatívny regulačný účinok na expresiu MHC-I. Potom sme ošetrili bunkovú líniu MC38 pomocou CAG a zistili sme, že CAG podporuje expresiu MHC-I a nemá žiadny vplyv na CTSB (obrázok 5H, I), čo bolo v súlade s predchádzajúcimi výsledkami štúdií na nádorových tkanivách. Okrem toho sme zistili, že po ošetrení CAG sa H2-Kd zhromaždil z bunky na jej membránu (obrázok 5J), čo ďalej potvrdilo našu domnienku, že CAG môže inhibovať degradáciu molekuly MHC-I a spôsobiť jej zhromažďovanie v bunková membrána, ktorú imunitné bunky ľahšie zachytia. Na ďalšie potvrdenie našej hypotézy sme použili experiment Co-IP, aby sme zistili, či sa CTSB viaže na MHC-I a vedie k jeho degradácii. Zistili sme, že CAG môže inhibovať väzbu CTSB a MHC v myších bunkách MC38 (obrázok 5K) a výrazne sa zvyšuje aj expresia MHC-I. Rovnaký jav sme pozorovali aj v ľudských bunkách HCT116 (obrázok 5L). Ďalej, aby sme ďalej potvrdili, či CAG podporuje expresiu MHC-I a agregáciu bunkovej membrány prostredníctvom CTSB, transfekovali sme mutantný plazmid CTSB do ľudských buniek HCT-116. Výsledky ukázali, že po transfekcii mutantných plazmidov Y75A, A77V a G198V bola funkcia CAG pri zvyšovaní expresie génov CD74 a HLA-A zničená (obrázok 5M) a molekuly MHC-I sa agregovali z bunkovej membrány do lyzozómov (obrázok 5N). Tento výsledok ukázal, že CAG inhiboval degradáciu MHC-I v lyzozómoch sprostredkovanú CTSB a podporoval reagregáciu MHC-I na bunkovú membránu.

Kombinácia protilátky CAG a PD-1 účinne zvyšuje schopnosť buniek CD8 plus T zabíjať nádory

Imunitný únik nádoru je spôsobený hlavne stratou funkcie prezentácie antigénu nádorových buniek a inhibíciou imunitných kontrolných bodov. Podľa našich výsledkov sme špekulovali, či sa CAG môže použiť v kombinácii s PD-1 protilátkou na zabíjanie nádorov, a to tak na riešenie nedostatkov v prezentácii nádorového antigénu, ako aj na vyriešenie deplécie CD8 plus T buniek spôsobených PD{ {2}}/ dráha PD-L1. Preto sme transplantovali rakovinové bunky MC38 myšiam C57BL/6 a vytvorili sme kombinovanú skupinu PD-1 protilátky a CAG. Výsledky ukázali, že kombinovaná skupina protilátok CAG a PD-1 vykazovala lepšie protinádorové účinky ako skupiny CAG a PD-1 (obrázok 6A–D). Okrem toho sme pozorovali významný nárast počtu infiltrovaných H2-Kd plus buniek, CD45 plus buniek a CD8 plus buniek v nádorových tkanivách (obrázok 6E–G) a expresiu génov súvisiacich s prezentáciou antigénu Vylepšené boli aj H2-K1, Psmb8 a B2m (obrázok 6H–J). Medzitým sa výrazne zvýšila aj expresia génov Ifng a Tnf (obrázok 6K, L) a imunohistochemické farbenie ukázalo, že expresia H2-Kd sa výrazne zvýšila (obrázok 6M).

Preto táto štúdia objasnila hlavne protinádorový mechanizmus CAG, hlavne inhibíciou degradácie MHC-I sprostredkovanej CTSB, podporou agregácie molekúl MHC-I na bunkovú membránu a potom zvýšením schopnosti rakovinových buniek prezentovať antigén. Navyše v kombinácii s PD-1 protilátkou môže veľmi účinne zabíjať rakovinové bunky (obrázok 6N).

