Štúdia celogenómovej asociácie identifikuje nové lokusy pre diabetom 2. typu pripisovaného konečnému štádiu ochorenia obličiek u Afroameričanov
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik Rich16, Stephen S.14 , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* a Konzorcium FIND
Abstraktné
Pozadie: Koncová fázaobličkychoroba(ESKD) je významným problémom verejného zdravia, ktorý neúmerne ovplyvňuje Afroameričanov (AA). Diabetes typu 2 (T2D) je hlavnou príčinou ESKD v USA a snahy o odhalenie genetickej náchylnosti na diabetickú obličkovú chorobu (DKD) mali obmedzený úspech. Predchádzajúca celogenómová asociačná štúdia (GWAS) v AA s T2D-ESKD bola rozšírená o ďalšie prípady AA a kontroly a genotypy pripísané referenčnému panelu 1000 genómov s vyššou hustotou. Analýza objavu zahŕňala 3432 prípadov T2D-ESKD a 6977 nediabetických kontrol bez nefropatie (N = 10,409), po ktorej nasledovala diskriminačná analýza v 2756 kontrolách T2D bez nefropatie, aby sa vylúčili varianty spojené s T2D.
Výsledky:Šesť nezávislých variantov umiestnených v alebo blízkoRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, aAPOL1dosiahla významnú asociáciu v celom genóme (P <5×>−8) s T2D-ESKD. Nasledujúce analýzy rozšírenia v roku 1910nediabetikPrípady ESKD a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie, metaanalýza 5 342 prípadov ESKD všetkých príčin AA a 6 977 kontrol AA nediabetických nefropatií odhalila ďalší nový lokus ESKD so všetkými príčinami vEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ALEBO=1.94). Vylúčenie zAPOL1nositelia genotypu s renálnym rizikom identifikovali dva ďalšie významné lokusy spojené s T2D-ESKD v celom genómeGRAMD3aMGAT4C. Druhý variant priGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ALEBO=1.46) zostala spojená s ESKD zo všetkých príčin vAPOL1- negatívna analýza.
Závery:Zistenia poskytujú ďalší dôkaz genetických faktorov spojených s pokročilým ochorením obličiek u AA s T2D.
Kľúčové slová:Afroameričania, celogenómová asociačná štúdia, diabetes typu 2, diabetická choroba obličiek,Konečné štádium ochorenia obličiek
Pre viac informácií kontaktujte:emily.li@wecistanche.com
Úvod
Stále viac dôkazov naznačuje, že genetické faktory zohrávajú hlavnú úlohu pri náchylnosti ku konečnému štádiuobličkychoroba(ESKD). Toto je obzvlášť dôležité u Afroameričanov (AA), kde je výskyt ESKD viac ako trojnásobne vyšší ako u Európanov (EA) [1]. Úmrtnosť u pacientov s ESKD, dialyzovaných a transplantovaných pacientov je 136, 166 a 30 na 1 000 pacientorokov a predstavuje 7,2 percenta nákladov na nároky uhradené Medicare [1]. Diabetes, z ktorých 95 percent pacientov má diabetes typu 2 (T2D), zostáva hlavnou hlásenou príčinou ESKD v USA, čo predstavuje > 44 percent prípadov [1]. Zlepšenie kontroly glykémie, lipidov a krvného tlaku výrazne neznížilo prevalenciu diabetikovobličkychoroba(DKD) [1, 2]. Navyše rodinná agregácia DKD je nezávislá od socioekonomického stavu a stanovených environmentálnych rizikových faktorov [3, 4]. Aj keď alely G1 a G2 v géne pre apolipoproteín L1 (APOL1) prispievajú k 50–70 percentám nediabetickej ESKD v AA, nevysvetľujú úplne nadmerné riziko ESKD pripisovanej T2D (T2D-ESKD) v tejto populácii [ 5–7].
Štúdie celogenómovej asociácie (GWAS) identifikovali > 70 celogenómových významných variantov spojených s chronickýmiobličkychoroba(CKD), albuminúria alebo funkcia obličiek v populáciách európskych predkov [8–11]. Len málo lokusov však bolo spojených s DKD v rôznych populáciách a nereplikujú sa konzistentne, čiastočne kvôli obmedzenej veľkosti vzorky [12–18]. Etiológia obličkových komplikácií u pacientov s T2D je pravdepodobne heterogénnejšia ako u pacientov s diabetom 1. typu [16]. Na zlepšenie štatistickej sily je preto potrebné starostlivé fenotypovanie a väčšie veľkosti vzoriek. Aby sme preskúmali genetickú architektúru pokročilého ochorenia obličiek v T2D, rozšírili sme naše predchádzajúce snahy GWAS (2 890 pacientov s ESKD a 1 719 nediabetických kontrol bez nefropatie) na väčšiu vzorku AA s ťažkýmobličkychoroba. Asociačné analýzy boli vykonané v šiestich nezávislých AA kohortách (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Aterosklerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-etnická štúdia aterosklerózy, MESA; Jackson Heart Study, JHS; a rozvoj rizika koronárnych artérií u mladých dospelých, CARDIA) pre T2D-ESKD alebo nediabetickú ESKD prostredníctvom návrhu viacstupňovej štúdie (obr. 1). To zahŕňalo 15 075 AA klasifikovaných do štyroch fenotypových skupín: prípady T2D-ESKD (N=3432), nediabetické kontroly bez nefropatie (N=6977), kontroly s nefropatiou bez T2D (N {{16} }) a nediabetické prípady ESKD (N=1910).
V štádiu objavu sa GWAS uskutočnil v 3432 prípadoch T2D-ESKD a 6977 nediabetických kontrolách bez nefropatie, po ktorej nasledovala diskriminačná analýza na vylúčenie lokusov spojených s T2D v 2756 kontrolách bez nefropatie T2D. Analýzy rozšírenia sa uskutočnili v 1910 AA s nediabetickou ESKD a 908 nefropatiou kontrol, aby sa vyhodnotil prínos lokusov spojených s T2D-ESKD k nediabetickýmobličkychoroba. Metaanalýza diabetických a nediabetických prípadov ESKD hodnotila genetické asociácie v ESKD zo všetkých príčin. APOL1-asociované formy nediabetikovobličkychorobaa T2D sa u pacientov často vyskytujú súčasne. Mnoho diabetických pacientov ako takéobličkychorobamôžu byť nesprávne klasifikované ako s DKD, pretože diagnostickéobličkybiopsie sa zvyčajne nevykonávajú. V tomto dokumente sa uskutočnila druhá analýza GWAS s vylúčením jedincov s genotypmi s renálnym rizikom APOL1, aby sa minimalizovala nesprávna klasifikácia T2D-ESKD.