CAG podporuje expresiu MHC-I v organoidoch kolorektálneho karcinómu a zvyšuje schopnosť zabíjať CD8 T bunky

Na ďalšie skúmanie, či je možné klinicky uplatniť farmakologický účinok CAG, sa použili organoidy ľudského kolorektálneho karcinómu. Zistili sme, že organoidy inkubované s CAG zvýšili expresiu MHC-I (obrázok 7A) a zvýšila sa aj expresia príbuzných génov prezentujúcich antigén ANXA1, B2M a HLA-A (obrázok 7B). V predchádzajúcich experimentoch sme zistili, že CAG zosilnil zabíjací účinok CD8 T buniek podporou expresie antigénovej prezentácie nádorových buniek a účinok bol lepší v kombinácii s PD -1 protilátkou. Na ďalšie overenie týchto výsledkov sme odobrali periférnu krv zdravých ľudí a izolovali bunky CD8 T a potom sme ich inkubovali s organoidmi stimulovanými CAG počas 24 hodín (obrázok 7C). Výsledky ukázali, že v porovnaní so skupinou s DMSO sa CD8 T bunky v nádorových organoidoch liečených CAG už neodsunuli, ale boli viac koncentrované na povrchu organoidov; v rovnakom čase bolo v skupinách CAG a PD-1 menej odsunutých CD8 T buniek (obrázok 7D). Zistili sme, že IFN-G vylučovaný aktivovanými CD8 T bunkami bol zodpovedajúcim spôsobom zvýšený (obrázok 7E–H).

Doteraz sme zistili, že CAG podporoval antigén prezentujúcu expresiu nádorov na zvýšenie protinádorového účinku CD8 T buniek a kombinácia CAG a PD-1 protilátky mala vynikajúci protinádorový účinok. Okrem toho sme analyzovali údaje o rakovine hrubého čreva v databáze Cancer Genome Atlas (TCGA) a zistili sme, že gény súvisiace s prezentáciou antigénu HLA-A, HLA-B, HLA-C, CD74 a B2M vykazovali nízke hladiny expresie v nádoroch a miera prežitia týchto génov s nízkou expresiou bola veľmi nízka (obrázok 7I, J, obrázok 7A–H).

Preto sme zistili, že up-regulovaná expresia HLA-A, CD74 a iných génov pomocou CAG bola prospešná pre pacientov s nádorom. Ďalej sme zistili, že pacienti s vysokou expresiou HLA-A, ako aj IFNG, mali vyššiu mieru prežitia (obrázok 7K); pacienti s vysokou expresiou HLA-A a nízkou expresiou PDCD1 mali tiež lepšiu mieru prežitia (obrázok 7L). Všetky tieto zistenia naznačujú, že CAG by bol kandidátom na liečivo na liečbu kolorektálneho karcinómu.

DISKUSIA

Imunitný únik je kritickým dôvodom zlyhania imunitného systému pri kontrole rastu nádoru, ale ako sa únikové varianty objavujú počas imunoterapie, zostáva málo pochopené.34 Štúdie ukázali, že strata funkcie prezentujúcej nádorový antigén, epigenetické zmeny, expresia antiapoptotických látok proteíny a imunosupresívne receptory úzko súvisia s imunitným únikom nádoru. 6 7 35–37 V posledných rokoch, hoci imunoterapia reprezentovaná protilátkou proti PD-1 zaznamenala veľké prelomy, fenomén liekovej rezistencie a nereagujúcej liečby kolorektálneho karcinómu viedol k veľkej nespokojnosti.{5}} Preto nájdenie chemikálií, ktoré môžu podporovať prezentáciu nádorového antigénu a synergizovať s PD-1 protilátkou, môže lepšie zabrániť imunitnému úniku nádoru.

Nedávne štúdie zistili, že aktívne molekuly z tradičnej čínskej medicíny zohrávajú účinnú úlohu pri liečbe chorôb, ako je celastrol pri liečbe metabolického syndrómu,32 andrografolid pri kolitíde a rakovine,40 baikalín pri znižovaní lipidov a trifolirhizín pri kontrole nádorov. 41 42 CAG je aktívna molekula v A. membranaceus a má funkcie pri kardiovaskulárnych ochoreniach, ochrane pečene, antibakteriálnej a liečbe aneuryzmy abdominálnej aorty.18 43–45 Existuje však len málo výskumov týkajúcich sa tejto v oblasti kolorektálneho karcinómu. Preto sme sa zamerali na skúmanie, či a ako CAG inhibuje rast myšieho karcinómu hrubého čreva

Vývoj technológií scRNA-seq a scATAC-seq výrazne pokročil vo výskume chorôb.46–48 Preto sme na analýzu špecifického protinádorového mechanizmu CAG použili jednobunkovú multi-omickú technológiu. Zistilo sa, že CAG podporoval antigén-prezentujúcu funkciu rakovinových buniek a funkcie CD8 plus T buniek, CD4 plus T buniek a NK buniek v lymfocytoch boli zosilnené v rôznej miere. Na druhej strane bunky Sppl plus TAM v myeloidných bunkách boli viac naklonené transformácii zápalovej reakcie a signál hypoxie bol po liečbe CAG významne inhibovaný. Tieto výsledky sú v súlade s výsledkami uvádzanými v predchádzajúcich štúdiách, inhibícia signálu hypoxie Spp1 plus TAM a zosilnenie zápalovej odpovede môže inhibovať rast nádorov.49 Preto sme špekulovali, že CAG podporuje antigén-prezentujúcu funkciu rakovinových buniek, takže zodpovedajúce CD8 plus T bunky a makrofágy dokážu účinne rozpoznať a zabiť rakovinové bunky. Náš predpoklad sme ďalej overili experimentmi in vitro. Analýza prietokovou cytometriou tiež ukázala, že CAG zvyšuje infiltráciu CD45 imunitných buniek, vrátane CD8 plus T buniek a NK buniek. Okrem toho schopnosť IFN- a GZMB vylučovaných CD8 plus T bunkami je tiež významne zvýšená pomocou CAG. Aby sme určili, či CD8 T bunky alebo makrofágy hrajú hlavnú úlohu v protinádorovom experimente CAG, testovali sme našu domnienku s transplantovanými nádormi u nahých myší. V dôsledku poruchy vývoja T buniek spôsobenej imunizáciou týmusu u nahých myší, pričom funkcia makrofágov stále existuje. Výsledky však ukázali, že CAG nedokázal účinne zabiť transplantované nádory u nahých myší. Tieto výsledky naznačujú, že CAG môže zvýšiť zabíjací účinok CD8 plus T buniek na nádory podporou prezentácie antigénu rakovinových buniek.

Ďalej sme skúmali, ako CAG podporuje prezentáciu antigénu rakovinových buniek pomocou technológie TRAP, aby sme našli cieľový proteín CAG na vysvetlenie tohto javu. CTSB je cysteínová hydroláza, ktorá môže interagovať s inými proteínmi a degradovať v lyzozómoch.50 Predpokladali sme, že by mohla interagovať s proteínmi súvisiacimi s prezentáciou antigénu a spôsobiť jej degradáciu. A bolo hlásené, že molekula MHC-I je degradovaná v lyzozómoch, čo vedie k strate funkcie prezentujúcej antigén nádorových buniek.13 Preto sme predpokladali, že CTSB by sa mohol viazať na molekulu MHC-I a spôsobiť jej degradáciu v lyzozómoch. Overili sme túto hypotézu, že CAG by mohol zabrániť degradácii MHC-I inhibíciou interakcie CTSB a MHC-I. Organoidy sú účinným modelom na štúdium progresie nádorových ochorení a majú veľký význam pri podpore liečby pacientov s klinickým nádorom skúmaním účinku liekov na rast nádorových organoidov a špecifického mechanizmu.51 52 Prostredníctvom našich experimentov zistili sme, že v kombinácii s protilátkami CAG a PD-1 majú dobrú schopnosť inhibovať rast nádoru, či už na modeloch s transplantovanými nádormi u myší alebo na ľudských organoidoch rakoviny hrubého čreva. Nedostatkom tejto štúdie je obmedzený počet vzoriek xenoimplantátov a organoidov pacientov. Hoci existujú podobné závery medzi myšacími modelmi a ľudskými organoidmi, je potrebný ďalší výskum.

Tu opisujeme špecifický mechanizmus, ktorým CAG inhibuje rast rakoviny hrubého čreva, hlavne inhibíciou degradácie MHC-I sprostredkovanej CTSB, aby sa zvýšila protinádorová imunita CD8 plus T buniek. Na jednej strane podporuje prezentáciu antigénov rakovinových buniek a na druhej strane zmierňuje stav vyčerpania CD8 plus T buniek. Experimentálne výsledky tiež potvrdili, že kombinácia CAG a PD-1 protilátky mala vynikajúci protinádorový účinok.