Výsledky
Prehľad štúdia
Táto štúdia má > 80 percentnú silu na zistenie bežných variantov (MAF väčší alebo rovný 0,10) so stredným účinkom (ALEBO väčší alebo rovný 1,3) na hladine významnosti 5 × 10-8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ mačky/). Celkovo sedem významných lokusov v celom genóme (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Klinické charakteristiky účastníkov štúdie
Tabuľky 1 a 2 obsahujú podrobné charakteristiky účastníkov štúdie. Prípady ESKD boli získané zo štúdií WFSM (Affy6.0, Axiom a MEGA), FIND a ARIC. Jedinci s nefropatiou bez T2D-ESKD alebo T2D boli starší (alebo podobného veku) v porovnaní s nediabetickou nenefropatiou pri nábore. Priemerný vek pri diagnostikovaní T2D v prípadoch T2D-ESKD a kontrolách nefropatie bez T2D bol však pri nábore mladší ako nediabetické kontroly bez nefropatie. Všetky T2D kontroly bez nefropatie a nediabetické kontroly bez nefropatie mali normálny eGFR väčší alebo rovný 60 ml/min/1,73 m2. Okrem toho, nediabetické kontroly bez nefropatie mali hladiny glukózy nalačno < 126="" mg/dl.="" kontroly="" s="" nefropatiou="" bez="" t2d="" boli="" obéznejšie="" ako="" prípady="" t2d-eskd="" alebo="" nediabetické="" prípady="" eskd="" a="" nediabetické="" kontroly="" bez="" nefropatie,="" s="" výnimkou="" prípadov="" t2d-eskd="" v="" aric,="" boli="" obéznejšie="" ako="" ostatné="">
Analýza asociácie T2D-ESKD štádia 1 a štádia 2
V štádiu 1 objavu sa GWAS uskutočnil oddelene v troch súboroch údajov: (1) 1513 prípadov T2D-ESKD a 5299 nediabetických kontrol bez nefropatie genotypovaných na Affy6.0, prispeli WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA a CARDIA (štádium 1a); (2) 1700 prípadov T2D-ESKD a 770 nediabetických kontrol bez nefropatie z WFSM genotypizovaných pomocou genotypizačného poľa Axiom Biobank (štádium 1b); a (3) 219 prípadov T2D-ESKD a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie z WFSM genotypizovaného na MEGA (štádium 1c). Uskutočnila sa metaanalýza (štádium 2), aby sa spojili výsledky asociácie pre 3432 prípadov T2D-ESKD a 6977 nediabetických kontrol bez nefropatie zo štádií 1a, 1b a 1c. Inflačný faktor λ 1,013 bol pozorovaný po korekcii na genómovú kontrolu (doplnkový súbor 1: Obrázok S1), čo naznačuje, že štruktúra populácie a kryptická príbuznosť boli dostatočne upravené. Spomedzi variantov preukazujúcich sugestívne asociácie (P < 1="" ×="" 10-5)="" bolo="" vylúčených="" 59="" variantov="" s="" i2="" väčším="" alebo="" rovným="" 80="" percent="" z="" dôvodu="" vysokej="" heterogenity="" veľkostí="" účinku="" v="" rámci="" štúdií.="" celkovo="" 478="" zostávajúcich="" variantov="" bolo="" hodnotených="" v="" diskriminačnej="" analýze="" (81="" z="" nich="" dosiahlo="" celogenómový="" význam;="" doplnkový="" súbor="" 1:="" tabuľka="">
3. fáza diskriminačnej analýzy
Aby sa určilo, či asociácie T2D-ESKD identifikované v metaanalýze štádia 1 boli poháňané asociáciou s T2D per se, vykonala sa diskriminačná analýza pre T2D, ktorá kontrastovala 2756 AA s nefropatiou bez T2D so 6977 nediabetickými kontrolami bez nefropatie. zo štádia 1 (Affy6.{14}}, Axiom, MEGA; Doplnkový súbor 1: Tabuľka S3). Následne sme vylúčili 174 zo 478 variantov spojených s T2D-ESK D nominálne spojených s T2D v neprítomnosti nefropatie. Spomedzi zostávajúcich asociácií T2D-ESKD dosiahli špičkové varianty reprezentujúce 6 nezávislých asociácií celogenómový význam (tabuľka 3, obr. 2a). Najsilnejšia asociácia bola pozorovaná pre rs9622363 nachádzajúci sa na APOL1 (P=1,42 × 10-10, OR=0,77, EAF=0,45). Tento variant bol v strednej väzbovej nerovnováhe (r2=0.33 a 0,34, v uvedenom poradí v YRI) s alelami APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319) spojenými s nediabetickou ESKD [6]. Druhá najsilnejšia asociácia bola na rs58627064, intergénny variant nachádzajúci sa blízko SLITRK3, (P=6,81 × 10−10, OR=1,62, EAF=0,06). Dva nezávislé signály, rs142563193 (P=1,24 × 10−8, OR=0,74, EAF=0,23) a rs142671759 (P=5,53 × 10 −9 , OR=2.26, EAF=0.02) na chromozóme 17 umiestnenom blízko ENPP7 boli tiež významné pre celý genóm. Okrem toho dve asociácie s T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8, OR=1.67, EAF=0.05) nachádzajúce sa v GNG7 a rs72858591 (P Identifikovali sa=4.54 × 10−8, OR=1.43, EAF=0.10) nachádzajúce sa v RND3/RBM43 (obr. 1a).
Analýza nediabetickej ESKD v štádiu 4 a metaanalýza ESKD všetkých príčin v štádiu 5
Po štádiu diskriminácie bolo testovaných 304 variantov vykazujúcich sugestívnu asociáciu s T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10-5="" )="" v="" 1910="" nezávislých="" nediabetických="" prípadoch="" eskd="" a="" 908="" kontrolách="" zo="" štádia="" 1c.="" cieľom="" analýzy="" štádia="" 4="" bolo="" zhodnotiť="" príspevok="" lokusov="" spojených="" s="" t2d-eskd="" k="">obličkychoroba. Po vylúčení variantov s heterogenitou I2 väčšou alebo rovnou 80 percentám bolo 25 variantov nominálne asociovaných s nediabetickou ESKD (P < 0,05).="" silné="" asociácie="" (1,27="" ×="" 10-29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10-15)="" boli="" pozorované="" v="" regióne="" apol1-myh9,="" čo="" potvrdzuje="" ich="" úlohu="" u="">obličky choroba. Uskutočnila sa metaanalýza ESKD zo všetkých príčin, vrátane 5 342 všetkých príčin ESKD a 6 977 nediabetických kontrol bez nefropatie, aby sa vyhodnotila zovšeobecniteľnosť 25 variantov spojených s T2D-ESKD so širšími formami ESKD (stupeň 5). Zistilo sa, že 35 celogenómových významných variantov na dvoch lokusoch je spojených s ESKD zo všetkých príčin, vrátane 15 variantov v rámci alebo blízko EFNB2 a 20 variantov v APOL1 (obr. 1b). Najvyššia asociácia v APOL1 bola rs9622363 (P=1,96 × 10−25, OR=0,68, EAF=0,43) a najvyšší signál v blízkosti EFNB2 bol rs77113398 (P=9,84 × 10−9, ALEBO=1,94, EAF=0,023) (tabuľka 4, obr. 2b). Štyri ďalšie nezávislé lokusy preukázali sugestívnu asociáciu (P < 5="" ×="" 10-6)="" s="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin="" pri="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" a="" sybu/kcnv1="" (tabuľka="" 4,="" obr.="">
Asociačná analýza s vylúčením nosičov genotypu s renálnym rizikom APOL1
Uskutočnila sa sekundárna analýza s vylúčením nosičov genotypu s renálnym rizikom APOL1 v prípadoch T2D-ESKD a nediabetických kontrol bez nefropatie (APOL1-negatívny model), aby sa obohatili o ESKD spojenú s T2D. Základný model ukázal silnú asociáciu APOL1 a MYH9 s T2D-ESKD (tabuľka 3, obr. 1a), čo naznačuje, že niektoré prípady mohli byť nesprávne klasifikované a pravdepodobnejšie mali nediabetickú ESKD. Celkovo 664 prípadov T2D-ESKD a 918 nediabetických kontrol bez nefropatie bolo vylúčených z analýzy štádia 1, pričom 2768 prípadov T2D-ESKD a 6059 kontrol zostalo v negatívnom modeli APOL{28}}. Nominálne asociácie s T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10-5="" )="" boli="" pozorované="" pri="" 522="" variantoch="" (66="" z="" nich="" dosiahlo="" celogenómovú="" významnosť;="" doplnkový="" súbor="" 1:="" tabuľka="" s2)="" a="" tieto="" boli="" vybrané="" pre="" 3.="" štádium="" diskriminačnej="" analýzy.="" dvestodvadsaťtri="" variantov,="" ktoré="" mali="" dôkaz="" asociácie="" s="" t2d="" per="" se="" (doplnkový="" súbor="" 1:="" tabuľka="" s4)="" a="" 24="" variantov="" vykazujúcich="" silnú="" heterogenitu="" (i2="" väčší="" alebo="" rovný="" 80)="" v="" metaanalýze="" bolo="" odstránených.="" spomedzi="" celogenómových="" významných="" variantov="" identifikovaných="" v="" základnom="" modeli="" rs142671759="" v="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" vykazoval="" konzistentné="" spojenie="" s="" t2d-eskd="" v="" negatívnom="" modeli="" apol{61}}.="" dva="" ďalšie="" varianty="" dosiahli="" význam="" pre="" celý="" genóm,="" rs75029938="" v="" gramd3="" (p="2,02" ×="" 10–9,="" or="1,89," eaf="0,042)" a="" rs17577888="" v="" oblasti="" mgat4c="" (p="3,87" ×="" 10-8,="" alebo="0,67," eaf="0,087)" (tabuľka="" 5,="" obr.="">
Ďalej sme testovali 275 sugestívnych asociácií T2D-ESKD, ktoré prešli diskrimináciou a mali I2 < 80="" v="" 1019="" ďalších="" aa="" nediabetických="" prípadoch="" eskd,="" ktoré="" vylúčili="" nosičov="" genotypu="" s="" renálnym="" rizikom="" apol1.="" pätnásť="" variantov="" vykazovalo="" nominálny="" dôkaz="" asociácie="" s="" nediabetickou="" eskd.="" tieto="" boli="" následne="" testované="" v="" metaanalýze="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin="" vrátane="" 3="" 787="" prípadov="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin="" a="" 6="" 059="" nediabetických="" kontrol="" bez="" nefropatie,="" z="" ktorých="" boli="" vylúčení="" nositelia="" genotypu="" s="" renálnym="" rizikom="" apol1.="" 2-vymazanie="" páru="" báz="" v="" gng7,="" rs373971520="" (p="2,17" ×="" 10−8,="" or="1,46," eaf="0,11)," dosiahnuté="" v="" celom="" genóme="" signifikantná="" súvislosť="" s="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin="" (obr.="" 3b).="" sedem="" ďalších="" lokusov="" vykazovalo="" nominálnu="" asociáciu="" s="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin="" (p="">< 5="" ×="" 10-6),="" vrátane="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" a="" sulf52/linc01="" (tabuľka="" 6).="" najvyššie="" asociácie="" zo="" základného="" modelu="" mali="" miernu="" nevýznamnosť="" zoslabenia,="" napriek="" podobným="" veľkostiam="" účinku,="" čiastočne="" v="" dôsledku="" zníženej="" veľkosti="" vzorky="" (doplnkový="" súbor="" 1:="" tabuľka="" s5).="" okrem="" toho="" sa="" vykonalo="" tretie="" gwas="" s="" apol1="" zahrnutým="" ako="" kovariát="" v="" modeli="" (apo="" l1-upravený="" model)="" a="" porovnaním="" hodnôt="" −log="" (p)="" so="" základnými="" a="" apol1-negatívnymi="" modelmi.="" vysoká="" korelácia="" (koeficient="" osobnej="" korelácie="" r="0,95)" bola="" pozorovaná="" medzi="" apol1-upravenými="" a="" apol{58}}="" negatívnymi="" modelmi.="" výsledky="" všetkých="" troch="" porovnaní="" sú="" zahrnuté="" v="" doplnkovej="" dokumentácii="" (doplnkový="" súbor="" 1:="" obrázok="">
Diskusia
Uvádzame výsledky GWAS s vysokou hustotou, ktoré skúmajú genetickú náchylnosť na T2D-ESKD v 15 075 AA. Najlepšie varianty spojené s T2D-ESKD boli následne hodnotené z hľadiska asociácie s nediabetickou ESKD a bola vykonaná metaanalýza na testovanie ich zovšeobecniteľnosti na bežné formy ESKD. Osem nezávislých asociácií v siedmich genetických lokusoch vykazovalo významnú asociáciu v celom genóme s T2D-ESKD v základných alebo APOL{12} negatívnych modeloch vrátane RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 a MGAT4C. Okrem APOL1 boli dva významné lokusy v celom genóme spojené s ESKD, EFNB2 a GNG7 zo všetkých príčin. Ďalej 10 genetických lokusov preukázalo nominálnu asociáciu s ESKD zo všetkých príčin (P < 5="" ×="" 10-6),="" vrátane="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" a="" sulf2/lin="">
Najvýznamnejšia súvislosť medzi T2D-ESKD (ALEBO=0,77, P=1,42 × 10−10) a ESKD zo všetkých príčin (ALEBO=0,69, P {{11 }}.96 × 10−25) v základnom modeli bol intronický variant rs9622363 v oblasti APOL1 spojený s nediabetickýmiobličky chorobau jedincov s africkými predkami. Kondicionovanie na alelách APOL1 G1 a G2 dramaticky znižuje ich význam [6]. Uvádza sa, že rs9622363 mení väzbové motívy transkripčného faktora (TF) (doplnkový súbor 1: tabuľka S6). V nedávnej štúdii alely rs9622363 a APOL1 G1 vytvorili haplotyp, ktorý dosiahol najsilnejšiu asociáciu s CKD u Nigérijčanov [19]. Na rozdiel od G1 alebo G2 je hlavná alela v rs9622363 (G, EAF=0.57) spojená s rizikom CKD. Po vylúčení nosičov genotypu s renálnym rizikom APOL1 bola asociácia s rs9622363 oslabená. To potvrdilo, že rs9622363 a alely APOL1 G1 a G2 prispievajú k rovnakému signálu. Identifikácia rs9622363 v základnom modeli môže naznačovať nesprávnu klasifikáciu niektorých prípadov ako T2D-ESKD.