Na záver, podľa našich najlepších vedomostí tieto zistenia zdôrazňujú, že downregulácia CTSB poskytuje protinádorovú imunitu. Náš výskum tiež vysvetlil špecifický mechanizmus CAG pri inhibícii rastu kolorektálneho karcinómu. Stojí za zmienku, že CAG má veľký potenciál ako zdravotnícky produkt na európskom a americkom trhu. Výsledky nášho výskumu poskytujú potenciálneho kandidáta na protirakovinové liečivo.

Afiliácie autorov

1 Inovačné centrum Štátneho kľúčového laboratória farmaceutickej biotechnológie, chémie a biomedicíny (ChemBIC), Katedra biotechnológie a farmaceutických vied, School of Life Sciences, Univerzita Nanjing, Nanjing, Jiangsu, Čína

2 Bioinformatické oddelenie prediktívnej medicíny, Ústav biomedicínskej informatiky, Laboratórium transdukcie bunkového signálu, Škola základných lekárskych vied, Univerzita Henan, Kaifeng, Henan, Čínska ľudová republika

3 Jiangsu Kolaboratívne inovačné centrum tradičnej čínskej medicíny v prevencii a liečbe nádorov, Prvá klinická vysoká škola, Univerzita čínskej medicíny Nanjing, Nanjing, Jiangsu, Čína

4 Oddelenie všeobecnej chirurgie, Shanghai Jiao Tong University Affiliated Sixth People's Hospital, Šanghaj, Čínska ľudová republika

5 Kľúčové laboratórium pre metabolizmus a farmakokinetiku liečiv provincie Jiangsu, Štátne kľúčové laboratórium prírodných liečiv, Čínska farmaceutická univerzita, Nanjing, Jiangsu, Čína

6 Genergy Bio-technology (Shanghai) Co. Ltd, Shanghai, Čína

7 Jiangsu Key Laboratory of New Drug Research and Clinical Pharmacy, Xuzhou Medical University, Xuzhou, Jiangsu, Čína

PrispievateliaYS, HC a DS navrhli tento projekt a navrhli štúdiu. GD, BW a XS vykonali experimenty a analyzovali údaje. LZ a HC analyzovali dáta scRNA-seq a scATAC-seq. DS a HC poskytovali metodickú podporu a koncepčné poradenstvo. YS a GD napísali rukopis. YS ako garant nesie plnú zodpovednosť za prácu a/alebo vedenie štúdie a má právo na prístup k údajom a na kontrolu rozhodnutia o uvoľnení.

FinancovanieTáto práca bola podporená Národným projektom kľúčového výskumu a vývoja (2017YFC1700602), Národnou nadáciou prírodných vied Číny (č. 81930117, 81872877, 82074318), Prioritným akademickým programom rozvoja inštitúcií vyššieho vzdelávania Jiangsu a Projektom horolezeckých talentov Univerzity Najang (N/A), Projekt Prírodovednej nadácie v Šanghaji, Akčný plán pre vedecké a technologické inovácie (č. 22ZR1447400).

Konkurenčné záujmyŽiadna deklarovaná.

Súhlas pacienta so zverejnenímNepoužiteľné.

Etické schválenieŠtúdia týkajúca sa organoidov rakoviny hrubého čreva u ľudí bola schválená Výskumným a etickým výborom pridruženej nemocnice Univerzity čínskej medicíny Nanjing a bola v súlade so všetkými príslušnými etickými nariadeniami (2020-NL-094- 02). Účastníci dali informovaný súhlas s účasťou na štúdii pred účasťou

Proveniencia a vzájomné hodnotenieNie je uvedené do prevádzky; externe recenzované.

Vyhlásenie o dostupnosti údajovVšetky údaje relevantné pre štúdiu sú zahrnuté v článku alebo nahrané ako online doplnkové informácie.