Intergénny variant (rs72858591) umiestnený medzi génom proteínu GTPázy RND3 a RBM43, ktorý kóduje proteín 43 väzbového motívu RNA, odhalil významnú asociáciu s T2D-ESKD v celom genóme. Je spojená so zmenami motívu väzby TF a prekrýva sa s oblasťami promótora aj zosilňovača (doplnkový súbor 1: tabuľka S6). Nezávislý intergénny variant (rs7560163, r2=0.01, YRI) v tejto oblasti bol predtým spojený s T2D v AA [20]. Naopak, rs72858591 nebol v tejto štúdii spojený s T2D (P=0.073). To môže naznačovať, že dve rôzne sady variácií v tomto lokuse nezávisle prispievajú k T2D a T2D-ESKD, čo je možný pleiotropný účinok. Dva nezávislé varianty (rs142563193 a rs142671759), ktoré boli v celom genóme významne spojené s T2D-ESKD, sa nachádzajú blízko ENPP7. Tieto varianty sa prekrývajú s oblasťami zosilňovača a promótora, píkmi hypersenzitívnymi na DNázu a/alebo TF väzbovými motívmi (doplnkový súbor 1: tabuľka S6). Proteín kódovaný ENPP7 je črevná alkalická sfingomyelín fosfodiesteráza, ktorá premieňa sfingomyelín na ceramid a fosfocholín. ENPP7 údajne ovplyvňuje absorpciu cholesterolu [21] a početné štúdie naznačujú, že hladiny cholesterolu v lipoproteínoch s vysokou hustotou sú rizikovými faktormi pre CKD u pacientov s diabetom [22–24].
Dva varianty nachádzajúce sa v GNG7 boli spojené buď s T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8, základný model) alebo s ESKD zo všetkých príčin (rs373971520; P=2,17 × 10− 8; APOL{14}}negatívny model). Rs4807299 je spojený so zmenami väzbového motívu TF a prekrýva sa s oblasťami promótora aj zosilňovača (doplnkový súbor 1: tabuľka S6). GNG7 kóduje G proteínovú podjednotku Gamma 7, ktorá sa podieľa na funkcii centrálneho nervového systému [25] a riziku rakoviny [26, 27].
Keďže Afroameričania s cukrovkou a proteinúriou často nedostanú diagnostickú biopsiu obličiek, zvyčajne sa predpokladá, že ich ESKD bola spôsobená DKD. Avšak APOL1-spojené s nediabetikmiobličkychorobamôže byť skutočnou príčinou ochorenia obličiek u mnohých takýchto pacientov. Analýzy s výnimkou nosičov genotypu s renálnym rizikom APOL1 vytvorili homogénnejšiu skupinu prípadov a poskytli príležitosť na odhalenie genetickej architektúry T2D-ESKD, ktorá je nezávislá od účinku APOL1. V negatívnom modeli APOL{6}} sa okrem replikácie ENPP7 identifikovanej v základnom modeli objavili dva nové lokusy
dosiahli významné asociácie v celom genóme s T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2,02 × 10-9) a MGA T4C (rs17577888; P=3,87 × 10-8). Funkčná anotácia naznačuje, že oba varianty sú umiestnené spolu s motívmi viažucimi TF. Rs75029938 môže spadať do oblastí zosilňovača a promótora a rs17577888 bol spojený s množstvom transkriptov génu FLVCR1 v monocytoch periférnej krvi (P=6 0,41 × 10-6; Ďalší súbor 1: Tabuľka S6). Genetická variácia v GRAMD3 bola spojená s adipozitou v multietnickej metaanalýze celého genómu [28]. Predchádzajúce štúdie naznačujú, že obezita je hlavným rizikovým faktorom DKD [29]. MGAT4C kóduje manozyl (alfa-1,3-)-glykoproteín beta-1,4-N-acetylglukózaminyltransferázu, izozým C, ktorý sa podieľa na prenose N-acetylglukózamínu (GlcNAc) na jadro manózových zvyškov N-viazaných glykánov. Potenciálne zapojenie MGAT4C do DKD si vyžaduje ďalšiu štúdiu.
Táto analýza zahŕňala kohortu AA s nediabetickou ESKD na vyhodnotenie generalizovateľnosti lokusov spojených s T2D-ESKD v bežných formách CKD. Metaanalýza kombinujúca prípady s T2D-ESKD a nediabetickou ESKD identifikovala okrem APOL1 dva nové významné lokusy v celom genóme spojené s ESKD zo všetkých príčin; rs77113398 v blízkosti EFNB2 (P=9,84 × 10-9; základný model) a rs373971520 v GNG7 (2,17 × 10-8; APOL1-negatívny model). Rs77113398 sa prekrýva so zosilňovačom, oblasťami promótora a vrcholmi DNázy (doplnkový súbor 1: tabuľka S6). Predchádzajúce skenovanie genómu v AA identifikovalo významné dôkazy o spojení s ESKD na chromozóme 13q33 vrátane oblasti EFNB2 v diabetickej ESKD aj nediabetickej ESKD [30, 31]. Následná štúdia skúmala 28 variantov označovania v rozsahu 39 kilobáz (kb) kódujúcej oblasti EFNB2 preukázala nominálne asociácie medzi dvoma variantmi a ESKD zo všetkých príčin [32]. Tieto hlásené varianty však nekorelovali s rs77113398. Efrín-B2 (EFNB2) je exprimovaný vo vyvíjajúcom sa nefróne; interakcie medzi efrínom-B2 a jeho receptormi hrajú dôležitú úlohu v glomerulárnom mikrovaskulárnom usporiadaní [33]. Okrem toho reverzná signalizácia efrínu-B2 chráni pred riedením peritubulárnych kapilár reguláciou angiogenézy a vaskulárnej stability počasobličkyzranenie[34]. Ephrin-B1 sa tiež spolulokalizuje s CD2-asociovaným proteínom (CD2AP) a nefrínom v štrbinovej bránici podocytov a hrá dôležitú úlohu pri udržiavaní bariérovej funkcie v štrbinovej bránici [35]. U transgénnych myší s kinázou receptora Ephrin B4 sa rozvinie glomerulopatia, ktorá sa prejavuje fúzovanými aferentnými a eferentnými arteriolami obchádzajúcimi glomeruly [36]. Viaceré línie dôkazov teda podporujú potenciálnu asociáciu EFNB2 s CKD a je to najsľubnejší kauzálny gén, ktorý je základom asociácie rs77113398.
Táto štúdia má silné a slabé stránky. Hoci návrh viacstupňovej štúdie bol dobre vybavený vrátane 15 075 AA, chýbala mu replikácia asociácií T2D-ESKD, najmä pre zriedkavé varianty. Okrem toho niekoľko signifikantných signálov v celom genóme vykazovalo významne rozdielne veľkosti účinku v jednotlivých štádiách, čo bolo pravdepodobne možné pripísať rozdielom vo veľkosti vzorky v jednotlivých štádiách a dôsledkom „prekliatia víťaza“, fenoménu opisujúceho, že skutočná veľkosť genetického účinku je nadhodnotená z dôvodu prvotný pozitívny nález. Na potvrdenie týchto zistení je potrebná budúca replikácia. Existuje niekoľko ďalších existujúcich zbierok s vhodnými vzorkami v AA; toto obmedzené replikačné úsilie. Okrem toho je ťažké vylúčiť všetkých jedincov nesprávne klasifikovaných s DKD kvôli častému nedostatku biopsií obličiek. Preto sme starostlivo vylúčili vzorky s ESKD pripisovanou nediabetickým etiológiám na základe klinických fenotypov a následne sme vylúčili nosičov genotypu s renálnym rizikom APOL1 s vysokým rizikom pre nediabetickú ESKD. Tým by sa mala minimalizovať nesprávna klasifikácia.
Záver
Záverom možno povedať, že GWAS sa uskutočnil v AA s T2D-ESKD a sedem genetických lokusov vykazovalo významné dôkazy o asociácii v celom genóme, vrátane RND3 / RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 a MGAT4C. Okrem APOL1 boli EFNB2 a GNG7 tiež spojené s nediabetickou ESKD a odhalili významnú asociáciu v celom genóme s ESKD zo všetkých príčin. Budúce výskumy vrátane genetickej replikácie a experimentálnej validácie týchto novo identifikovaných asociácií sú potrebné na posúdenie ich potenciálneho vplyvu na biologické procesy vedúce k pokročilému DKD v populáciách s nedávnym africkým pôvodom.
Metódy
Účastníci štúdie
Účastníci štúdie boli prijatí do Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2 }}), Štúdia rizika aterosklerózy v komunitách (ARC; N=2221), Vývoj rizika koronárnych artérií u mladých dospelých (CARDIA; N=912) a Multietnická štúdia aterosklerózy (MESA; N { {6}}). Analýzy boli schválené miestnymi inštitucionálnymi kontrolnými radami a všetci účastníci poskytli písomný informovaný súhlas. Prípady sa považovali za prípady s T2D-ESKD, vrátane ťažkej DKD, keď bol diabetes diagnostikovaný viac alebo rovný 5 rokom pred nástupom ESKD alebo s diabetickou retinopatiou, aby sa zabezpečilo adekvátne trvanie T2D, s terapiou náhrady obličiek, odhadovaná rýchlosť glomerulárnej filtrácie ( eGFR) Menej alebo rovné 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4) alebo pomer albumínu ku kreatinínu v moči (UACR) Viac alebo rovný 300 mg/g (makroalbuminúria). Účastníci s CKD4 alebo makroalbuminúriou (N=138) boli zahrnutí ako prípady vzhľadom na ich vysoké riziko vzniku ESKD. T2D bola diagnostikovaná podľa kritérií American Diabetes Association s glykémiou nalačno vyššou alebo rovnou 126 mg/dl, 2-h orálny glukózový tolerančný test glukózy vyššou alebo rovnou 200 mg/dl, náhodnou glukózou vyššou ako alebo 200 mg/dl, užívanie liekov na cukrovku alebo cukrovku diagnostikovanú lekárom. Prípady s nediabetickou ESKD nemali diabetes (alebo mali T2D po dobu < 5="" rokov)="" na="" začiatku="" renálnej="" substitučnej="" liečby="" a="" eskd="" sa="" pripisovala="" chronickému="" glomerulárnemu="" ochoreniu="" (napr.="" fokálna="" segmentálna="" glomeruloskleróza),="" nefropatii="" spojenej="" s="" hiv,="" hypertenzii="" alebo="" neznámemu="" spôsobiť.="" pacienti="" s="" eskd="" z="" chirurgických="" alebo="" urologických="" príčin,="">ochorenie obličiekautoimunitné ochorenie, hepatitída, IgA nefropatia, membranózna glomerulonefritída, membranoproliferatívna glomerulonefritída alebo monogénnaobličkychorobyboli vylúčené. Kontroly nediabetickej nefropatie zahŕňali účastníkov bez diabetu respobličky choroba(eGFR väčší alebo rovný 60 ml/min/1,73 m2 a UACR < 30="" mg/g).="" jedinci="" s="" nefropatiou="" bez="" t2d="" mali="" egfr="" väčší="" alebo="" rovný="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" a="" uacr="">< 30="">
Príprava vzorky, genotypizácia, imputácia a kontrola kvality
Účastníci štúdie boli genotypovaní v rámci celého genómu pomocou troch rôznych platforiem: (1) 8704 vzoriek získaných z WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA a FIND bolo genotypizovaných na ľudskom jednonukleotidovom polymorfizme v celom genóme Affymetrix (SNP) pole 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 vzoriek získaných z WFSM bolo genotypizovaných na Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); a (3) 3238 vzoriek získaných z WFSM bolo genotypizovaných na Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Kontrola kvality a imputácia sa uskutočňovali oddelene každou platformou na genotypizáciu, ako je opísané nižšie.