Doplnkový materiálTento obsah dodal autor(i). Nebolo preverené spoločnosťou BMJ Publishing Group Limited (BMJ) a možno nebolo ani recenzované. Akékoľvek diskutované názory alebo odporúčania sú výlučne názormi autora (autorov) a BMJ ich neschvaľuje. BMJ sa zrieka akejkoľvek zodpovednosti a zodpovednosti vyplývajúcej z akéhokoľvek spoliehania sa na obsah. Ak obsah zahŕňa akýkoľvek preložený materiál, BMJ nezaručuje presnosť a spoľahlivosť prekladov (vrátane, ale nie výlučne, miestnych predpisov, klinických smerníc, terminológie, názvov liekov a dávkovania liekov) a nezodpovedá za žiadne chyby a/ alebo opomenutia vyplývajúce z prekladu a úpravy alebo inak.

Otvorený prístupToto je článok s otvoreným prístupom distribuovaný licenciou Creative Commons Attribution Non-Commercial (CC BY-NC 4.0), ktorá umožňuje ostatným distribuovať, remixovať, upravovať a stavať na tomto diele nekomerčne a licencovať ich odvodené diela za odlišných podmienok za predpokladu, že pôvodné dielo je riadne citované, je uvedený primeraný kredit, sú uvedené všetky vykonané zmeny a použitie je nekomerčné.

LITERATÚRA

1 Siegel RL, Miller KD, Fuchs HE, a kol. Štatistika rakoviny, 2022. CA A Cancer J Clinicians 2022;72:7–33.

2 Kuipers EJ, Grady WM, Lieberman D, a kol. Kolorektálny karcinóm. Nat Rev Dis Primers 2015;1:15065.

3 Biller LH, Schrag D. Diagnostika a liečba metastatického kolorektálneho karcinómu. JAMA 2021;325:669–85.

4 Oliveira AF, Bretes L, Furtado I. Prehľad inhibítorov PD-1/PD-L1 pri metastatickom dMMR/MSI-H kolorektálnom karcinóme. Predný Oncol 2019;9:396.

5 Das M, Zhu C, Kuchroo VK. Tim-3 a jeho úloha pri regulácii protinádorovej imunity. Immunol Rev 2017;276:97–111.

6 Jiang X, Wang J, Deng X, a kol. Úloha mikroprostredia nádoru v imunitnom úniku nádoru sprostredkovanom PD-L1/PD-1-. Mol Cancer 2019;18:10.

7 Dhatchinamoorthy K, Colbert JD, Rock KL. Imunitný únik rakoviny prostredníctvom straty prezentácie antigénu MHC triedy I. Front Immunol 2021;12:636568.

8 Zhu Y, Qian Y, Li Z a kol. Neoantigén-reaktívne T bunky: objavujúca sa úloha v adoptívnej bunkovej imunoterapii. MedComm 2021;2:207–20.

9 Vries JE, Yssel H, Spits H. Súhra medzi komplexom TCR/CD3 a CD4 alebo CD8 pri aktivácii cytotoxických T lymfocytov. Immunol Rev 1989;109:119-42.

10 Huang J, Meyer C, Zhu C. Rozpoznanie antigénu T buniek na bunkovej membráne. Mol Immunol 2012;52:155–64.

11 Allison JP. Interakcie CD28-B7 pri aktivácii T-buniek. Curr Opin Immunol 1994;6:414–9.

12 Liu X, Bao X, Hu M, a kol. Inhibícia PCSK9 zosilňuje terapiu imunitného kontrolného bodu rakoviny. Príroda 2020;588:693–8.

13 Yamamoto K, Venida A, Yano J, a kol. Autofágia podporuje imunitný únik rakoviny pankreasu degradáciou MHC-I. Príroda 2020;581:100–5.

14 Chen X, Zhao Y, Luo W a kol. Celastrol indukuje apoptózu sprostredkovanú ROS priamym zacielením na peroxiredoxín-2 v bunkách rakoviny žalúdka. Teranostika 2020;10:10290–308.

15 Kong N, Chen X, Feng J a kol. Baikalín indukuje feroptózu v bunkách rakoviny močového mechúra znížením FTH1. Acta Pharm Sin B 2021;11:4045–54.

16 Deng G, Chen W, Wang P a kol. Inhibícia pyroptózy sprostredkovanej zápalom NLRP3 v makrofágoch pomocou cykloastragenolu prispieva k zlepšeniu zápalu kože podobného psoriáze vyvolaného imikvimodom u myší. Int Immunopharmacol 2019;74:105682.

17 Li M, Li S-chun, Dou B-kai a kol. Cykloastragenol upreguluje expresiu SIRT1, zoslabuje apoptózu a potláča neurozápal po ischémii mozgu. Acta Pharmacol Sin 2020;41:1025–32.

18 Chen C, Ni Y, Jiang B, a kol. Anti-aging deriváty cykloastragenolu vyrobené biotransformáciou. Nat Prod Res 2021;35:2685–90.

19 Fauce SR, Jamieson BD, Chin AC a kol. Farmakologické zvýšenie antivírusovej funkcie ľudských CD8 plus T lymfocytov na báze telomerázy. J Immunol 2008;181:7400–6.

20 Wang B, Wang Y, Sun X a kol. CXCR6 je potrebný na protinádorovú účinnosť intratumorálnych CD8 plus T buniek. J Immunother Cancer 2021;9:e003100.

21 Butler A, Hoffman P, Smibert P a kol. Integrácia jednobunkových transkriptomických údajov naprieč rôznymi podmienkami, technológiami a druhmi. Nat Biotechnol 2018;36:411–20.

22 Yu G, Wang LG, Han Y a kol. clusterProfiler: balík R na porovnávanie biologických tém medzi génovými klastrami. OMICS: Journal of Integrative Biology 2012;16:284–7.

23 Stuart T, Butler A, Hoffman P a kol. Komplexná integrácia jednobunkových dát. Cell 2019;177:1888–902.

24 Granja JM, Corces MR, Pierce SE, et al. ArchR je škálovateľný softvérový balík pre integratívnu analýzu dostupnosti chromatínu v jednej bunke. Nat Genet 2021;53:403–11.

25 Korsunsky I, Millard N, Fan J, et al. Rýchla, citlivá a presná integrácia údajov jednej bunky s harmóniou. Nat Methods 2019;16:1289–96.

26 Trapnell C, Cacchiarelli D, Grimsby J, et al. Dynamiku a regulátory rozhodovania o osude buniek odhaľuje pseudočasové usporiadanie jednotlivých buniek. Nat Biotechnol 2014;32:381–6.

27 Qiu X, Hill A, Packer J, a kol. Kvantifikácia jednobunkovej mRNA a diferenciálna analýza so sčítaním. Nat Methods 2017;14:309–15.

28 Qiu X, Mao Q, Tang Y a kol. Obrátené vkladanie grafu rieši zložité trajektórie jednotlivých buniek. Nat Methods 2017;14:979–82.

29 Patel AP, Tirosh I, Trombetta JJ a kol. Jednobunková RNA-seq zdôrazňuje intratumorálnu heterogenitu v primárnom glioblastóme. Science 2014;344:1396–401.

30 Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK a kol. Analýza obohatenia génovej sady: znalostný prístup na interpretáciu profilov expresie celého genómu. Proc Natl Acad Sci USA 2005;102:15545–50.

31 Tian Y, Wan N, Ding M. Chemoproteomika mapuje glykolytický cieľ niektorých v rakovinových bunkách. bioRxiv 2020.

32 Zhu Y, Wan N, Shan X, a kol. Celastrol sa zameriava na proteín 1 spojený s adenylylcyklázou na zníženie zápalu sprostredkovaného makrofágmi a zmiernenie metabolického syndrómu vyvolaného stravou s vysokým obsahom tukov u myší. Acta Pharm Sin B 2021;11:1200–12.

33 Driehuis E, Kretzschmar K, Clevers H. Vytvorenie rakovinových organoidov odvodených od pacienta pre aplikácie na skríning liekov. Nat Protoc 2020;15:3380–409.

34 Lin KY, Lu D, Hung CF, a kol. Ektopická expresia adhéznej molekuly vaskulárnych buniek-1 ako nový mechanizmus imunitného úniku nádoru. Cancer Res 2007;67:1832–41.

35 Kriegsman BA, Vangala P, Chen BJ a kol. Častá strata IRF2 pri rakovinách vedie k imunitnému úniku prostredníctvom zníženej prezentácie antigénu MHC triedy I a zvýšenej expresie PD-L1. Ji 2019;203:1999–2010.