Varianty, ktoré prešli kontrolou kvality (QC), boli pripísané kombinovanému haplotypovému referenčnému panelu vrátane kozmopolitného referenčného panelu 1000 genómov fázy 3 (verzia z októbra 2014) [37] a verzie referenčného panelu afrického genómového variačného projektu (AGVP) vrátane 640 Haplotypy afrických predkov, ktoré láskavo poskytlo Africké partnerstvo preVýskum chronických chorôba Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Predfázovanie sa uskutočnilo pomocou SHAPEIT2 [39] a imputácia sa uskutočnila pomocou IMPUTE2 [40]. Kontrola kvality po imputácii bola vykonaná na vylúčenie variantov s nezhodou alel alebo s veľkým frekvenčným nesúladom (Väčší alebo rovný 0,2) s referenčným panelom (0,2 × frekvencia v EUR plus {{{101} 13}},8 × frekvencia v AFR) a imputačné info skóre < 0,4.="" podskupina="" vzoriek="" bola="" priamo="" genotypovaná="" pre="" varianty="" apol1="" g1="" a="" g2="" pomocou="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" zhoda="" bola="" 95="" percent="" s="" imputovanými="">
množiny údajov Affy6.{1}}
Ako už bolo opísané [41], 1513 prípadov T2D-ESKD, 5299 nediabetických kontrol bez nefropatie a 1892 kontrol bez nefropatie T2D z kohort WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA a MESA bolo genotypizovaných pomocou Affy6.{{{{101} 11}} (tabuľka 1). V každej štúdii sa použili štandardné opatrenia kontroly kvality na vylúčenie variantov s frekvenciou hovorov < 95="" percent="" ,="" frekvenciou="" malých="" alel="" (maf)="">< 0.01="" alebo="" s="" odchýlkou="" od="" hardy-weinbergovej="" rovnováhy="" (hwe)="" (p="">< 0,0001).="" kontrola="" kontroly="" vzoriek="" sa="" vykonala="" na="" vylúčenie="" subjektov="" s="" frekvenciou="" hovorov="">< 95="" percent,="" kontamináciou="" dna,="" duplikátmi="" alebo="" populačnými="" extrémami.="" vzhľadom="" na="" to,="" že="" cardia,="" jhs="" a="" mesa="" nemali="" prípady="" s="" t2d-eskd,="" vzorky="" z="" týchto="" štúdií="" sa="" spojili="" na="" imputačné="" a="" asociačné="" analýzy="" spolu="" s="" wfsm,="" find="" a="">
Súbor údajov Axiom
Na WFSM bolo genotypizovaných 1700 prípadov AA s T2D-ESKD, 770 kontrol AA bez diabetu alebo nefropatie a 663 kontrol AA s T2D, ktorým chýbala nefropatia, na prispôsobenom poli genotypovania Axiom (tabuľka 2). Podrobné informácie o variantoch, vlastný dizajn obsahu, vrátane jemného mapovania kandidátskych oblastí, metód genotypovania a kontroly kvality boli už predtým publikované [42]. Stručne povedané, toto pole zahŕňalo približne 264 000 kódujúcich variantov a inzercií/delecií (indelov), 70 000 variantov so stratou funkcie, 2 000 farmakogenomických variantov, 23 000 eQTL markerov, 246 000 markerov genómu na báze multietnickej populácie a 115 000 vlastných značky obsahu. Varianty so sadzbou hovorov < 95="" percent,="" odchod="" z="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" a="" monomorfné="" varianty="" boli="" vylúčené.="" celkovo="" bolo="" úspešne="" vyzvaných="" 724="" 530="" variantov="" na="" následnú="" kontrolu="" kvality,="" imputáciu="" a="" analýzy.="" uskutočnila="" sa="" vzorová="" kontrola="" kvality="" na="" vylúčenie="" jednotlivcov="" s="" nízkymi="" sadzbami="" hovorov="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA súbor údajov
Na WFSM bolo 1910 nediabetických prípadov ESKD, 219 prípadov T2D ESKD, 201 kontrol s T2D bez nefropatie a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie bolo genotypizovaných na poli MEGA (tabuľka 2). Toto pole bolo navrhnuté na zlepšenie jemného mapovania a funkčného objavovania zvýšením pokrytia variantov medzi viacerými etnikami. Pole obsahuje (1) hlavný obsah obsahujúci vysoko informatívne varianty pre GWAS a analýzy exome v populáciách s odlišnými predkami a (2) vlastný obsah používaný na replikáciu alebo zovšeobecnenie indexových asociácií GWAS, rozšírenie variantov označovania GWAS v prioritných oblastiach, zlepšenie obsahu exome v prioritných oblastiach. jemne zmapovať lokusy GWAS, identifikovať funkčné regulačné varianty, preskúmať medicínsky dôležité varianty a identifikovať nové variantné lokusy v kandidátskych dráhach [43]. Genotypizácia sa uskutočnila na WFSM. DNA z prípadov a kontrol bola rovnomerne preložená na 96-jamkové platne, aby sa minimalizovali artefakty počas spracovania vzorky. Celkovo 48 vzoriek sekvenovaných v rámci projektu 1000 Genomes Project [44] v Coriell Institute for Medical Research bolo zahrnutých do genotypizácie a ich miera zhody bola 98,57 percenta. Volanie genotypu sa uskutočnilo pomocou Genome Studio (Illumina, CA, USA). Varianty s chýbajúcou pozíciou, chýbajúcou alelou, nesúladom alely, mierou hovorov < 95="" percent,="" odchodom="" z="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" frekvenčným="" rozdielom=""> 0,2 v porovnaní s referenčným panelom 1000 Genome Project fázy 3 a monomorfnými variantmi boli odstránené. Porovnalo sa viacero súprav sond a zachovala sa iba tá s najvyššou rýchlosťou hovorov. Celkovo bolo úspešne vyžiadaných 1 705 970 variantov na následnú kontrolu kvality, imputáciu a analýzy. Vzorová kontrola kvality bola vykonaná na vylúčenie jednotlivcov s nízkou mierou hovorov (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Štatistická analýza
Fáza objavovania
Použili sme návrh viacstupňovej štúdie na identifikáciu variantov spojených s T2D-ESKD a ich potenciálnej úlohy v ESKD zo všetkých príčin. V štádiu objavovania bolo zahrnutých 3 432 prípadov T2D-ESKD a 6 977 nediabetických kontrol bez nefropatie zo všetkých troch súborov údajov (obr. 1). Asociačná analýza sa uskutočnila pre každý súbor údajov pomocou metódy logistického zmiešaného modelu implementovanej v programe GMMAT [45] pod aditívnym genetickým modelom. Táto metóda kontroluje štruktúru populácie a kryptickú príbuznosť zahrnutím matice genetických vzťahov (GRM) odhadovanej zo súboru vysokokvalitných autozomálnych variantov ako náhodného účinku. Analýza hlavných komponentov bola vykonaná pomocou EIGENSOFT [46] pre každú genotypizačnú platformu. Prvý vlastný vektor (PC1) spolu s vekom a pohlavím bol použitý ako kovariáty. Metaanalýza bola vykonaná v troch súboroch údajov pomocou metódy váženia inverzného rozptylu s fixným účinkom implementovanej v METAL [47]. Sugestívne asociácie pre T2D-ESKD s P < 1="" ×="" 10-5,="" menším="" počtom="" alel="" (mac)=""> 400 a heterogenitou I2 < 80="" boli="" vybrané="" na="" analýzu="">
Fáza diskriminácie
Aby sa určilo, či predpokladané lokusy spojené s T2D-ESKD v štádiu objavovania boli riadené asociáciami s T2D per se, metaanalýza kombinujúca 2756 AA s nefropatiou bez T2D a 6977 nediabetických kontrol bez nefropatie z troch súborov údajov (Affy6 .0, Axiom a MEGA) (fáza 3, obr. 1). Varianty vykazujúce nominálnu asociáciu (P < 0.05)="" s="" t2d="" boli="" vylúčené,="" aby="" sa="" odstránili="" varianty="" spojené="" s="">
Analýza rozšírenia nediabetickej ESKD a metaanalýza ESKD zo všetkých príčin
Genetické varianty vykazujúce sugestívnu asociáciu s T2D-ESKD (P < 1 × 10-5), ale nesúvisiace s T2D, boli skúmané v nediabetickej kohorte ESKD zahŕňajúcej 1910 nediabetických prípadov ESKD a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie z Súbor údajov WFSM-MEGA pre spojenie s nediabetickou etiológiouochorenie obličiek(štádium 4). Varianty vykazujúce nominálnu asociáciu (P < 0.05)="" boli="" testované="" v="" metaanalýze="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin="" s="" použitím="" všetkých="" t2d-eskd,="" nediabetických="" eskd="" a="" kontrol="" z="" troch="" súborov="" údajov="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axiom,="" mega)="" (obr.="" 1).="" táto="" metaanalýza="" hodnotila,="" či="" asociácie="" t2d-eskd="" prispeli="" k="" riziku="" eskd="" zo="" všetkých="" príčin.="" vyhľadali="" sme="" tiež="" naše="" najlepšie="" varianty="" spojené="" s="" ochorením="" obličiek="" z="" hľadiska="" predpokladanej="" asociácie="" s="" t2d="" v="" aa="" od="" konzorcia="" media="" (n="15" 043="" prípadov="" a="" 22="" 318="" kontrol);="" snp="" s="" p="">< 0,05="" po="" viacnásobných="" porovnávacích="" korekciách="" boli="">
Vylúčenie nositeľov rizikového genotypu APOL1
Alely APOL1 G1 a G2 prispievajú k riziku prenediabetické ochorenie obličiek[6, 48]. Aby sa minimalizovala nesprávna klasifikácia T2D-ESKD, bola vykonaná druhá analýza s vylúčením nosičov APOL1 s dvomi variantmi renálneho rizika a tých, ktorým chýbajú genotypy APOL1 z prípadov T2D ESKD a nediabetických kontrol bez nefropatie (APOL1-negatívny model ). Táto analýza znížila heterogenitu populácie napriek zníženiu veľkosti vzorky a nižšej štatistickej sile. Konkrétne 308 prípadov T2D-ESKD a 630 kontrol zo súborov údajov Affy6.0, 323 prípadov T2D-ESKD a 113 kontrol zo súboru údajov Axiom a 33 prípadov T2D-ESKD a 175 kontrol zo súboru údajov MEGA boli odstránené. Okrem toho sme odstránili 891 z 1910 všetkých prípadov ESKD. Táto analýza môže odhaliť účinky iných nediabetických lokusov ESKD mimo APOL1. Jednotlivci boli považovaní za nosičov variantu s renálnym rizikom APOL1, ak mali dve alely G1 (alela rs60910145 G, rs73885319 G), dve alely G2 (rs143830837, delécia 6 párov báz v rámci) alebo boli zloženými heterozygotmi (jedna G1 a jedna alela G2) [6].
Funkčná charakteristika
Proxy genómových významných variantov T2D-ESKD spojených s T2D-ESKD (r2 Väčšie alebo rovné 0,7 z 1000 genómov AFR populácie) zo základnej línie a APOL1-negatívnych modelov boli vybrané pomocou LDlink [49 ]. Hlavné varianty a proxy boli potom požiadané o funkčné anotácie z HaploReg [50], ktoré zahŕňali anotáciu stavu chromatínu a proteínovej väzby z projektov Roadmap Epigenomics [51] a ENCODE [52], konzerváciu sekvencií medzi cicavcami, vplyv variantov na reguláciu motívy a génová expresia zo štúdií QTL.
Cistanche deserticola zabraňuje ochoreniu obličiek, kliknite sem a získajte vzorku
Referencie
1. Renálny dátový systém Spojených štátov amerických. Výročná správa o údajoch USRDS za rok 2016: Epidemiológia ochorenia obličiek v Spojených štátoch. National Institutes of Health, National Institute of Diabetes and Disgestive and Kidney Diseases, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN a kol. Časové trendy v prevalencii diabetického ochorenia obličiek v Spojených štátoch. JAMA. 2011;305:2532–9.