36 Gomez S, Tabernacki T, Kobyra J, a kol. Kombinácia epigenetickej a imunitnej terapie na prekonanie rezistencie voči rakovine. Semin Cancer Biol 2020;65:99–113.

37 Mandal R, Barrón JC, Kostova I. Caspase-8: dvojsečný meč. Biochim Biophys Acta Rev Cancer 1873;2020:188357.

38 Qin S, Xu L, Yi M a kol. Nové ciele kontrolných bodov imunity: posun za hranice PD-1 a CTLA-4. Mol Cancer 2019;18:155.

39 Lizardo DY, Kuang C, Hao S, a kol. Účinnosť imunoterapie na rakovinu hrubého čreva a konečníka s nedostatočnou opravou nesúladu: od lavičky po posteľ. Biochim Biophys Acta Rev Cancer 2020;1874:188447.

40 Guo W, Sun Y, Liu W, a kol. Inhibícia zápalu NLRP3 sprostredkovaná mitofágmi riadená malými molekulami je zodpovedná za prevenciu rakoviny spojenej s kolitídou. Autofágia 2014;10:972–85.

41 Dai J, Liang K, Zhao S, a kol. Chemoproteomika odhaľuje, že baikalín aktivuje pečeňový CPT1 na zmiernenie obezity vyvolanej stravou a steatózy pečene. Proc Natl Acad Sci USA 2018;115:E5896–905.

42 Sun D, ​​Tao W, Zhang F, a kol. Trifolirhizín indukuje apoptózu závislú od autofágie pri rakovine hrubého čreva prostredníctvom signalizácie AMPK / mTOR. Sig Transduct Target Ther 2020;5:174.

43 Gu M, Zhang S, Zhao Y, a kol. Cykloastragenol zlepšuje steatózu pečene aktiváciou signalizácie farnesoidného X receptora. Farmakologický výskum 2017;121:22–32.

44 Wang J, Wu ML, Cao SP a kol. Cykloastragenol zlepšuje experimentálne poškodenie srdca u potkanov podporou autofágie myokardu prostredníctvom inhibície signalizácie AKT1-RPS6KB1. Biomed Pharmacother 2018;107:1074–81.

45 Wang Y, Chen C, Wang Q a kol. Inhibičné účinky cykloastragenolu na aneuryzmu brušnej aorty a jej súvisiace mechanizmy. Br J Pharmacol 2019;176:282–96.

46 Lee JJ, Bernard V, Semaan A, a kol. Objasnenie heterogenity tumor-strom a interaktómu ligand-receptor jednobunkovou transkriptomikou v biopsiách rakoviny pankreasu v reálnom svete. Clin Cancer Res 2021;27:5912–21.

47 Zhang L, Li Z, Skrzypczynska KM, et al. Jednobunkové analýzy informujú o mechanizmoch myeloidných cielených terapií pri rakovine hrubého čreva. Cell 2020;181:442–59.

48 Gao J, Wu Z, Zhao M, a kol. Alosterická inhibícia odhaľuje imunosupresiu nádoru sprostredkovanú SHP{1}} pri rakovine hrubého čreva pomocou jednobunkovej transkriptomiky. Acta Pharm Sin B 2022;12:149–66.

49 Wei J, Chen Z, Hu M, a kol. Charakterizácia medzibunkovej komunikácie pan-rakoviny odhaľuje SPP1 plus makrofág spojený s nádorom expandovaný v hypoxii a podporujúci malignitu rakoviny prostredníctvom jednobunkových údajov RNA-Seq. Front Cell Dev Biol 2021;9:749210.

50 Chen X, Yu C, Kang R, a kol. Bunkové degradačné systémy vo feroptóze. Cell Death Differ 2021;28:1135–48.

51 Puschhof J, Pleguezuelos-Manzano C, Martinez-Silgado A, et al. Črevné organoidné kokultúry s mikróbmi. Nat Protoc 2021;16:4633–49.

52 Lee SH, Hu W, Matulay JT, a kol. Vývoj nádoru a odpoveď na liek v organoidných modeloch rakoviny močového mechúra odvodených od pacienta. Cela 2018;173:515–28.

【Ďalšie informácie:george.deng@wecistanche.com / WhatApp:{0}}】