3. Sprej BJ, Atassi NG, Tuttle AB a kol. Rodinné riziko, vek na začiatku a príčina konečného štádia ochorenia obličiek u bielych Američanov. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Familiárna predispozícia k nefropatii u Afroameričanov s diabetes mellitus nezávislým od inzulínu. Am J Kidney Dis. 1995;25:710–3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, a kol. Missense mutácie v APOL1. Hum Genet. 2010;128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, a kol. Asociácia trypanolytických variantov ApoL1 s ochorením obličiek u Afroameričanov. Veda. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K a kol. Genetické varianty APOL1 pri fokálnej segmentálnej glomeruloskleróze a nefropatii spojenej s HIV. JASON. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, a kol. Viaceré nové lokusy spojené s funkciou obličiek a chronickým ochorením obličiek: konzorcium CKDGen. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, a kol. Asociácia v celom genóme a funkčné sledovanie odhaľuje nové lokusy pre funkciu obličiek. PLoS Genet; 8. Epub pred tlačou v marci 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, a kol. Genetické asociácie na 53 lokusoch zdôrazňujú typy buniek a biologické dráhy relevantné pre funkciu obličiek. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Použitie viacerých meraní pre kvantitatívne analýzy asociácie vlastností: aplikácia na odhadovanú rýchlosť glomerulárnej filtrácie (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Celogenómové vyhľadávanie génu náchylnosti na diabetickú nefropatiu pomocou génovo založeného SNP. Diabetes Res Clin Pract. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Asociačný sken celého genómu pre gény náchylnosti na diabetickú nefropatiu pri cukrovke 1. Diabetes. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ a kol. Genómová asociačná štúdia génov diabetickej nefropatie u Afroameričanov. Kidney Int. 2011;79:563–72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, a kol. Nové lokusy náchylnosti spojené s ochorením obličiek pri cukrovke 1. typu. PLoS Genet. 8. Epub pred tlačou v septembri 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, a kol. Genetická krajina obličkových komplikácií pri cukrovke 1. typu. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, a kol. Asociácia celého genómu a transetnická metaanalýza pre pokročilé diabetické ochorenie obličiek: Rodinné vyšetrenie nefropatie a diabetu (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH a kol. Trans-etnické jemné mapovanie zvýrazňuje gény funkcie obličiek spojené s citlivosťou na soľ. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL a kol. Genetická variácia v génoch APOL1 a MYH9 je spojená s chronickým ochorením obličiek medzi Nigérijčanmi. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ a kol. Celogenómové asociačné hľadanie génov diabetu 2. typu u Afroameričanov. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y a kol. Alkalická sfingomyelináza (NPP7) podporuje absorpciu cholesterolu ovplyvnením hladín sfingomyelínu v čreve: štúdia s NPP7 knockout myšami. Am J Physiol Gastrointest Pečeň Physiol. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, a kol. Lipoproteínový cholesterol s vysokou hustotou a riziko nefropatie u pacientov s diabetom 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Účinok lipoproteínového cholesterolu s vysokou hustotou na vzťah sérového železa a hemoglobínu s funkciou obličiek pri cukrovke. J Diabetes Complicat Epub pred tlačou 29. marca 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, a kol. Variabilita HbA1c, krvného tlaku, lipidových parametrov a sérovej kyseliny močovej a riziko rozvoja chronického ochorenia obličiek pri diabete 2. typu. Diabetes Obes Metab Epub pred tlačou 21. apríla 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE a kol. Strata G proteínu gama 7 mení správanie a znižuje striatálnu hladinu alfa (olfa) a produkciu cAMP. J Biol Chem. 2003;278:6575–9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, a kol. Klinický význam zníženej expresie G proteínu gama 7 (GNG7) pri rakovine pažeráka. Br J Cancer. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, a kol. Identifikácia proteínu viažuceho guanínový nukleotid -7 ako epigeneticky umlčaného génu pri rakovine hlavy a krku profilovaním génovej expresie. Int J Oncol. 2013;42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, a kol. Metaanalýza ektopických tukových zásob v rámci celého multietnického genómu identifikuje lokusy spojené s vývojom a diferenciáciou adipocytov. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M a kol. Prediktory odhadovaného poklesu GFR u pacientov s diabetom 2. typu a zachovanou funkciou obličiek. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, a kol. Skenovanie genómu pre diabetickú nefropatiu u Afroameričanov. Kidney Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, a kol. Skenovanie genómu na konečné štádium renálneho ochorenia zo všetkých príčin u Afroameričanov. Transplantácia nefrolového číselníka. 2005;20:712–8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND a kol. Asociačná analýza génu ephrin-B2 u Afroameričanov s ochorením obličiek v konečnom štádiu. Am J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, a kol. Dočasne kompartmentalizovaná expresia efrínu-B2 počas vývoja obličkových glomerulov. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, a kol. Reverzná signalizácia EphrinB2 chráni pred riedením kapilár a fibrózou po poranení obličiek. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Ephrin-B1 sa lokalizuje v štrbinovej diafragme glomerulárneho podocytu. Kidney Int. 2007;72:954–64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, a kol. U transgénnych myší s tyrozínkinázovým receptorom EphB4 sa vyvinú glomerulopatie pripomínajúce glomerulárne vaskulárne skraty. Mech Dev. 2003;120:511–6.
37. Konzorcium projektu 1000 genómov. Globálna referencia pre ľudskú genetickú variáciu. Príroda. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, a kol. Projekt afrických variácií genómu formuje lekársku genetiku v Afrike. Príroda. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. Metóda fázovania lineárnej zložitosti pre tisíce genómov. Metódy Nat. 2011;9:179–81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, a kol. Nová viacbodová metóda pre celogenómové asociačné štúdie imputáciou genotypov. Nat Genet. 2007;39:906–13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, a kol. Prenosnosť a jemné mapovanie lokusov diabetu typu 2 u Afroameričanov: Štúdia Candidate Gene Association Resource Plus Study. Diabetes. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM a kol. Asociácia génových variantov súvisiacich so štruktúrou obličiek s diabetom 2. typu pripisovaným ochorením obličiek v konečnom štádiu u Afroameričanov. Hum Genet. 2016;135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, a kol. Stratégie na obohatenie pokrytia variantov v kandidátskych lokusoch choroby na multietnickom genotypovom poli. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. Konzorcium projektu 1000 genómov. Mapa variácií ľudského genómu zo sekvenovania na úrovni populácie. Príroda. 2010;467:1061–73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP a kol. kontrola štruktúry populácie a príbuznosti pre binárne znaky v štúdiách genetickej asociácie prostredníctvom logistických zmiešaných modelov. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Štruktúra populácie a vlastná analýza. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: rýchla a účinná metaanalýza skenov asociácie celého genómu. Bioinformatika. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, a kol. Diferenciálne účinky rizikových variantov MYH9 a APOL1 na asociáciu FRMD3 s diabetickým ESRD u Afroameričanov. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: webová aplikácia na skúmanie populačne špecifickej haplotypovej štruktúry a prepojenie korelovaných alel možných funkčných variantov. Bioinformatika. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: zdroj na skúmanie stavov chromatínu, konzerváciu a zmeny regulačných motívov v súboroch geneticky spojených variantov. Nucleic Acids Res. 2012;40:D930–4.
51. Plán Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, a kol. integračná analýza 111 referenčných ľudských epigenómov. Príroda. 2015;518:317–30.
52. Konzorcium projektu ENCODE. Integrovaná encyklopédia prvkov DNA v ľudskom genóme. Príroda. 2012;489:57–74.
